Azure CycleCloud template for Quantum Chemistry and Molecular Dynamics (QCMD)

Prerequisites

1. Install CycleCloud CLI

Applications

Cluster Application

1. QuantumESPRESOO 6.5,6.6,6.7,6.8,7.0 GPU: 7.0
2. ESM RISM QuantumESPRESOO
3. LAMMPS 7Aug2019, 3Mar2020, 29Oct2020, 29Sep2021 u1/2/3
4. GROMACS 2019, 2020, 2021, 2022
5. GAMESS US (Need to get source file set up project.ini and locates in blobs directory)
6. NAMD 2.14b1 (Need to get source file set up project.ini and locates in blobs directory)

### Windows VM Application 1. Paraview 5.7.0 1. VMD 1.9.3 (Need to get source file set up project.ini and locates in blobs directory)

Support Functions

1. OSS PBS Pro job scheduler environment
2. NFS Server 1TB in master node
3. Fixed Global IP
4. Support VM: H16r, H16r_Promo, HC44rs, HB60rs, HB120rs_v2
5. Windows NFS client and mount (WIP)

How to install

1. tar zxvf cyclecloud-QCMD.tar.gz
2. cd cyclecloud-QCMD
3. run "cyclecloud project upload " for uploading template to CycleCloud
4. "cyclecloud import_template -f templates/openpbs_qcmd.txt" for register this template to your CycleCloud

How to run QCMD

1. Create Execute Node manually
2. Check Node IP Address
3. Create hosts file for your nodes
4. qsub ~/qerub.sh

Known Issues

1. This tempate support only single administrator. So you have to use same user between superuser(initial Azure CycleCloud User) and deployment user of this template

Azure CycleCloud用テンプレート:QCMD with OSS PBS Pro

Azure CycleCloud はMicrosoft Azure上で簡単にCAE/HPC/Deep Learning用のクラスタ環境を構築できるソリューションです。

Azure CyceCloudのインストールに関しては、こちら のドキュメントを参照してください。

第一原理、量子化学、分子動力学アプリケーション用のテンプレートになっています。 以下の構成、特徴を持っています。

Cluster アプリケーション

1. QuantumESPRESOO 6.5,6.6,6.7,6.8,7.0 GPU: 7.0
2. ESM RISM QuantumESPRESOO
3. LAMMPS 7Aug2019, 3Mar2020, 29Oct2020, 29Sep2021 u1/2/3
4. GROMACS 2019, 2020, 2021, 2022
5. GAMESS US (無料ですが、ライセンス制のため自身でファイル取得とproject.ini, blobsディレクトリへの設置が必要です)
6. NAMD 2.14b1 (無料ですが、ライセンス制のため自身でファイル取得とproject.ini, blobsディレクトリへの設置が必要です)

## Windows VM アプリケーション 1. Paraview 5.7.0 1. VMD 1.9.3 (無料ですが、ライセンス制のため自身でファイル取得とproject.ini, blobsディレクトリへの設置が必要です)

その他の機能

1. OSS PBS ProジョブスケジューラをMasterノードにインストール、計算ノード(Execノード)にも自動設定
2. H16r, H16r_Promo, HC44rs, HB60rs, HB120rs_v2を想定したテンプレート、イメージ
   • OpenLogic CentOS 7.6 HPC を利用
3. Masterノードに512GB * 2 のNFSストレージサーバを搭載
   • Executeノード（計算ノード）からNFSをマウント
4. MasterノードのIPアドレスを固定設定
   • 一旦停止後、再度起動した場合にアクセスする先のIPアドレスが変更されない

QCMDテンプレートインストール方法

前提条件: テンプレートを利用するためには、Azure CycleCloud CLIのインストールと設定が必要です。詳しくは、 こちら の文書からインストールと展開されたAzure CycleCloudサーバのFQDNの設定が必要です。

1. テンプレート本体をダウンロード
2. 展開、ディレクトリ移動
3. cyclecloudコマンドラインからテンプレートインストール
   • tar zxvf cyclecloud-QCMD.tar.gz
   • cd cyclecloud-QCMD
   • cyclecloud project upload (cyclecloud locker name)
   • cyclecloud import_template -f templates/openpbs_qcmd.txt
4. 削除したい場合、 cyclecloud delete_template QCMD コマンドで削除可能

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