GENERALIDADES GSVA

[DIAZY01]

Estimada comunidad de ciencia computacional, buenas tardes a todos.

Como les comentaba el día de ayer, he estado teniendo problemas para poder desarrollar un GSVA en R.

Recién comencé en el área bioinformática, por lo que, quisiera saber si podrían recomendarme alguna página o script que a su consideración aborden de manera básica este tipo de análisis y pueda servirme de ejemplo para trabajar con mis datos en R.

Les agradeceré mucho sus aportaciones, ¡Excelente día!

[Marval96]

Hola !

Lo primero que podrías explorar es la documentación de la herramienta GSVA. Ahí encontraras un pequeño tutorial sobre como usar la herramienta. La idea central es hacer un enriquecimiento de genes, es decir, ver como se representa un conjunto de genes en un set de datos. Entonces, necesitas tener ese set de datos y las firmas o conjuntos de genes que quieres investigar.

Por ejemplo , en mi caso, tomo un conjunto de valores de expresión normalizados provenientes de un flujo de trabajo RNAseq... tomó esos genes (filas) expresados en distintas condiciones experimentales (columnas) para analizar como procesos biológicos tomados del Gen Ontology se enriquecen en mis condiciones ¡ Eso es lo que hace el GSVA ! Al final obtines una tabla que indica como se enriquecen tus sets de genes dentro de un conjunto mayor de genes. Finalmente, una forma sencilla y común de representarlo es mediante un mapa de calor.

Aquí te comparto un poco de código:

Librerías a instalar:

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GSVA")
BiocManager::install("Biobase")
BiocManager::install("GSEABase")

Activar librerías:

library(GSVA)
library(Biobase)
library(GSEABase)

Importar datos:

data <- read.csv("samples.csv", header = T, sep = ",", row.names = 1)

Convertir el dataframe a una matriz numérica

expr_matrix <- as.matrix(data)
str(expr_matrix)

Cargar los conjuntos de genes

gene_sets <- getGmt("c5.go.bp.v2024.1.Hs.symbols.gmt")

Realizar GSVA

gsva_results <- gsva(expr_matrix, gene_sets, method = "gsva", ssgsea.norm = T, kcdf = "Gaussian" , verbose=T)

Nota: aquí encontrarás algunas de las firmas que podrías explorar en tus datos. Archivos de anotación