CysBond Predictor

¿Qué es CysBond Predictor?

Se trata de un script de Python que permite identificar potenciales puentes disulfuro en un archivo PDB que contenga la estructura de una proteína. Además de reportar estos puentes disulfuro también genera un fichero .py que permite la visualización de la estructura tridimensional de la proteína y los puentes disulfuro utilizando la herramienta PyMOL. El programa permite al usuario personalizar los parámetros que determinan los potenciales puentes disulfuro (distancia entre cisteínas y ángulo diedro formado). Para que un par de cisteínas sean consideradas para un potencial puente disulfuro deben cumplir por defecto con un ángulo de entre 84º y 96º y una distancia de entre 1.5 Å y 2.5 Å. Por motivos de calidad de la estructura, las cisteínas con un B-factor superior a 30 Å $^2$ si la estructura se ha obtenido experimentalmente, o un pLDDT inferior a 50 si la estructura ha obtenido por predicción, serán descartadas.

¿Qué se incluye en el repositorio?

• cysbond_pred.py es el script con el código del programa.
• Manual_usuario_CysBond_Predictor.pdf es el documento con las instrucciones para el uso del programa, los distintos parámetros de entrada y salidas proporcionadas, así como ejemplos de uso del script.
• ejemplos/ es la carpeta que contiene los ficheros PDB con la estructura de proteínas que se proporcionan como ejemplos y cuyo análisis se describe en el Manual. Incluye 10 ficheros PDB correspondientes a distintas proteínas, obtenidos experimentalmente o mediante predicción.

Dependencias necesarias

Para poder ejecutar el script es necesario tener instalados los siguientes programas y paquetes. Se incluyen las versiones utilizadas en el desarrollo del script, con las que no hay problemas de compatibilidades:

• Python versión 3.11.8
• PyMOL versión 3.0.2
• Paquete Biopython versión 1.83
• Paquete NumPy versión 1.26.4
• Paquete tabulate versión 0.9.0

Contacto y mantenimiento

Este programa ha sido desarrollado por Samuel Lozano Juárez, como parte de la asignatura Bioinformática Estructural del Máster en Bioinformática de la Universitat de València (España). Para cualquier consulta acerca del funcionamiento del programa dirigirse a una de las siguientes direcciones de correo:

salojua@alumni.uv.es | samuellozanojuarez@gmail.com

El software es de libre uso para quien lo desee.