EN

breast cancer dataset by Burnasyan Federal Medical Biophysical Center Of Federal Medical Biological Agency (Moscow, Russia) contains link for 40K+ breast tumor tissue images data set and annotations.

1. for research and education purposes
2. when use, please, quote
   Borbat A.M., Lishchuk S.V. The first Russian breast pathology histologic images data set. Information technologies for the Physician. 2020. 3:25-30. DOI: 10.37690/1811-0193-2020-3-25-30
3. short description: contains 42904 images of 12 breast pathology entities with clinical data (age, grade, TNM)
4. data set preparation procedure

1. slides with breast (female) tissue samples were selected: 91 patients, 104 slides
2. WSI scanning (Ventana iScan HT, obj 20, pixel size 0,465 μm)
3. qualified pathologist cropped each WSI for non overlapping regions of interest

• x4: size 3750х2750 μm (1633х1185 px)
• x10: size 1500х1125 μm (1633х1185 px)

4. cut region of interest images into 300х300 and 500х500 px:

• x4: 0,475 sq mm and 1,318 sq mm
• x10: 0,076 sq mm and 0,211 sq mm

5. images were reviewed by qualified pathologists to withdraw pictures containing <20% pathologically changed epithelia

5. link - https://drive.google.com/file/d/166F4sv-6gc9ArMvTjWPnnkT9aKva1Cra/view?usp=sharing
6. annotation file burnasyan_br.csv

• IDX - microscopy slide unique identifier
• Num - clinical case unique identifier
• age - age
• Dia - WHO pathologic classification: CR - non specified invasive carcinoma, Lob_CR - lobular invasive carcinoma, Muc_CR - mucinous carcinoma, Cribr_CR - cribriform carcinoma, DCIS - nin invasive ductal carcinoma, FA - fibroadenoma, FCD - cystic disease, adenosis, Medul_CR - medullary carcinoma, Micpap_CR - micropapillary carcinoma, Pap_CR - solid papillary carcinoma, Papilloma - benign papilloma
• Dia2 - type (Benign, InSitu, Invasive)
• biopsy - surgery OR biopsy sample
• Grade - grade: benign lesions - G0, invasive - Nottingham Histologic Score, DCIS - nuclear grade
• TNM - TNM 8: includes pT and pN; if no surgery data - cT и cN
• obj10_300 - quantity of images x10; size 300х300 px
• obj10_500 - quantity of images x10; size 500х500 px
• obj4_300 - quantity of images x4; size 300х300 px
• obj4_500 - quantity of images x4; size 500х500 px

RU

набор данных патологических процессов молочной желез, подготовленный в ФГБУ ГНЦ ФМБЦ им А.И.Бурназяна ФМБА России содержит ссылку на набор из более 40 тыс изображений и описание

1. только для исследовательских и образовательных целей
2. при использовании набора данных обязательная ссылка на публикацию
   Борбат А. М., Лищук С. В. Первый российский набор данных гистологических изображений патологических процессов молочной железы. Врачи и информационные технологии. 2020. 3:25-30. DOI: 10.37690/1811-0193-2020-3-25-30.
3. краткое описание: содержит 42904 изображения 12 категорий опухолевых и неопухолевых поражений молочной железы с клиническими характеристиками (возраст, TNM, дифференцировка)
4. процедура подготовки набора данных

1. отобраны микроскопические препараты с патологически измененными тканями молочной железы: 91 пациент, 104 микропрепарата
2. сканирование (Ventana iScan HT, увеличение объектива 20, размер пикселя 0,465 мкм)
3. в каждом микропрепарате врач-патологоанатом отбирал непересекающиеся зоны с наличием патологического очага

• при увеличении 4 размером 3750х2750 мкм (1633х1185 пикселей), площадью 10,5 кв мм
• при увеличении 10 размером 1500х1125 мкм (1633х1185 пикселей), площадью 1,7 кв мм

4. изображения разделены на квадраты 300х300 и 500х500 пикселей:

• при увеличении 4, соответственно, 0,475 кв мм и 1,318 кв мм
• при увеличении 10, соответственно, 0,076 кв мм и 0,211 кв мм

5. изображения повторно просмотрены патологоанатомом: изображения, где железистый компонент патологического очага визуально составлял менее 20% площади изображения, удалялись из набора данных

5. ссылка на набор изображений - https://drive.google.com/file/d/166F4sv-6gc9ArMvTjWPnnkT9aKva1Cra/view?usp=sharing
6. аннотация - burnasyan_br.csv

• IDX - уникальный идентификатор микропрепарата
• Num - уникальный идентификатор клинического случая
• age - возраст пациента на момент исследования
• Dia - морфологический вариант патологического процесса в соответствии с классификацией ВОЗ: CR - неспецифицированный инвазивный рак, Lob_CR - дольковый инвазивный рак, Muc_CR - муцинозная карцинома, Cribr_CR - крибриформная карцинома, DCIS - неинвазивный внутрипротоковый рак, FA - фиброаденома, FCD - фиброзно-кистозная мастопатия, аденоз, Medul_CR - медуллярная карцинома, Micpap_CR - микропапиллярный рак, Pap_CR - солидный папиллярный рак, Papilloma - доброкачественная папиллома
• Dia2 - характер патологического процесса (Benign, InSitu, Invasive)
• biopsy - операционный (surgery) или биопсийный материал (biopsy)
• Grade - оценка степени злокачественности: для инвазивных опухолей по Ноттингемским критериям, для протоковой карциномы инситу - по критериям ядерного полиморфизма, G0 соответствует доброкачественным поражениям
• TNM - классификация случая по системе TNM 8 пересмотра, включены только категории pT и pN, в ряде случаев используется cT и cN, если оперативное вмешательство не проводилось
• obj10_300 - количество изображений при увеличении 10 и размере 300х300 пикселей
• obj10_500 - количество изображений при увеличении 10 и размере 500х500 пикселей
• obj4_300 - количество изображений при увеличении 4 и размере 300х300 пикселей
• obj4_500 - количество изображений при увеличении 4 и размере 500х500 пикселей