极简的GSEA图表生成脚本

可执行文件(.exe)下载

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密码：54du

说明

• 您可以在程序界面中选择基因列表文件，无需将脚本与基因列表放在同目录下。但请注意，程序生成的图表将保存在.exe文件的同目录下。
• 您需要确保您的基因列表文件的样式与 ExampleGenelist.txt 一致。这包括：
  • .txt 的文件格式
  • 每个基因单独成行，且不要有空格或符号

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关于程序

• 适用于网络药理学等。若您没有任何计算机程序设计基础，使用这个带有UI界面的脚本可以完全摆脱代码，一键完成 GO富集 和 KEGG富集 的图表生成。
• 使用了 GSEApy 库 [PyPI | Repo | Docs] 用于进行富集分析。

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关于源代码和笔记本文件使用

• 若您有一定的编程基础并有条件在您的设备上运行 python 程序，则可以：

  • 打开或编辑带有UI界面的 EnrichmentPlotGenerator.py 文件（这是一个标准Python文件）

  • 或运行 EnrichmentPlotNotebook.ipynb（这是一个Jupyter Notebook编写的Python文件，可以分步执行每步操作，且代码更简单）

• 若您使用 Anaconda ，脚本所需的第三方库和虚拟环境创建方法已附于requirements.txt。如果您有需求但不会用，可以尝试在 Issues 中提出，RabbltMan 不一定能提供帮助。

• 需要脚本修改可以参考文档 。若脚本有 bug 欢迎在 Issues 中提出，有好的想法欢迎 Pull Requests。

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其他

如有问题可以开个 Issue，也可直接邮件联系 rabbltman@outlook.com。

如果您愿意的话可以给我打钱。 RabbltMan 不主张打赏、捐赠或赞助。