for & if & apply

ans<-0    ans <- ans + i # 将每次的值累加





#for循环#
for (i in 1:nrow(rawexprSet)) {
  rawexprSet[i,10]<-2^rawexprSet[i,10]
}






#if条件应用#
if (逻辑判断值){
  expr1
}else{
  expr2
}






#for循环与if条件联合应用#
for (i in 1:nrow(rawexprSet)) {
if ( rawexprSet[i,10]<1){
  rawexprSet[i,10]<- -1/rawexprSet[i,10]
}else{
  rawexprSet[i,10]
}
}







###箱线图for循环，批量输出表达比较图###
library(ggplot2)
library(ggpubr)
my_comparisons <- list(c("Control","Ischemia"),c("Control","Reperfusion-30"),
                       c("Control","Reperfusion-120"),c("Ischemia","Reperfusion-30"),
                       c("Ischemia","Reperfusion-120"))
dir.create("copper boxplot")

#重大创新！！！！
options(digits = 2)	                   #设定显示到小数点后两位
for (i in 1:nrow(gene1)) {             #gene1为单列的基因名数据框#
  name1=paste0("./copper boxplot/boxplot_",gene1[i,1],".png")
#pdf(file=   name1)
p1<-ggboxplot(
  dd, x = "group", y = gene1[i,1],                            #第888888888888处需要改的地方，把CD36改成自己的基因。
  color = "group",# palette = c("#00AFBB", "#E7B800"),
  add = "jitter")+
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "t.test")
 
# +theme(axis.text.x = element_text(angle = 30, hjust = 1, vjust = 1)       #字体倾斜30度（可加可不加）

ggsave(name1,                          #较为安全的图片保存格式
       p1,
       width = 12,
       height = 8)
}






#####将结果循环输入excel各个sheet中######
library(rJava)
library(xlsxjars)
library(xlsx)

for ( j in 1:9) {
  
metadat <- read.xlsx("./meta_R.xlsx", sheetIndex =j) 
for (i in 1:nrow(metadat)) {
  
metadat$Conbine[i]<-paste0(metadat[i,1],metadat[i,4],"/",metadat[i,6])
}
#####下面是以后读入Excel的标准格式####
write.xlsx(metadat, file="file1.xlsx", sheetName=as.character(j), append=TRUE, row.names=FALSE) #####as.character()保证输出的是带引号的字符串很重要######
#####上面是以后读入Excel的标准格式####
}







###### apply函数运用 #######
apply(a,1,function(x){ })     ##a是矩阵，1是行，2是列， x是每一行/列


######用R去除全是0的行#######
X[which(rowSums(X) > 0),]




  
######merge合并函数#######
d3=merge(x=d1,y=d2,by.x="x2",by.y="y2")   #按x的列合并