LuxI, LuxR promoter 선정 관련하여 질문드립니다. #13

2sungwook · 2021-08-13T00:27:15Z

2sungwook
Aug 13, 2021
Collaborator

안녕하세요 교수님,
LuxR, LuxI의 constitutive promoter 를 선정하고자 합니다.
혹시 프로모터의 세기를 선정할 때 고려해야할 요인이 있는지 궁금하여 질문드렸습니다.
저희도 조사를 해보고 있겠습니다.

감사합니다

igchoi · 2021-08-13T03:05:31Z

igchoi
Aug 13, 2021
Maintainer

AND gate 회로는 다시 설계해보세요.
input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성
output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? MIC?)

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igchoi Aug 13, 2021
Maintainer

AND gate 회로는 다시 설계해보세요.

input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성

output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? MIC?)

Dry lab - 프로모터 세기/생성물의 최종농도/지속/synchronization필요?
Wet lab - 제작/실험

igchoi · 2021-08-13T03:45:33Z

igchoi
Aug 13, 2021
Maintainer

KUAS멤버들이 생명공학컨퍼런스/CCP등 다양한 프로젝트에 다방면으로 참여하고 있는데요…한가지를 집중해서 제대로 하는 것도 정말 어려운 일인데요.. 저는 이런것들이 여러분의 과학적 호기심과 배움을 위한 욕구인지 아니면 무작정 스펙쌓기의 욕심인지 사실 잘 구분이 안됩니다. 스펙쌓기는 자신에게 소소한 위로와 안심은 제공할 수 있어도, 경쟁의 '트랙'에서 내려오지 못한다면 스스로를 '평균'적인 위치로 회귀하게 만든다고 생각하고요.. 모든 활동의 기준은 '하고 싶은 일인가?' '정말 재미있는가?'로 판단해야 할것입니다. - 경쟁의 '트랙'에서 내려오면 비로소 보이는 것들을 찾아서...

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2sungwook · 2021-08-13T03:54:06Z

2sungwook
Aug 13, 2021
Collaborator Author

넵 고민해보겠습니다. 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 <https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. 감사합니다, 이성욱 올림

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2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.***> 작성: AND gate 회로는 다시 설계해보세요. input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? MIC?) — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <#13 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA>. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS <https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> or Android <https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email>.

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2sungwook · 2021-08-13T04:14:36Z

2sungwook
Aug 13, 2021
Collaborator Author

다른 방식도 가능할 것 같습니다. Distribution kit 를 찾아보니 유용한 파트를 찾았습니다. http://parts.igem.org/Part:BBa_K238013 <http://parts.igem.org/Part:BBa_K238013> 이 AND gate 파트는 푸른 빛 센서와 다른 input 한 개를 설정하도록 되어있습니다. 저희는 여기에 trp promoter를 추가하여 tryptophan을 input으로 사용하는 것도 가능할 것 같습니다. 교수님께서는 tryptophan 을 신호물질로 사용하는 것에 대해서 어떻게 생각하시나요? Tryptophan 이 조금 흔한 분자여서 문제가 될 수 있을까요? 감사합니다, 이성욱 올림

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2021. 8. 13. 오후 12:53, ‍이성욱[ 학부재학 / 생명공학부 ] ***@***.***> 작성: 넵 고민해보겠습니다. 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 <https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. 감사합니다, 이성욱 올림 > 2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.*** ***@***.***>> 작성: > > > AND gate 회로는 다시 설계해보세요. > input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 > output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? MIC?) > — > You are receiving this because you authored the thread. > Reply to this email directly, view it on GitHub <#13 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA>. > Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS <https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> or Android <https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email>. >

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igchoi Aug 13, 2021
Maintainer

이 연구주제의 처음 제안내용이 무엇이었던가요? 지금은 실험활동을 하겠다는것에만 급급해 있는듯(개인적으로 주제가 그다지 참신하지 않다고 여러번 이야기했습니다. 주제가 바뀌지 않았다면 '연구 활동의 충실도'라도 완성해야 하고요). 실험의 큰 그림을 생각하고, 어떻게 세부적인 내용을 결과를 만들어 발표시 이야기를 만들어 나갈지를 '팀원'들과 역할분담/배당을 해서 해결해 보고요.. 깃허브/위키는 누가 얼마나 자주 업데이트하고 활동을 기록했는지 나오니, 그것으로 최종 멤버들의 활동량을 평가해서 나중에 위키에 표시해도 좋을 듯합니다(공정한 credit배분).

연구주제 - 양서류에 질병을 일으키는 병꼴균을 제어하기 위해 공생균을 이용해 병꼴균의 병원성을 제어하려고 함.
연구설계 - 양서류가 햇빛을 쬐러 나오는 경우와 병꼴균이 탐지되는 경우에 공생균이 병꼴균 저해물질(tryptophol/violacein)을 합성하게 함.
연구방법
3-1. 빛센서(신호1)/병꼴균탐지센서(신호2)가 모두 참인경우만 저해물질을 '유효농도'로 합성
3-2. 빛센서(신호1)/양서류피부부착센서(신호2)가 모두 참인경우만 저해물질을 '유효농도'로 합성
3-3. 대장균에서 해당 로직회로 제작및 실험
3-4. 저해물질 합성회로 제작 및 '유효농도'합성 실험 및 확인
3-5. 양서류 공생균확인 및 제작가능성 탐구
3-6. 생물안전 킬 스위치 제작 및 확인 - 로직게이트 (위의 신호1/신호2중 하나라도 참이아닌경우는 킬스위치 작동)
3-7. 위의 내용(3-1~6)은 모두 Dry lab으로 다양하게 설계(design)가능하고, 모의실험(simulation)가능합니다.
설계는 여러분 수준에서 열심히 공부하면 충분히 가능하고요,
실험은 Duleepa조교에게 구현방법을 토의하거나 제작을 의뢰해서 진행하면 됩니다.

igchoi · 2021-08-13T04:47:14Z

igchoi
Aug 13, 2021
Maintainer

제가 조언을 주기 위해서 여러분이 제공한 내용(이론적 배경/작동원리등)만으로 판단할 수 있게 충실하게 내용을 만들어 주세요 - 그것도 깃허브/마크다운 문서로 만들면 좋겠습니다.
나중에 결과 발표시도 마찬가지 요령입니다.

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igchoi · 2021-08-13T05:04:04Z

igchoi
Aug 13, 2021
Maintainer

프로모터는 DNA합성하면 됩니다. 단, 작동이 확실한지 설계상으로 충분히 검증한후에. 2021년 8월 13일 (금) 오후 12:54, 2sungwook ***@***.***>님이 작성:

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넵 고민해보겠습니다. 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 < https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. 감사합니다, 이성욱 올림 > 2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.***> 작성: > > > AND gate 회로는 다시 설계해보세요. > input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 > output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? MIC?) > — > You are receiving this because you authored the thread. > Reply to this email directly, view it on GitHub < #13 (comment)>, or unsubscribe < https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA >. > Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> or Android < https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email >. > — You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub <#13 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWS4JQRPSCZQNJORCU3T4SJOVANCNFSM5CCP2PYA> .

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2sungwook · 2021-08-13T06:12:09Z

2sungwook
Aug 13, 2021
Collaborator Author

안녕하세요 교수님 조금 힘들어서 메일 보내드립니다. 제가 정도 규모의 grant를 처음 받아본 저에게 어떠한 결과물이라도 내어야한다는 압박감은 너무나 큽니다… 다들 각자 너무 바쁜 삶을 살아서인지 멤버들의 활동량이 고르지 못합니다. 벤칠링에 그동안 읽은 자료를 누가 읽었는지 기록해두었습니다. 드라이랩 관련해서는 어떤 프로그램으로 진행하면 좋을지 조언 부탁드립니다. 드라이랩 경험이 많은 멤버가 많지는 않아서 공부하는데 시간이 조금 소요될 수 있을 것 같습니다. 또 input1로는 tryptophan말고도 methyl thioadenosine, kynurenine이 있다고 합니다. 이 물질들을 변환하여 전사신호로 사용할 수 있는지 찾아보겠습니다. 마지막으로는 웻랩 실험의 범위를 시간 내에 수행할 수 있도록 규모를 교수님께서 조절해주시면 감사하겠습니다. 이성욱 올림

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2021. 8. 13. 오후 2:04, igchoi ***@***.***> 작성: 프로모터는 DNA합성하면 됩니다. 단, 작동이 확실한지 설계상으로 충분히 검증한후에. 2021년 8월 13일 (금) 오후 12:54, 2sungwook ***@***.***>님이 작성: > 넵 고민해보겠습니다. > 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? > 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 < > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> > 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. > Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 > Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. > 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? > Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. > > 감사합니다, > > 이성욱 올림 > > > 2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.***> 작성: > > > > > > AND gate 회로는 다시 설계해보세요. > > input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 > > output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? MIC?) > > — > > You are receiving this because you authored the thread. > > Reply to this email directly, view it on GitHub < > #13 (comment)>, > or unsubscribe < > https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA > >. > > Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < > https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> > or Android < > https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email > >. > > > > — > You are receiving this because you commented. > Reply to this email directly, view it on GitHub > <#13 (comment)>, > or unsubscribe > <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWS4JQRPSCZQNJORCU3T4SJOVANCNFSM5CCP2PYA> > . > — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <#13 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAUQK7KLPCXSYFOZOULT4SRVBANCNFSM5CCP2PYA>. Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS <https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> or Android <https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email>.

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igchoi · 2021-08-13T07:03:09Z

igchoi
Aug 13, 2021
Maintainer

이성욱 회장, 압박감은 가질 필요가 없고요. 역시 재밌어서/좋아서 하는 일이라면 결과는 상관없을 것이고요. 그랜트를 받은 것만으로도 이미 이성욱회장이 성과를 만든 것이고요(계획서 작성이나 팀소개에 누가 도움을 주었나요?). 충분히 스스로 자랑스러워해도 됩니다. 👏👏👏 제가 계속 강조하는 내용은 아이젬활동등은 장기프로젝트로 거의 일년내내 끌고 가는 프로젝트인데, 혼자서 모든것을 감당하려하면 당연히 힘들 수 밖에 없고요. '의지'를 가진 멤버들과 적극적으로 협동해야 합니다. 습관적으로 매주 미팅을 하다가도, 필요하다면 매일 모여서 결론이 날때까지 함께 집중토론을 해야할 수도 있습니다. 그러한 추진력은 제가 강조하는 것처럼 철저한 기록과 책임배당입니다. 물론 그렇게 하려면 리더는 팀원보다는 몇배의 노력이 필요합니다. 이성욱회장은 2학년이니 더욱 그럴수도.🤔 대화와 교신이 이성욱회장과만 이루어지니, 혼자에게 모든 책임이 가는것으로 느껴지겠지만 제가 조언하는 것은 모든 팀원들에게 동일하게 적용되는 것입니다. 2021년 8월 13일 (금) 오후 3:12, 2sungwook ***@***.***>님이 작성:

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안녕하세요 교수님 조금 힘들어서 메일 보내드립니다. 제가 정도 규모의 grant를 처음 받아본 저에게 어떠한 결과물이라도 내어야한다는 압박감은 너무나 큽니다… 다들 각자 너무 바쁜 삶을 살아서인지 멤버들의 활동량이 고르지 못합니다. 벤칠링에 그동안 읽은 자료를 누가 읽었는지 기록해두었습니다. 드라이랩 관련해서는 어떤 프로그램으로 진행하면 좋을지 조언 부탁드립니다. 드라이랩 경험이 많은 멤버가 많지는 않아서 공부하는데 시간이 조금 소요될 수 있을 것 같습니다. 또 input1로는 tryptophan말고도 methyl thioadenosine, kynurenine이 있다고 합니다. 이 물질들을 변환하여 전사신호로 사용할 수 있는지 찾아보겠습니다. 마지막으로는 웻랩 실험의 범위를 시간 내에 수행할 수 있도록 규모를 교수님께서 조절해주시면 감사하겠습니다. 이성욱 올림 > 2021. 8. 13. 오후 2:04, igchoi ***@***.***> 작성: > > > 프로모터는 DNA합성하면 됩니다. > 단, 작동이 확실한지 설계상으로 충분히 검증한후에. > > 2021년 8월 13일 (금) 오후 12:54, 2sungwook ***@***.***>님이 작성: > > > 넵 고민해보겠습니다. > > 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? > > 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). > > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 < > > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> > > 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. > > Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 > > Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. > > 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? > > Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. > > > > 감사합니다, > > > > 이성욱 올림 > > > > > 2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.***> 작성: > > > > > > > > > AND gate 회로는 다시 설계해보세요. > > > input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 > > > output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? MIC?) > > > — > > > You are receiving this because you authored the thread. > > > Reply to this email directly, view it on GitHub < > > #13 (comment)>, > > or unsubscribe < > > https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA > > >. > > > Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < > > https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> > > or Android < > > https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email > > >. > > > > > > > — > > You are receiving this because you commented. > > Reply to this email directly, view it on GitHub > > < #13 (comment)>, > > or unsubscribe > > < https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWS4JQRPSCZQNJORCU3T4SJOVANCNFSM5CCP2PYA> > > . > > > — > You are receiving this because you authored the thread. > Reply to this email directly, view it on GitHub < #13 (comment)>, or unsubscribe < https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAUQK7KLPCXSYFOZOULT4SRVBANCNFSM5CCP2PYA >. > Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> or Android < https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email >. > — You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub <#13 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWWOO7HC2WDTZFWQS2LT4SZUJANCNFSM5CCP2PYA> .

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igchoi · 2021-08-13T07:16:45Z

igchoi
Aug 13, 2021
Maintainer

1. Tryptophan이 병꼴균이 내는 신호물질이라면 논문을 근거삼아 그것을 탐지하는 것을 센서로 사용해도 됩니다. 예. 신호1 - 빛, 신호2 - tryptophan 설계는 여러가지 방식으로 시도하고, 그중에 제작이 가장 용이한 것 하나를 실제로 제작. 2. 생물안전 그랜트도 받았으니, 생물안전 킬스위치도 포함하는- complementrary? dual? AND/NAND gate도 생각해 보세요. 신호1, 신호2, 결과1(저해물질생성), 결과2(킬스위치) [image: image.png] 2021년 8월 13일 (금) 오후 1:14, 2sungwook ***@***.***>님이 작성:

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다른 방식도 가능할 것 같습니다. Distribution kit 를 찾아보니 유용한 파트를 찾았습니다. http://parts.igem.org/Part:BBa_K238013 < http://parts.igem.org/Part:BBa_K238013> 이 AND gate 파트는 푸른 빛 센서와 다른 input 한 개를 설정하도록 되어있습니다. 저희는 여기에 trp promoter를 추가하여 tryptophan을 input으로 사용하는 것도 가능할 것 같습니다. 교수님께서는 tryptophan 을 신호물질로 사용하는 것에 대해서 어떻게 생각하시나요? Tryptophan 이 조금 흔한 분자여서 문제가 될 수 있을까요? 감사합니다, 이성욱 올림 > 2021. 8. 13. 오후 12:53, ‍이성욱[ 학부재학 / 생명공학부 ] ***@***.***> 작성: > > 넵 고민해보겠습니다. > 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? > 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 < https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> > 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. > Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 > Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. > 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? > Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. > > 감사합니다, > > 이성욱 올림 > >> 2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.*** ***@***.***>> 작성: >> >> >> AND gate 회로는 다시 설계해보세요. >> input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 >> output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? MIC?) >> — >> You are receiving this because you authored the thread. >> Reply to this email directly, view it on GitHub < #13 (comment)>, or unsubscribe < https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA >. >> Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> or Android < https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email >. >> > — You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub <#13 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWQ6IYEDSYOLLDBD7LTT4SL3PANCNFSM5CCP2PYA> .

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2sungwook · 2021-08-13T07:26:13Z

2sungwook
Aug 13, 2021
Collaborator Author

감사합니다. 조금 더 힘을 내서 이번 프로젝트를 잘 마무리하겠습니다. 2021년 8월 13일 (금) 오후 4:03, igchoi ***@***.***>님이 작성:

…

이성욱 회장, 압박감은 가질 필요가 없고요. 역시 재밌어서/좋아서 하는 일이라면 결과는 상관없을 것이고요. 그랜트를 받은 것만으로도 이미 이성욱회장이 성과를 만든 것이고요(계획서 작성이나 팀소개에 누가 도움을 주었나요?). 충분히 스스로 자랑스러워해도 됩니다. 👏👏👏 제가 계속 강조하는 내용은 아이젬활동등은 장기프로젝트로 거의 일년내내 끌고 가는 프로젝트인데, 혼자서 모든것을 감당하려하면 당연히 힘들 수 밖에 없고요. '의지'를 가진 멤버들과 적극적으로 협동해야 합니다. 습관적으로 매주 미팅을 하다가도, 필요하다면 매일 모여서 결론이 날때까지 함께 집중토론을 해야할 수도 있습니다. 그러한 추진력은 제가 강조하는 것처럼 철저한 기록과 책임배당입니다. 물론 그렇게 하려면 리더는 팀원보다는 몇배의 노력이 필요합니다. 이성욱회장은 2학년이니 더욱 그럴수도.🤔 대화와 교신이 이성욱회장과만 이루어지니, 혼자에게 모든 책임이 가는것으로 느껴지겠지만 제가 조언하는 것은 모든 팀원들에게 동일하게 적용되는 것입니다. 2021년 8월 13일 (금) 오후 3:12, 2sungwook ***@***.***>님이 작성: > 안녕하세요 교수님 > 조금 힘들어서 메일 보내드립니다. > 제가 정도 규모의 grant를 처음 받아본 저에게 어떠한 결과물이라도 내어야한다는 압박감은 너무나 큽니다… > 다들 각자 너무 바쁜 삶을 살아서인지 멤버들의 활동량이 고르지 못합니다. 벤칠링에 그동안 읽은 자료를 누가 읽었는지 기록해두었습니다. > > 드라이랩 관련해서는 어떤 프로그램으로 진행하면 좋을지 조언 부탁드립니다. 드라이랩 경험이 많은 멤버가 많지는 않아서 공부하는데 시간이 > 조금 소요될 수 있을 것 같습니다. > 또 input1로는 tryptophan말고도 methyl thioadenosine, kynurenine이 있다고 합니다. > 이 물질들을 변환하여 전사신호로 사용할 수 있는지 찾아보겠습니다. > 마지막으로는 웻랩 실험의 범위를 시간 내에 수행할 수 있도록 규모를 교수님께서 조절해주시면 감사하겠습니다. > > 이성욱 올림 > > > > 2021. 8. 13. 오후 2:04, igchoi ***@***.***> 작성: > > > > > > 프로모터는 DNA합성하면 됩니다. > > 단, 작동이 확실한지 설계상으로 충분히 검증한후에. > > > > 2021년 8월 13일 (금) 오후 12:54, 2sungwook ***@***.***>님이 작성: > > > > > 넵 고민해보겠습니다. > > > 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? > > > 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). > > > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 < > > > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> > > > 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. > > > Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 > > > Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. > > > 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? > > > Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. > > > > > > 감사합니다, > > > > > > 이성욱 올림 > > > > > > > 2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.***> 작성: > > > > > > > > > > > > AND gate 회로는 다시 설계해보세요. > > > > input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 > > > > output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? > MIC?) > > > > — > > > > You are receiving this because you authored the thread. > > > > Reply to this email directly, view it on GitHub < > > > > #13 (comment)>, > > > > or unsubscribe < > > > > https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA > > > >. > > > > Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < > > > > https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> > > > > or Android < > > > > https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email > > > >. > > > > > > > > > > — > > > You are receiving this because you commented. > > > Reply to this email directly, view it on GitHub > > > < > #13 (comment)>, > > > > or unsubscribe > > > < > https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWS4JQRPSCZQNJORCU3T4SJOVANCNFSM5CCP2PYA> > > > > . > > > > > — > > You are receiving this because you authored the thread. > > Reply to this email directly, view it on GitHub < > #13 (comment)>, > or unsubscribe < > https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAUQK7KLPCXSYFOZOULT4SRVBANCNFSM5CCP2PYA > >. > > Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < > https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> > or Android < > https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email > >. > > > > — > You are receiving this because you commented. > Reply to this email directly, view it on GitHub > < #13 (comment)>, > or unsubscribe > < https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWWOO7HC2WDTZFWQS2LT4SZUJANCNFSM5CCP2PYA> > . > — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <#13 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAWNI6JPE7JX53KIAEDT4S7TRANCNFSM5CCP2PYA> . Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS <https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> or Android <https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email> .

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2sungwook · 2021-08-13T07:26:51Z

2sungwook
Aug 13, 2021
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넵! 디자인을 팀원들과 고민해보겠습니다. 2021년 8월 13일 (금) 오후 4:16, igchoi ***@***.***>님이 작성:

…

1. Tryptophan이 병꼴균이 내는 신호물질이라면 논문을 근거삼아 그것을 탐지하는 것을 센서로 사용해도 됩니다. 예. 신호1 - 빛, 신호2 - tryptophan 설계는 여러가지 방식으로 시도하고, 그중에 제작이 가장 용이한 것 하나를 실제로 제작. 2. 생물안전 그랜트도 받았으니, 생물안전 킬스위치도 포함하는- complementrary? dual? AND/NAND gate도 생각해 보세요. 신호1, 신호2, 결과1(저해물질생성), 결과2(킬스위치) [image: image.png] 2021년 8월 13일 (금) 오후 1:14, 2sungwook ***@***.***>님이 작성: > 다른 방식도 가능할 것 같습니다. > Distribution kit 를 찾아보니 유용한 파트를 찾았습니다. > http://parts.igem.org/Part:BBa_K238013 < > http://parts.igem.org/Part:BBa_K238013> > 이 AND gate 파트는 푸른 빛 센서와 다른 input 한 개를 설정하도록 되어있습니다. 저희는 여기에 trp promoter를 > 추가하여 tryptophan을 input으로 사용하는 것도 가능할 것 같습니다. > 교수님께서는 tryptophan 을 신호물질로 사용하는 것에 대해서 어떻게 생각하시나요? > Tryptophan 이 조금 흔한 분자여서 문제가 될 수 있을까요? > > 감사합니다, > > 이성욱 올림 > > > 2021. 8. 13. 오후 12:53, ‍이성욱[ 학부재학 / 생명공학부 ] ***@***.***> 작성: > > > > 넵 고민해보겠습니다. > > 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? > > 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). > > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 < > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> > > 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. > > Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 > > Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. > > 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? > > Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. > > > > 감사합니다, > > > > 이성욱 올림 > > > >> 2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.*** ***@***.***>> 작성: > >> > >> > >> AND gate 회로는 다시 설계해보세요. > >> input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 > >> output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? > MIC?) > >> — > >> You are receiving this because you authored the thread. > >> Reply to this email directly, view it on GitHub < > #13 (comment)>, > or unsubscribe < > https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA > >. > >> Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < > https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> > or Android < > https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email > >. > >> > > > > — > You are receiving this because you commented. > Reply to this email directly, view it on GitHub > < #13 (comment)>, > or unsubscribe > < https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWQ6IYEDSYOLLDBD7LTT4SL3PANCNFSM5CCP2PYA> > . > — You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <#13 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHARAHIQSWYWGWRXQORLT4TBGRANCNFSM5CCP2PYA> . Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS <https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> or Android <https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email> .

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igchoi · 2021-08-13T07:37:03Z

igchoi
Aug 13, 2021
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https://www.cell.com/trends/microbiology/fulltext/S0966-842X(12)00082-0 [image: image.png] 논문과 이전 아이젬프로젝트를 검색해 보세요. 다양한 설계가 가능합니다. 가장 그럴듯한 것(제작하기 쉬운 것)을 찾아 보세요. 설계는 최소한 여러분들의 몫으로 남겨놓겠습니다. 2021년 8월 13일 (금) 오후 4:16, IN-GEOL CHOI ***@***.***>님이 작성:

…

1. Tryptophan이 병꼴균이 내는 신호물질이라면 논문을 근거삼아 그것을 탐지하는 것을 센서로 사용해도 됩니다. 예. 신호1 - 빛, 신호2 - tryptophan 설계는 여러가지 방식으로 시도하고, 그중에 제작이 가장 용이한 것 하나를 실제로 제작. 2. 생물안전 그랜트도 받았으니, 생물안전 킬스위치도 포함하는- complementrary? dual? AND/NAND gate도 생각해 보세요. 신호1, 신호2, 결과1(저해물질생성), 결과2(킬스위치) [image: image.png] 2021년 8월 13일 (금) 오후 1:14, 2sungwook ***@***.***>님이 작성: > 다른 방식도 가능할 것 같습니다. > Distribution kit 를 찾아보니 유용한 파트를 찾았습니다. > http://parts.igem.org/Part:BBa_K238013 < > http://parts.igem.org/Part:BBa_K238013> > 이 AND gate 파트는 푸른 빛 센서와 다른 input 한 개를 설정하도록 되어있습니다. 저희는 여기에 trp promoter를 > 추가하여 tryptophan을 input으로 사용하는 것도 가능할 것 같습니다. > 교수님께서는 tryptophan 을 신호물질로 사용하는 것에 대해서 어떻게 생각하시나요? > Tryptophan 이 조금 흔한 분자여서 문제가 될 수 있을까요? > > 감사합니다, > > 이성욱 올림 > > > 2021. 8. 13. 오후 12:53, ‍이성욱[ 학부재학 / 생명공학부 ] ***@***.***> 작성: > > > > 넵 고민해보겠습니다. > > 혹시 1.2. 번 관련하여서는 조언을 조금 부탁드려도 될까요? > > 방금 Fungi 가 tryptophan을 분비한다는 논문을 찾았습니다(아직 다 읽어보지는 못했습니다). > > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15 < > https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.00877-15> > > 다음 고민은 And gate 를 구성하는 것입니다. > > Cl repressible, Lux inducible promoter는 kit에 있었는데 > > Cl repressible, trp inducible promoter는 없어서 만들어야할 것 같습니다. > > 이를 만드는 방법이 있을까요? 프로모터 파트 두 개를 연결하면 원하는 효과를 얻을 수 있을까요? > > Fusion promoter 를 만드는 것과 관련한 자료가 있다면 부탁드립니다. > > > > 감사합니다, > > > > 이성욱 올림 > > > >> 2021. 8. 13. 오후 12:05, igchoi ***@***.*** ***@***.***>> 작성: > >> > >> > >> AND gate 회로는 다시 설계해보세요. > >> input1 - light, input2 - fungi, output - tryptophol/violacein 합성 > >> output 회로 제작및 테스트 - tryptophol/violacein(control)합성 및 농도확인(필요한 농도는? > MIC?) > >> — > >> You are receiving this because you authored the thread. > >> Reply to this email directly, view it on GitHub < > #13 (comment)>, > or unsubscribe < > https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AUZGHAXOIVFXE75J4BBLUL3T4SDYNANCNFSM5CCP2PYA > >. > >> Triage notifications on the go with GitHub Mobile for iOS < > https://apps.apple.com/app/apple-store/id1477376905?ct=notification-email&mt=8&pt=524675> > or Android < > https://play.google.com/store/apps/details?id=com.github.android&utm_campaign=notification-email > >. > >> > > > > — > You are receiving this because you commented. > Reply to this email directly, view it on GitHub > <#13 (comment)>, > or unsubscribe > <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADNAUWQ6IYEDSYOLLDBD7LTT4SL3PANCNFSM5CCP2PYA> > . >

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