Tools to Work with ASCII MeSH Files
Tools to Work with ASCII MeSH Files
Ref:
- ftp://nlmpubs.nlm.nih.gov/online/mesh/MESH_FILES/asciimesh/
- https://stackoverflow.com/questions/52814022/how-to-split-txt-file-at-specific-location-and-import-each-part-as-table-in-r/52815428?noredirect=1#comment92554994_52815428
The following functions are implemented:
list_mesh_files: List ASCII MeSH Files Available For Downloadread_mesh_file: Download and parse an ASCII MeSH File
devtools::install_github("hrbrmstr/whatamesh")library(whatamesh)
# current verison
packageVersion("whatamesh")## [1] '0.1.0'
list_mesh_files()## # A tibble: 3 x 3
## `Size (Bytes)` `Last Modified` File
## <chr> <chr> <chr>
## 1 98499407 Oct 15 04:38 c2018.bin
## 2 29052512 Jul 16 04:31 d2018.bin
## 3 85614 Jul 16 04:30 q2018.bin
If the string passed in matches a local filename it will be read in locally, otherwise it will be downloaded. NOTE: large files take a while.
Nested:
read_mesh_file("q2018.bin")## # A tibble: 79 x 16
## RECTYPE SH QE QA QT MS AN HN QX DA MR DQ UI OL TN QS
## <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lis> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <lis> <chr>
## 1 Q diagnostic imaging DIAG… DG 1 Used… subh… 2017… <chr… 2016… 2016… 2017… Q000… <NA> <NUL… <NA>
## 2 Q abnormalities ABNO… AB 1 Used… subh… 66; … <chr… 1973… 2015… 1966… Q000… sear… <chr… <NA>
## 3 Q administration & dosage ADMIN AD 1 Used… "sub… 66; … <chr… 1973… 2017… 1966… Q000… sear… <chr… ADMI…
## 4 Q adverse effects ADV … AE 1 Used… subh… 66; … <chr… 1973… 2017… 1966… Q000… sear… <chr… <NA>
## 5 Q analogs & derivatives ANAL… AA 1 Used… subh… 75; … <chr… 1974… 2017… 1975… Q000… sear… <chr… <NA>
## 6 Q analysis ANAL AN 1 "Use… "sub… 67; … <chr… 1973… 2003… 1967… Q000… sear… <chr… <NA>
## 7 Q anatomy & histology ANAT AH 1 Used… subh… 66; … <chr… 1973… 2017… 1966… Q000… sear… <chr… ANAT…
## 8 Q antagonists & inhibitors ANTAG AI 1 Used… subh… 68; … <chr… 1973… 2017… 1968… Q000… sear… <chr… <NA>
## 9 Q biosynthesis BIOS… BI 1 Used… "sub… 66; … <chr… 1973… 2003… 1966… Q000… sear… <chr… <NA>
## 10 Q blood BLOOD BL 1 "Use… "sub… 67; … <NUL… 1973… 2003… 1967… Q000… sear… <chr… <NA>
## # ... with 69 more rows
Wide:
read_mesh_file("q2018.bin", wide = TRUE)## # A tibble: 79 x 108
## RECTYPE SH QE QA QT MS AN HN QX QX.1 QX.2 QX.3 QX.4 QX.5 QX.6 QX.7 QX.8 QX.9 QX.10
## <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
## 1 Q diagn… DIAG… DG 1 Used… subh… 2017… X-ra… X-ra… X-ra… echo… echo… radi… radi… radi… roen… ultr… ultr…
## 2 Q abnor… ABNO… AB 1 Used… subh… 66; … agen… anom… apla… atre… birt… cong… defe… defo… hypo… malf… <NA>
## 3 Q admin… ADMIN AD 1 Used… "sub… 66; … admi… <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 4 Q adver… ADV … AE 1 Used… subh… 66; … side… <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 5 Q analo… ANAL… AA 1 Used… subh… 75; … anal… deri… <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 6 Q analy… ANAL AN 1 "Use… "sub… 67; … assa… chem… dete… <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 7 Q anato… ANAT AH 1 Used… subh… 66; … anat… anat… hist… morp… <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 8 Q antag… ANTAG AI 1 Used… subh… 68; … anta… anta… inhi… <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 9 Q biosy… BIOS… BI 1 Used… "sub… 66; … anab… biof… <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 10 Q blood BLOOD BL 1 "Use… "sub… 67; … <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## # ... with 69 more rows, and 89 more variables: QX.11 <chr>, DA <chr>, MR <chr>, DQ <chr>, UI <chr>, OL <chr>,
## # TN <chr>, TN.1 <chr>, TN.2 <chr>, TN.3 <chr>, TN.4 <chr>, TN.5 <chr>, TN.6 <chr>, TN.7 <chr>, TN.8 <chr>,
## # TN.9 <chr>, TN.10 <chr>, TN.11 <chr>, TN.12 <chr>, QS <chr>, TN.13 <chr>, TN.14 <chr>, TN.15 <chr>, TN.16 <chr>,
## # TN.17 <chr>, TN.18 <chr>, TN.19 <chr>, TN.20 <chr>, TN.21 <chr>, TN.22 <chr>, TN.23 <chr>, TN.24 <chr>,
## # TN.25 <chr>, TN.26 <chr>, TN.27 <chr>, TN.28 <chr>, TN.29 <chr>, TN.30 <chr>, TN.31 <chr>, TN.32 <chr>,
## # TN.33 <chr>, TN.34 <chr>, TN.35 <chr>, TN.36 <chr>, TN.37 <chr>, TN.38 <chr>, TN.39 <chr>, TN.40 <chr>,
## # TN.41 <chr>, TN.42 <chr>, TN.43 <chr>, TN.44 <chr>, TN.45 <chr>, TN.46 <chr>, TN.47 <chr>, TN.48 <chr>,
## # TN.49 <chr>, TN.50 <chr>, TN.51 <chr>, TN.52 <chr>, TN.53 <chr>, TN.54 <chr>, TN.55 <chr>, TN.56 <chr>,
## # TN.57 <chr>, TN.58 <chr>, TN.59 <chr>, TN.60 <chr>, TN.61 <chr>, TN.62 <chr>, TN.63 <chr>, TN.64 <chr>,
## # TN.65 <chr>, TN.66 <chr>, TN.67 <chr>, TN.68 <chr>, TN.69 <chr>, TN.70 <chr>, TN.71 <chr>, TN.72 <chr>,
## # TN.73 <chr>, TN.74 <chr>, TN.75 <chr>, TN.76 <chr>, TN.77 <chr>, TN.78 <chr>, QX.12 <chr>, QX.13 <chr>, QX.14 <chr>