-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
main_v1.m
175 lines (138 loc) · 4.21 KB
/
main_v1.m
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
clc;
clear;
clear all;
close all;
path='C:\Users\cc\Desktop\segmentasyon\15-5-2015bt\SE000002\CT000022';
%path='C:\Users\cc\Desktop\segmentasyon\15-5-2015bt\SE000002\CT000025';
%path='C:\Users\cc\Desktop\segmentasyon\29-12-2015bt\SE000003\CT000035';
%path='C:\Users\cc\Desktop\segmentasyon\11-3-2015\SE000000\CT000011';
%path='C:\Users\cc\Desktop\segmentasyon\29-12-2015bt\SE000003\CT000016';
info = dicominfo(path);
imgHdr = dicominfo(path);
imgHdr
intercept = dicomlookup('0028', '1052')
slope = dicomlookup('0028', '1053')
metadata = dicominfo(path);
metadata.(dicomlookup('0028', '1052'))
metadata.(dicomlookup('0028', '1051'))
metadata.(dicomlookup('0028', '1050'))
readimage = dicomread(path); %CT görüntüsünü okuma
image = int16(readimage) - 1024; % hounsfield scalasýna cevirme
original_image=image;
image(image>-140) = 255; %kemikli bölge belirginleþtiridi.
minimum=min(image(:));
image(480:end,:)=minimum; %tomografi görüntülerinde çýkan sedyeyi yok etme
figure(1);
imshow(original_image,[]);
title('Orjinal CT ');
% lungCT=image;
%
% %lung CT values Ww 1500 Wc -600
%
% lungCT(lungCT>1200)=1200;
% lungCT(lungCT<-600)=-600;
% figure(1);
% imshowpair(readimage,lungCT,'montage');
% title('Orjinal CT lung CT values Ww 1500 Wc -600');
%akciðeri görüntüleme
figure(2);
imshow(image,'DisplayRange',[]);
title('HU -140 dan büyük olan bölge beyazyapýldý ');
%2 defa median filtre ile gürültüler atýlýr.
image = medfilt2(image, [9 9]);
lung=FoundLung_v1(original_image,image);
%segmente edilmiþ akçiðerde circle arama
figure(3);
imshow(lung,[]);
title('segmentasyon Akciðer Sonucu akciðerler ');
[c, r] = imfindcircles(lung, [1 5], 'ObjectPolarity','dark','Sensitivity', 0.94);
figure(4);
title('lung');
imshow(lung,[]);
str = sprintf('lung circle arama circle sayisi :%d/',size(r,1));
title(str);
viscircles(c,r);
size(r,1)
fark=original_image-lung;
figure(5);
imshowpair(fark,lung,'montage');
title('akçiðer farkýý')
lungImage=lung;
%lung CT values Ww 1500 Wc -600
lungCT=lung;
lungCT(lungCT>1200)=1200;
lungCT(lungCT<-600)=-600;
figure(6);
imshowpair(lungCT,lungCT,'montage');
[c, r] = imfindcircles(lungCT, [1 5], 'ObjectPolarity','dark','Sensitivity', 0.94);
viscircles(c,r);
str = sprintf('lung CT values Ww 1500 Wc -600circle araMa #CÝRCLE :%d/',size(r,1));
title(str);
%damarlarý temizleme
clearlung=clearVessel_v1(lung);
figure(7);
imshow(clearlung,[]);
title('damarlar temizlenmiþ akciðer');
% [c, r] = imfindcircles(clearlung, [1 5], 'ObjectPolarity','dark','Sensitivity', 0.94);
[c, r] = imfindcircles(clearlung, [1 5],'ObjectPolarity','dark','Sensitivity', 0.94);
counter = 0;
k = 1;
realSize=size(c);
realSize=realSize(1);
kalacaklarMerkez = zeros(realSize,2);
kalacaklarYaricap = zeros(realSize,1);
for i=1:realSize
counter=0;
for j=1:realSize
if(i==j)
continue;
elseif( sqrt(((c(i,1)-c(j,1)))^2 + (c(i,2)-c(j,2))^2 ) - 10 < r(i,1)+r(j,1))
% kalacaklarMerkez(k,1)=c(i,1);
% kalacaklarMerkez(k,2)=c(i,2);
% kalacaklarYaricap(k)=r(i);
% k=k+1;
counter=counter+1;
end;
end;
if(counter>1)
kalacaklarMerkez(k,1)=c(i,1);
kalacaklarMerkez(k,2)=c(i,2);
kalacaklarYaricap(k)=r(i);
k=k+1;
end
end;
lastNonZero = find(kalacaklarYaricap, 1, 'last');
lastNonZero
kalacaklarMerkez(lastNonZero+1:realSize,:)=[];
kalacaklarYaricap(lastNonZero+1:realSize)=[];
%viscircles(kalacaklarMerkez,kalacaklarYaricap);
%
figure(8);
imshow(clearlung,[]);
str = sprintf('her çemberin merkezinde 10 piksel yakýn 2 den fazla circle:%d/',size(kalacaklarYaricap,1));
title(str);
viscircles(kalacaklarMerkez,kalacaklarYaricap);
figure(9);
title('lung');
imshow(clearlung,[]);
str = sprintf('clearlung circle arama circle sayisi :%d/',size(r,1));
title(str);
viscircles(c,r);
size(r,1)
www=clearlung;
lung_www=www;
lung_www(lung_www==1100)=0;
figure(87);
title('www');
imshow(www,[]);
figure(88);
title('www');
imshow(lung_www,[]);
[c, r] = imfindcircles(lung_www, [1 5], 'ObjectPolarity','dark','Sensitivity', 0.94);
figure(89);
title('lung');
imshow(lung_www,[]);
str = sprintf('clearlung circle arama circle sayisi :%d/',size(r,1));
title(str);
viscircles(c,r);
size(r,1)