generell

• ist zyklisierungsstelle hochgradig sequenzkonserviert oder gibt es (co)varianz?
• gibt es unterschiede zwischen den virusklassen?
• sind ggf. alternative (subopt) interaktionen verwandter als mfe prediction?
• ggf. in wieweit matched evolutionärer baum basierend auf zyklisierungsstelle dem "globalen" evolutionary tree der viren?

tools/outputs

• sequenzalignment
• visualisierung von sequenzmotiven via "meme" tool
• strukturalignment (RNAalifold mit fakesequenzen)
• evolutionäre bäume auf basis der alignments