-
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
/
Copy pathStr_to_cell_appender.py
79 lines (69 loc) · 5.13 KB
/
Str_to_cell_appender.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
print('''
Python3-скрипт, дополняющий ячейки заданных столбцов определённой строкой
(под строкой здесь и далее подразумевается любой введённый
пользователем набор символов, добавляемый к ячейкам).
Автор: Платон Быкадоров (platon.work@gmail.com), 2018.
Версия: V1.2.
Лицензия: GNU General Public License version 3.
Поддержать проект: https://money.yandex.ru/to/41001832285976
Простое руководство по установке среды разработки и запуску скриптов:
github.com/PlatonB/bioinformatic-python-scripts#Установка-среды-разработки
Пример: добавление "приставки" chr к номеру хромосомы в BED-таблицах.
Было:
6 32768325 32768326 rs9296043
6 32430006 32430007 rs3129852
6 31475792 31475793 rs2516516
Стало:
chr6 32768325 32768326 rs9296043
chr6 32430006 32430007 rs3129852
chr6 31475792 31475793 rs2516516
''')
import sys, os
src_dir_path = input('Путь к папке с исходными файлами: ')
trg_dir_path = input('\nПуть к папке для конечных файлов: ')
num_of_headers = input('''\nКоличество не обрабатываемых строк
в начале каждой исходной таблицы
(игнорирование ввода ==> хэдеров/шапок в таблицах нет)
[0(|<enter>)|1|2|...]: ''')
if num_of_headers == '':
num_of_headers = 0
else:
num_of_headers = int(num_of_headers)
col_numbers = [int(col_number) for col_number in input('''\nНомер одного или номера нескольких дополняемых столбцов
(через пробел): ''').split()]
addition = input('\nСтрока, которой будут дополнены ячейки указанных столбцов: ')
addition_loc = input('''\nРасположение добавляемой строки относительно каждой ячейки
[left|right]: ''')
if addition_loc != 'left' and addition_loc != 'right':
print('''\nОшибка. Некорректно указано, с какой стороны добавлять строку''')
sys.exit()
#Перебор исходных файлов и создание конечных.
src_file_names = os.listdir(src_dir_path)
for src_file_name in src_file_names:
with open(os.path.join(src_dir_path, src_file_name)) as src_file_opened:
src_file_base = '.'.join(src_file_name.split('.')[:-1])
src_file_ext = '.' + src_file_name.split('.')[-1]
trg_file_name = src_file_base + '_extnd' + src_file_ext
with open(os.path.join(trg_dir_path, trg_file_name), 'w') as trg_file_opened:
#Формирование списка хэдеров и добавление хэдеров в конечный файл.
#Курсор смещается к началу основной части таблицы.
headers = [src_file_opened.readline() for header_index in range(num_of_headers)]
for header in headers:
trg_file_opened.write(header)
#Обработка основной части таблицы.
#Во избежание переполнения оперативной памяти,
#исходный файл не будет преобразовываться в двумерный массив.
#Каждая строка будет приводиться в окончательный вид
#непосредственно после считывания из файла.
for line in src_file_opened:
row = line.split('\n')[0].split('\t')
#Введённая пользователем строка добавляется к
#ячейкам либо слева, либо справа - в зависимости
#от указанной им соответствующей опции.
for col_number in col_numbers:
if addition_loc == 'left':
row[col_number - 1] = addition + row[col_number - 1]
elif addition_loc == 'right':
row[col_number - 1] += addition
#Прописываем строку в конечный файл.
trg_file_opened.write('\t'.join(row) + '\n')