sivirep: Generación automatizada de reportes a partir de bases de datos de vigilancia epidemiológica 
sivirep es desarrollado por la Pontificia Universidad Javeriana como parte de la iniciativa Epiverse.
La versión actual de sivirep 1.0.0 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, que es el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.
El uso de esta librería, así como de los datos, reportes generados y otros productos derivados de la misma, se realiza bajo la responsabilidad exclusiva del usuario. Ni los autores de la librería, ni la Pontificia Universidad Javeriana, ni la fuente de información asumen responsabilidad alguna por los resultados obtenidos o el uso que se haga de dichos productos.
América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.
Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.
El objetivo de sivirep es proporcionar un conjunto de herramientas
para:
- Descargar, preprocesar y preparar los datos de SIVIGILA para su posterior análisis.
- Generar informes epidemiológicos automatizados adaptables al contexto.
- Proporcionar retroalimentación sobre el sistema de vigilancia al proveedor de la fuente de datos.
- Profesionales de salud pública y de epidemiología de campo que utilizan la fuente de datos de SIVIGILA a nivel local.
- Estudiantes del área de la salud y epidemiología.
- Investigadores y analistas de datos a nivel nacional e internacional.
Las versiones futuras de sivirep podrían incluir:
- Interacción con otras fuentes de datos en Colombia.
- Otros sistemas de vigilancia epidemiológica en América Latina.
Las contribuciones son bienvenidas via pull requests.
Los contribuyentes al paquete incluyen:
Autores: Geraldine Gómez-Millán, Zulma M. Cucunubá, Jennifer A. Mendez-Romero y Claudia Huguett-Aragón
Contribuyentes: Hugo Gruson, Juanita Romero-Garcés, Jaime A. Pavlich-Mariscal, Andrés Moreno, Miguel Gámez, Laura Gómez-Bermeo, Johan Calderón, Lady Flórez-Tapiero, Verónica Tangarife-Arredondo y Gerard Alarcon
Por favor, ten en cuenta que el proyecto sivirep se publica con un
Código de Conducta para
Contribuyentes.
Al contribuir a este proyecto, aceptas cumplir con sus términos.
Puedes instalar sivirep desde CRAN utilizando:
install.packages("sivirep")Si deseas instalar la versión de desarrollo de sivirep desde GitHub
puedes hacerlos con el siguiente comando:
install.packages("pak")
pak::pak("epiverse-trace/sivirep")También, puedes utilizar cualquiera de estas dos opciones:
install.packages("remotes")
remotes::install_github("epiverse-trace/sivirep")install.packages("sivirep", repos = c("https://epiverse-trace.r-universe.dev", "https://cloud.r-project.org"))Puedes iniciar importando el paquete después de finalizada su instalación con el siguiente comando:
library(sivirep)Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga de forma libre utilizando los comandos:
lista_eventos <- list_events()
knitr::kable(lista_eventos)🦠Listado de enfermedades (haz clic para ver)
Codigo Enfermedad Año 100 Accidente Ofídico 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 300 Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 735 Anomalías Congénitas 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 110 Bajo Peso Al Nacer 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 155 Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023 459 Cáncer Infantil 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 205 Chagas 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 217 Chikunguya 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 210 Dengue 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 220 Dengue Grave 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 112 Desnutrición Aguda En Menores De 5 Años 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 230 Difteria 2018, 2019, 2021 345 Esi - Irag (Vigilancia Centinela) 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 349 Eta Colectivo 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 298 Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 228 Exposición A Flúor 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019 310 Fiebre Amarilla 2007, 2008, 2009 320 Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 330 Hepatitis A 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 340 Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 341 Hepatitis C 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 343 Hipotiroidismo Congénito 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 348 Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 356 Intento De Suicidio 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 412 Intoxicación Por Gases 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 370 Intoxicación Por Medicamentos 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 390 Intoxicación Por Metales Pesados 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 380 Intoxicación Por Metanol 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 410 Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 360 Intoxicación Por Plaguicidas 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 400 Intoxicación Por Solventes 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 420 Leishmaniasis Cutánea 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 430 Leishmaniasis Mucosa 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 440 Leishmaniasis Visceral 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 450 Lepra 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 455 Leptospirosis 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 452 Lesiones Por Artefactos Explosivos (Pólvora Y Minas Antipersonal) 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 458 Lesiones Por Pólvora Y Explosivos 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 456 Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 457 Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 465 Malaria 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 460 Malaria Asociada (Formas Mixtas) 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 495 Malaria Complicada 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 470 Malaria Falciparum 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 490 Malaria Vivax 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 500 Meningitis Meningocócica 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 510 Meningitis Por Haemophilus Influenzae 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 520 Meningitis Por Neumococo 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 530 Meningitis Tuberculosa 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 549 Morbilidad Materna Extrema 2012, 2013, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 998 Morbilidad Por Eda 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 995 Morbilidad Por Ira 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 550 Mortalidad Materna 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 560 Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 580 Mortalidad Por Dengue 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 590 Mortalidad Por Eda 0-4 Años 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 600 Mortalidad Por Ira 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 540 Mortalidad Por Malaria 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 620 Parotiditis 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 670 Rabia Humana 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2015, 2016, 2017, 2020 710 Rubeola 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012 730 Sarampión 2011, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020 739 Síndrome Inflamatorio Multisistémico En Niños Asociado A Sars-Cov2 2022, 2023 760 Tétanos Accidental 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 770 Tétanos Neonatal 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 790 Tifus Endémico Trasmitido Por Pulgas 2013, 2014 780 Tifus Epidémico Transmitido Por Piojos 2014 800 Tos Ferina 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 305 Tracoma 2017, 2018, 2019, 2022 810 Tuberculosis Extra Pulmonar 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 825 Tuberculosis Farmacorresistente 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 820 Tuberculosis Pulmonar 2010, 2011, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 831 Varicela Individual 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 875 Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 895 Zika 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023
Actualmente, sivirep provee una plantilla de reporte llamada
Reporte Básico {sivirep}, la cual recibe los siguientes parámetros de
entrada: el nombre de la enfermedad, el año, el nombre del país, el
nombre del departamento (opcional) y el nombre del municipio (opcional)
para descargar los datos de la fuente de SIVIGILA.
Para hacer uso de la plantilla del reporte puedes seguir los siguientes pasos:
El reporte que obtendrás al utilizar la plantilla de sivirep es este:
Si deseas generar el reporte en formato PDF debes instalar LateX. Puedes instalarlo siguiendo las instrucciones que se encuentran en R Markdown Cookbook.