Molecular Dynamics - Sorbonne University

This project contains Julia code, notes (LaTex), and a presentation (LaTex) for a course on Molecular Dynamics at Sorbonne University.

Conductivité thermique négative des chaînes de rotors avec forçage mécanique

Prérequis :

1) Installer Julia v1.4 (https://julialang.org)

2) Depuis le terminal exécuter le script install_packages.jl, qui se
   trouve dans le répertoire racine de se projet :

    julia install_packages.jl

Afin de faire exécuter le code aussi vite que possible il est conseillé d'utiliser le Julia REPL. Depuis le terminal lancer le REPL :

julia --check-bounds=no

Veuillez noter que la première execution du code ci-dessous nécessite le chargement de plusieurs bibliothèques. Ce chargement dure quelques secondes. En exécutant le code depuis le Julia REPL, après la première exécution, le code s'exécute beaucoup plus rapidement.

Moment cinétique moyenne

Afficher le moment cinétique moyenne de la chaîne depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_average_momentum.jl

Erreur

Afficher l'erreur entre la loi jointe des distances/impulsions et le produit tensoriel des distances/impulsions depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_distribution_error.jl

Flux d'énergie

Afficher le flux d'énergie depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_energy_current.jl

Flux d'énergie normale

Afficher le flux d'énergie "normale" (calculé avec plot_energy_current.jl) depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_energy_current_normal.jl

Flux d'énergie étrange

Afficher le flux d'énergie "étrange" (calculé avec plot_energy_current.jl) depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_energy_current_strange.jl

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Afficher la distribution de la distance du rotor le plus chaud depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_gibbs_distance.jl

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Afficher la distribution du moment cinétique du rotor le plus chaud depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_gibbs_momentum.jl

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Afficher la température de plusieurs chaînes de tailles différentes depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_scaled_temperature.jl

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Afficher la température de la chaîne depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_temperature.jl

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Afficher la conservation d'énergie du schéma de Verlet depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_verlet_energy.jl

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Afficher la relation entre l'énergie et le pas de temps du schéma de Verlet depuis le Julia REPL :

include("src/plots/plot_verlet_energy_spread.jl