intro.md

Titre de niveau 1 {-}

Note: Le {-} dans le fichier .md signal que la section ne sera pas numérotée.

Titre de niveau 2 {-}

Titre de niveau 3 {-}

Quelques rappels sur Markdown et Pandoc

Pour la syntaxe, ci-dessous est présenté "l'essentiel" pour la rédaction d'un document tel une thèse. Pour avoir des informations plus exhaustives et pour bien comprendre ce qu'est Markdown, voir la dernière spécification de Common Mark.

Pour convertir le fichier Markdown (.md) en fichier Latex (.tex), j'utilise le convertisseur universel de document Pandoc.

Synthaxe Pandoc Markdown {-}

Simple mise en forme {-}

Écrire en gras utiliser un "\emph": emph (en français c'est souligner en anglais c'est en italic). Utiliser un ^exposant^. Utiliser un indice on peut même barrer. Pour faire une énumération (hyphenation)\ :

• cool
• cool2

une liste numérotée\ :

1. cool
2. cool2

Note de bas de page

Une note de bas de page¹. Noter on peut les regrouper n'importe où dans le document.

Liens hypertextes

Une lien internet [nom du lien](adresse su lien), ex: Pandoc.

Citations {-}

Pour les citation courtes en anglais les guillemets anglais "That's one small step for man, one giant leap for mankind". Pour les guillements français, le plus simple est d'utiliser les codes HTML: « Vive le Québec libre! ».

Pour faire une citation plus longue que 2 lignes, il suffit d'utiliser '>':

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Symboles mathématiques et équations {-}

En ligne {-}

$votre equation$ Après il faut connaître les symboles latex. Il y a plein de référence en ligne, par exemple sur Wikilivres

Exemple: $\overline{x}$, $\mathcal{N}$

Équations {-}

Utiliser $$votre equation$$ pour insérer une équations. Pour faire des références aux équations insérées, j'utilise un filtre pandoc Pandoc-eqnos (écrit en python). Par exemple\ :

$$\prod_{i=1}^nu_n=1$$ {#eq:intr_1}

Voila, une référence à l'équation @eq:intr_1. Vous pouvez mettre des équations les unes à la suite des autres, elles seront alors considérées comme deux équations indépendantes.

$$\sum_{i=1}^nu_n=1$$ {#eq:intr_2} $$\int_{i=1}^nu_n=1$$ {#eq:intr_3}

Sinon, il est possible d'utiliser des combinaisons de commandes \LaTeX un peu plus élaborées\ :

$$ \left { \begin{array}{c @{=} c} x & \sin a \cos b \ y & \sin a \sin b \ \end{array} \right. $$ {#eq:intr_4}

Figures {-}

Pour insérer une 

{ #fig:intr1 width=80% }

Pour faire une référence à la figure @fig:intr1. Pour ce faire j'utilise Pandoc-fignos

Tables {-}

Pour les utilisateurs de R, une astuce: faîtes vos tables avec R et utiliser la fonction kable du package knitr!

	Plant	Type	Treatment	conc	uptake
8	Qn2	Quebec	nonchilled	95	13.6
16	Qn3	Quebec	nonchilled	175	32.4
24	Qc1	Quebec	chilled	250	30.3
32	Qc2	Quebec	chilled	350	38.8
40	Qc3	Quebec	chilled	500	38.9
48	Mn1	Mississippi	nonchilled	675	32.4
56	Mn2	Mississippi	nonchilled	1000	31.5
64	Mc1	Mississippi	chilled	95	10.5
72	Mc2	Mississippi	chilled	175	11.4
80	Mc3	Mississippi	chilled	250	17.9

Table: Une petite légende. {#tbl:id1}

Pour faire référence à une table, j'utilise pandoc-tablenos Et maintenant, je peux faire référence à la table @tbl:id1.

Références bibliographiques {-}

Pour faire une référence en ligne @Cazelles2016a; une citation entre parenthèse [@Cazelles2016a]; une citation avec du texte entre parenthèse [voir @Cazelles2016a]. Une succession de citation [@Cazelles2016a; @MacArthur1967; @DeRuiter1995].

Références aux autres chapitre. Il faut définir des labels et puis simplement les appeler en utilisant les \ref{chap1}. Au chapitre \ref{chap1}, je fais un truc super.

Inclure du code {-}

Dans une ligne x <- 3, et pour inclure du code sous la forme d'un bloc\ :

for (i in 1:10){
  print(i)
}

for i in `seq 1 6`; do qsub start$i.sh ; done

Footnotes

1. Ici, mettre le texte de la note de bas de page. ↩