-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 2
/
zad2-zespol1.rtf
92 lines (85 loc) · 3.91 KB
/
zad2-zespol1.rtf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
{\rtf1\ansi\ansicpg1252\cocoartf1504
{\fonttbl\f0\fswiss\fcharset0 ArialMT;\f1\froman\fcharset0 Times-Roman;\f2\fswiss\fcharset0 Helvetica;
}
{\colortbl;\red255\green255\blue255;}
{\*\expandedcolortbl;\csgray\c100000;}
{\*\listtable{\list\listtemplateid1\listhybrid{\listlevel\levelnfc23\levelnfcn23\leveljc0\leveljcn0\levelfollow0\levelstartat1\levelspace360\levelindent0{\*\levelmarker \{disc\}}{\leveltext\leveltemplateid1\'01\uc0\u8226 ;}{\levelnumbers;}\fi-360\li720\lin720 }{\listname ;}\listid1}
{\list\listtemplateid2\listhybrid{\listlevel\levelnfc23\levelnfcn23\leveljc0\leveljcn0\levelfollow0\levelstartat1\levelspace360\levelindent0{\*\levelmarker \{disc\}}{\leveltext\leveltemplateid101\'01\uc0\u8226 ;}{\levelnumbers;}\fi-360\li720\lin720 }{\listname ;}\listid2}}
{\*\listoverridetable{\listoverride\listid1\listoverridecount0\ls1}{\listoverride\listid2\listoverridecount0\ls2}}
\paperw11905\paperh16837\margl1134\margr1134\margb1134\margt1134\vieww17540\viewh10000\viewkind0
\deftab709
\pard\pardeftab709\partightenfactor0
\f0\fs32 \cf0 Opis zadania zaliczeniowego II
\f1\fs24 \
\f0\fs32 \
\pard\pardeftab709\partightenfactor0
\fs28 \cf0 Zesp\'f3\uc0\u322 I w sk\u322 adzie:
\f1\fs24 \
\pard\pardeftab709\li720\fi-360\ri-1\partightenfactor0
\ls1\ilvl0
\f2 \cf0 \'95
\f0\fs28 Agata Gruszczy\uc0\u324 ska
\f1\fs24 \
\ls1\ilvl0
\f2 \'95
\f0\fs28 Micha\uc0\u322 Karlicki
\f1\fs24 \
\ls1\ilvl0
\f2 \'95
\f0\fs28 Piotr Sk\uc0\u322 odowski
\f1\fs24 \
\ls1\ilvl0
\f2 \'95
\f0\fs28 Natalia Witerska
\f1\fs24 \
\ls1\ilvl0
\f2 \'95
\f0\fs28 Joanna Zbijewska
\f1\fs24 \
\pard\pardeftab709\partightenfactor0
\f0\fs28 \cf0 \
\pard\pardeftab709\partightenfactor0
\fs24 \cf0 Celem projektu jest stworzenie biblioteki do pakietu Biopython umo\uc0\u380 liwiaj\u261 cej przewidywanie struktur dla sekwencji RNA oraz przetwarzanie danych nt. takich struktur pobranych z internetowych baz danych.
\f1 \
\f0 Istotnymi elementami dla oceny projektu b\uc0\u281 d\u261 :
\f1 \
\pard\pardeftab709\li720\fi-360\ri-1\partightenfactor0
\ls2\ilvl0
\f2 \cf0 \'95
\f0 Zaprojektowanie struktur danych do przechowywania metadanych sekwencji I struktur RNA
\f1 \
\ls2\ilvl0
\f2 \'95
\f0 Wsparcie dla co najmniej 2 internetowych bibliotek struktur RNA\
B\uc0\u281 d\u261 to bazy NDB oraz RMDB. Napisane zostan\u261 do nich API obs\u322 uguj\u261 ce wyszukiwanie sekwencji i struktur przy znanym ID cz\u261 steczki, jak r\'f3wnie\u380 po sekwencji z pomoc\u261 blast\'92a. U\u380 yte zostan\u261 biblioteki urllib i lxml. \u346 ci\u261 gane b\u281 d\u261 r\'f3wnie\u380 dane dotycz\u261 ce sposobu uzyskania struktury cz\u261 steczki. - Agata, Joanna, Micha\u322
\b (docelowo sko\uc0\u324 czone 23.11.)
\f1\b0 \
\ls2\ilvl0
\f2 \'95
\f0 Integracja z pakietem biopython (automatyczne testy, dokumentacja, struktura katalog\'f3w)\
Testami zajmie si\uc0\u281 Piotr, kt\'f3ry na ko\u324 cu postara si\u281 te\u380 sprawdzi\u263 dokumentacj\u281 do napisanego kodu.
\f1 \
\ls2\ilvl0
\f2 \'95
\f0 Obs\uc0\u322 uga predykcji struktury na podstawie sekwencji przy pomocy zewn\u281 trznych metod (np. Vienna Package) przy pomocy Bio.Application lub podobnych\
Vienna Package - za wyb\'f3r proponowanej cz\uc0\u281 \u347 ci do wykorzystania oraz wykorzystanie jej przy pomocy Bio.Application odpowiedzialna b\u281 dzie Natalia.
\f1 \
\ls2\ilvl0
\f2 \'95
\f0 (1 z dw\'f3ch, lub oba opcjonalnie) Obs\uc0\u322 uga drugiej metody predykcji przy pomocy Bio.Application, lub implementacja w\u322 asnej metody
\f1 \
\ls2\ilvl0
\f2 \'95
\f0 (Opcja) U\uc0\u380 ycie pakietu scikit.learn do predykcji fragment\'f3w struktury
\f1 \
\ls2\ilvl0
\f2 \'95
\f0 Implementacja jakiej\uc0\u347 prostej funkcji do por\'f3wnywania struktur (np. RMSD)
\f1 \
\ls2\ilvl0
\f2 \'95
\f0 Wykonanie przypadku u\uc0\u380 ycia \'96 \u347 ci\u261 gni\u281 cie struktury z bazy danych, predykcja tej struktury dwiema metodami, por\'f3wnanie, kt\'f3ra predykcja by\u322 a lepsza
\f1 \
\pard\pardeftab709\partightenfactor0
\f0 \cf0 \
}