单个基因消除样本数量的差异LIMMA分析

# 假设我们有一个表达矩阵 'exp' 和一个分组信息 'group'
# 其中 'group' 中的 1 代表组1, 2 代表组2, 样本量不平衡

# 提取单个基因的表达数据
gene_expr = exp["GENE123",]

# 构建设计矩阵
design = model.matrix(~0+group)
colnames(design) = levels(exp$Type)  #分开两组

# 拟合线性模型
fit = lmFit(exp$gene, design)

# 计算差异结果
contrast.matrix = makeContrasts(Tumor-Normal, levels=design)
fit2 = contrasts.fit(fit, contrast.matrix)
ebFit = eBayes(fit2)
gene_diff = topTable(ebFit, coef=1, adjust.method="BH", p.value=0.05)