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S3 Directory Structure
Jesse Marks edited this page Apr 6, 2020
·
4 revisions
Below is a template for how the directory structure of an S3 bucket should be organized. This specific example is with the S3 bucket rti-nd that is associated with the Nicotine Dependence Project.
nicotine/
├── differential_gene_expression
│ └── libd
│ ├── data
│ │ ├── gene_expression
│ │ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ │ ├── afr
│ │ │ │ └── eur
│ │ │ └── prefrontal_cortex
│ │ │ ├── afr
│ │ │ └── eur
│ │ └── phenotype
│ └── results
│ ├── nucleus_accumbens
│ │ ├── figures
│ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── deseq2
│ │ │ └── edger
│ │ ├── serialized
│ │ │ ├── deseq2
│ │ │ └── edger
│ │ └── tables
│ └── prefrontal_cortex
│ ├── figures
│ ├── raw_output
│ │ ├── deseq2
│ │ └── edger
│ ├── serialized
│ │ ├── deseq2
│ │ └── edger
│ └── tables
├── differential_methylation
│ └── libd
│ ├── data
│ │ ├── methylation
│ │ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ │ ├── afr
│ │ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ └── eur
│ │ │ └── prefrontal_cortex
│ │ │ ├── afr
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ └── eur
│ │ └── phenotype
│ └── results
│ ├── nucleus_accumbens
│ │ ├── figures
│ │ ├── raw_output
│ │ ├── serialized
│ │ │ └── limma
│ │ └── tables
│ └── prefrontal_cortex
│ ├── figures
│ ├── raw_output
│ ├── serialized
│ │ └── limma
│ └── tables
├── differential_tx_expression
│ └── libd
│ ├── data
│ │ ├── phenotype
│ │ └── tx_expression
│ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ ├── afr
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ └── eur
│ │ └── prefrontal_cortex
│ │ ├── afr
│ │ ├── afr_eur
│ │ └── eur
│ └── results
│ ├── nucleus_accumbens
│ │ ├── figures
│ │ ├── raw_output
│ │ ├── serialized
│ │ │ ├── deseq2
│ │ │ └── edger
│ │ └── tables
│ └── prefrontal_cortex
│ ├── figures
│ ├── raw_output
│ ├── serialized
│ │ ├── deseq2
│ │ └── edger
│ └── tables
├── gene_expression_qtl
│ └── libd
│ ├── data
│ │ ├── gene_expression
│ │ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ │ ├── afr
│ │ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ └── eur
│ │ │ └── prefrontal_cortex
│ │ │ ├── afr
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ └── eur
│ │ ├── genotype
│ │ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ └── prefrontal_cortex
│ │ ├── phenotype
│ │ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ │ ├── afr
│ │ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ └── eur
│ │ │ └── prefrontal_cortex
│ │ │ ├── afr
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ └── eur
│ │ └── results
│ │ ├── smoking_cases_only
│ │ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ │ ├── afr
│ │ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ │ └── tables
│ │ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ │ └── tables
│ │ │ │ └── eur
│ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ └── tables
│ │ │ └── prefrontal_cortex
│ │ │ ├── afr
│ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ └── tables
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ └── tables
│ │ │ └── eur
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ └── tables
│ │ ├── smoking_ctrls_only
│ │ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ │ ├── afr
│ │ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ │ └── tables
│ │ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ │ └── tables
│ │ │ │ └── eur
│ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ └── tables
│ │ │ └── prefrontal_cortex
│ │ │ ├── afr
│ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ └── tables
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ │ └── tables
│ │ │ └── eur
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ └── matrix_eqtl
│ │ │ └── tables
│ │ └── snp_smoking_2df
│ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ ├── afr
│ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ └── tables
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ ├── figures
│ │ │ │ ├── raw_output
│ │ │ │ ├── serialized
│ │ │ │ └── tables
│ │ │ └── eur
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ └── prefrontal_cortex
│ │ ├── afr
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ ├── afr_eur
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ └── eur
│ │ ├── figures
│ │ ├── raw_output
│ │ ├── serialized
│ │ └── tables
│ └── results
├── gwas
│ └── aand
│ ├── data
│ └── results
│ └── categorical_ftnd
│ ├── 0001
│ │ └── mis
│ │ └── 1000g_p3
│ │ ├── afr
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ ├── amr
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ └── eur
│ │ ├── figures
│ │ ├── raw_output
│ │ ├── serialized
│ │ └── tables
│ ├── 0002
│ │ └── mis
│ │ └── 1000g_p3
│ │ ├── afr
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ ├── amr
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ └── eur
│ │ ├── figures
│ │ ├── raw_output
│ │ ├── serialized
│ │ └── tables
│ ├── 0003
│ │ └── mis
│ │ └── 1000g_p3
│ │ ├── afr
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ ├── amr
│ │ │ ├── figures
│ │ │ ├── raw_output
│ │ │ ├── serialized
│ │ │ └── tables
│ │ └── eur
│ │ ├── figures
│ │ ├── raw_output
│ │ ├── serialized
│ │ └── tables
│ └── README
├── gwas_meta
├── ldsc_cell_type
├── ldsc_genetic_correlation
│ ├── data
│ └── results
│ └── ftnd
│ └── wave3
│ └── eur
├── manuscripts
├── methylation_qtl
│ └── libd
│ ├── data
│ │ ├── genotype
│ │ ├── methylation
│ │ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ │ ├── afr
│ │ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ │ └── eur
│ │ │ └── prefrontal_cortex
│ │ │ ├── afr
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ └── eur
│ │ └── phenotype
│ │ ├── nucleus_accumbens
│ │ │ ├── afr
│ │ │ ├── afr_eur
│ │ │ └── eur
│ │ └── prefrontal_cortex
│ │ ├── afr
│ │ ├── afr_eur
│ │ └── eur
│ └── results
├── scratch
│ ├── bquach
│ ├── ffang
│ └── ngaddis
└── shared_data
├── post_qc
│ └── aand
│ └── genotype
│ └── array
│ ├── imputed
│ │ ├── impute2_shapeit2
│ │ │ ├── 1000g_p3
│ │ │ │ ├── afr
│ │ │ │ ├── amr
│ │ │ │ └── eur
│ │ │ └── hrc
│ │ │ ├── afr
│ │ │ ├── amr
│ │ │ └── eur
│ │ └── mis_shapeit2
│ │ ├── 1000g_p3
│ │ │ ├── afr
│ │ │ ├── amr
│ │ │ └── eur
│ │ └── hrc
│ │ ├── afr
│ │ ├── amr
│ │ └── eur
│ ├── observed
│ │ ├── afr
│ │ └── eur
│ └── phased
│ ├── eagle
│ │ └── 1000g_p3
│ │ ├── afr
│ │ └── eur
│ └── shapeit2
│ └── 1000g_p3
│ ├── afr
│ └── eur
└── raw
└── libd
├── dna_methylation
│ └── array
│ ├── nucleus_accumbens
│ └── prefrontal_cortex
├── genotype
│ └── array
├── phenotype
└── rna_expression
└── sequencing
├── nucleus_accumbens
└── prefrontal_cortex