Para ir al sitio web: https://rodrigozepeda.github.io/CapacidadHospitalariaMX
Para analizar en R los datos de esta publicación instala el paquete covidmx:
#remotes::install_github("RodrigoZepeda/covidmx")
ocupacion <- covidmx::descarga_datos_ocupacion_hospitalaria()
Nota Si usas los datos del paquete cita esta publicación así como el paquete
covidmx.
El presente repositorio contiene los datos de capacidad hospitalaria divulgados por la Secretaría de Salud a través del portal de la UNAM https://www.gits.igg.unam.mx/red-irag-dashboard/reviewHome#
Los datos puedes encontrarlos con el siguiente DOI: 10.17605/OSF.IO/9NU2D. En dicho repositorio los datos descargados sin procesar están en la carpeta [estatal/] o [unidad_medica] según desees los datos desagregados por unidad o sólo por entidad. Se han procesado las bases pegando todas las fechas en [procesadas] para generar una única base de estados y una única de unidades. Te sugiero usar esas.
Para evitar que eventualmente quiten los vínculos a las bases éstas se encuentran ya publicadas con el siguiente DOI 10.17605/OSF.IO/9NU2D así como en este repositorio de Github
La información del 2022-05-21 y 2022-05-22 no está disponible en la página de la UNAM y por tanto no está disponible aquí.
Se han usado en Serendipia.
Si usas este repositorio en algo, ¡avísame para ponerlo aquí!
En la carpeta predicted/ puedes encontrar las imágenes de ocupación hospitalaria predichas y el csv de donde salen los datos.
En la carpeta model/ puedes encontrar el modelo usado.
Si deseas descargar los datos por ti misma, el archivo scripts/descarga_estatal.py contiene el webscrapper para entrar al portal y bajar los datos de manera automática. Para hacerlo es necesario que tengas chromedriver (descarga aquí) vinculado a '/usr/local/bin/chromedriver' y GoogleChrome o Chromium.
En caso contrario, dentro del archivo es necesario que cambies las primeras líneas:
direccion_chromedriver = '/usr/local/bin/chromedriver'Para correrlo basta con hacer:
#Descarga todas las fechas que no tengas en tu carpeta
python3 scripts/descarga_estatal.pyy de manera automática realiza la descarga. Para fechas específicas:
#Descarga desde "2020-09-12" hasta "2020-09-15"
python3 scripts/descarga_estatal.py "2020-09-12" "2020-09-15" o bien descargar a partir de un momento
#Descarga desde "2021-01-01" hasta el día de ayer
python3 scripts/descarga_estatal.py "2021-01-01"Ojo Te recomiendo ir de 20 en 20 días porque si no arroja error.
En Linux puedes usar un crontab como sigue:
00 15 * * * export DISPLAY=:0 && /bin/sh /directorio/a/CapacidadHospitalariaMX/download_only.sh > /dev/null 2>&1para saber qué número de display tienes:
env | grep 'DISPLAY'El archivo scripts/genera_base_unica.R se encarga de generar una única base en .rds con la información completa.
El archivo scripts/grafica_ocupacion.R se encarga de generar la gráfica diaria de ocupación.
El archivo model/fit_model_hosp_multistate.R se encarga de generar las predicciones a partir del modelo programado en STAN.
El sitio del modelo está dentro de [docs]. Siéntete en libertad de ayudarnos a mejorar su interactividad.
Ve las guías de colaboración. Una buena idea del modelo es checar los issues y ver cuáles se sugieren como commits iniciales.
Nota Disculpa si no tengo mucho tiempo para esto. Lo mantengo lo mejor que puedo.