Skip to content

Latest commit

 

History

History
executable file
·
123 lines (92 loc) · 3.53 KB

README.md

File metadata and controls

executable file
·
123 lines (92 loc) · 3.53 KB
Raw

Instalación de las bibliotecas NetCDF4-Fortran

Las bibliotecas de NetCDF4-Fortran tiene como prerequisito las bibliotecas de zlib, HDF5 y NetCDF4-C. Lo primero que debemos hacer es instalar el compilador de C y de Fortran, que en el caso de estar usando Linux (Ubuntu) lo más recomendable es instalarlo con:

sudo apt install gfortran g++ m4

Para MacOSX lo más recomendable es usar el que viene en el Homebrew, para eso, simplemente escribimos

brew install gfortran m4

El siguiente paso es instalar las dependencias y las bibliotecas como tal, lo cual está automatizado en el script install_netcdf.sh. Este script se descarga desde el repositorio y se ejecuta de la siguiente manera:

wget -nc https://raw.githubusercontent.com/dspelaez/install-netcdf-fortran/master/install_netcdf.sh
sudo CC=gcc FC=gfortran MAINDIR=/usr/local/netcdf ./install_netcdf.sh

donde las variables CC y FC son los compiladores de C y Fortran, respectivamente. Al ejecutar este script se instalarán todas las bibliotecas en la ruta MAINDIR=/usr/local/netcdf, por lo tanto tengo que agregar dicha ruta a la variable de entorno DYLD_LIBRARY_PATH en MacOSX y LD_LIBRARY_PATH en Linux, es decir, agrego al .profile lo siguiente:

export LD_LIBRARY_PATH=$NCDIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH

o

export DYLD_LIBRARY_PATH=$NCDIR/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH

dependiendo del caso.

Compilación del modelo WAVEWATCH III 5.16

El modelo WAVEWATCH III 5.16 es bastante amigable a la hora de instalar y de compilar. Lo primero es descargar el .tar de la página de la NOAA con el código fuente. Lo ponemos en nuestro directorio de trabajo y lo descomprimimos con

tar -xf wwatch3.v5.16.tar.gz

Ahí se generará un script llamado install_ww3_tar que nos guiará en la instalación. Las opciones que yo le pongo son:

  • Hago una instalación local, es decir, me genera un archivo en ${WW3DIR}/wwatch3.env, esto es para que podamos tener varias versiones del modelo en el mismo computador.
  • Cuando pregunta por los compiladores le pongo las rutas completas de donde están el gcc y el gfortran.

Una vez haya instalado el modelo hay que agregar al ~/.profile las rutas donde quedó instalado el modelo. En mi caso es:

export WW3DIR=$HOME/Models/ww3/5.16

Debemos modificar los archivos comp, link y switch. En este caso yo quiero instalar el WW3 en serie y con soporte para NetCDF4, entonces primero debo editar el archivo switch para incluir dichas especificaciones:

cd $WW3DIR/bin/
vim switch

y agrego la clave NC4. Luego hago una copia de las archivos comp y link que vienen con el sufijo .gnu, es decir

cp comp.gnu comp
cp link.gnu link

Adicionalmente para instalar con NetCDF4 necesitamos agregar las siguientes variables de entorno:

export WWATCH3_NETCDF=NC4
export NETCDF_CONFIG=$NCDIR/bin/nf-config

donde generalmente $NCDIR=/usr/local/netcdf si usamos el scritpt install_netcdf.sh.

Finalmente podemos hacer la prueba de que quedó bien compilado que viene en el manual

ln3 ctest
ad3 test ctest
ad3 ctest 1

Si todo sale bien ya podremos compilar el modelo sin problema ejecutando

$WW3DIR/bin/w3_make

Si sale un error en la compilación, hacemos las modificaciones pertinentes y luego generamos una nueva compilación con

$WW3DIR/bin/w3_clean
$WW3DIR/bin/w3_new
$WW3DIR/bin/w3_make