실험 계획 피드백 부탁드립니다.

[2sungwook]

실험 계획.docx

안녕하세요 교수님?
저희가 나름대로의 실험계획을 준비해보았습니다. 실험은 4개 정도를 적어두었지만 1,2번 위주로 진행하면 좋을 것 같습니다.
아직 부족한 점은 많지만 피드백해주신다면 보완해보겠습니다.
또 혹시나 시간을 단축하기 위해서 실험계획의 세부사항을 완성하는 동안에 실험실에서 해둘 수 있는 부분들을 해두어도 될지 여쭙고 싶습니다. 실험실에서 사용할 파트를 미리 transform하고 플라스미드를 정제해두면 시간을 단축할 수 있을 것 같습니다.

감사합니다.

[igchoi]

연구주제 - 양서류에 질병을 일으키는 병꼴균을 제어하기 위해 공생균을 이용해 병꼴균의 병원성을 제어하려고 함.
연구설계 - 양서류가 햇빛을 쬐러 나오는 경우와 병꼴균이 탐지되는 경우에 공생균이 병꼴균 저해물질(tryptophol/violacein)을 합성하게 함.
연구방법
3-1. 빛센서(신호1)/병꼴균탐지센서(신호2)가 모두 참인경우만 저해물질을 '유효농도'로 합성
3-2. 빛센서(신호1)/양서류피부부착센서(신호2)가 모두 참인경우만 저해물질을 '유효농도'로 합성
3-3. 대장균에서 해당 로직회로 제작및 실험
3-4. 저해물질 합성회로 제작 및 '유효농도'합성 실험 및 확인
3-5. 양서류 공생균확인 및 제작가능성 탐구
3-6. 생물안전 킬 스위치 제작 및 확인 - 로직게이트 (위의 신호1/신호2중 하나라도 참이아닌경우는 킬스위치 작동)
3-7. 위의 내용(3-1~6)은 모두 Dry lab으로 다양하게 설계(design)가능하고, 모의실험(simulation)가능합니다.
설계는 여러분 수준에서 열심히 공부하면 충분히 가능하고요,
실험은 Duleepa조교에게 구현방법을 토의하거나 제작을 의뢰해서 진행하면 됩니다.

[igchoi]

Designs for Experiments: 3-1/3-2/3-3

Experiment 3-3 Design

• signal 1: light (pDawn) induces vioAB genes
• signal 2: any signal (IPTG/arabinose/aTc/fungi sensing/fungi QS molecules) induces vioCDE genes (or vice versa)
• output: only if signal 1 & 2 are true, violacein will be synthesized

signal 1	signal 2	output
1	1	1
1	0	0
0	1	0
0	0	0

• To do

1. signal receiver part1 - pDawn+vioAB
2. signal receiver part2 - pLac+ vioCDE
3. insulator - pCon+LacI
4. Design part 1,2,3 at Benchling
5. Combine parts into a single vector at Benchling
6. Order required primers/oligos/synthetic DNA/Build/test vectors

Experiment 3-1 Design

• 병꼴균 탐지 - tryptophan 농도 (QS) - E. coli trpR/trpL sensor/promoter

trpL

• To do

1. Sensor construction at Benchling - trpL + vioABCDE/vioCDE
2. Order synthetic DNA
3. Build/Test vector

Experiment 3-4

• 필요한 최소농도는?
• 빛(신호1)과 신호2의 세기에 따라 조절가능한 프로모터를 찾아볼것.
• 프로모터조합으로 생합성되는 violacein의 양을 측정하고 최적의 농도를 만드는 프로모터조합확인

Experiment 3-5 문헌조사 및 요약정리/제안

Experiment 3-6 design

• MazE (toxin), MazF (anti-toxin)을 이용
• AND gate (3-3) output (MazE) overexpression (일종의 inverter로 출력신호가 참인경우 궁긍적으로 kill)

signal 1	signal 2	output (kill)
1	1	0
1	0	1
0	1	1
0	0	1