fix: lint

lamalab-org · Mar 22, 2024 · ab7eb73 · ab7eb73
1 parent 145c894
commit ab7eb73
Show file tree

Hide file tree

Showing 2 changed files with 347 additions and 112 deletions.
diff --git a/src/xtal2txt/analysis.py b/src/xtal2txt/analysis.py
@@ -1,31 +1,132 @@
-
 ANALYSIS_MASK_TOKENS = {
-    "atoms"         :  "[ATOMS]",
-    "directions"    :  "[DIR]",
-    "numbers"       :  "[NUMS]",
-    "bonds"         :  "[BONDS]",
-    "miscellaneous" :  "[MISC]",
-    "identifier"    :  "[ID]",
-    "symmetry"      :  "[SYM]",
-    "lattice"       :  "[LATTICE]",
-    "composition"   :  "[COMP]",
-    None            :  "[NONE]"
+    "atoms": "[ATOMS]",
+    "directions": "[DIR]",
+    "numbers": "[NUMS]",
+    "bonds": "[BONDS]",
+    "miscellaneous": "[MISC]",
+    "identifier": "[ID]",
+    "symmetry": "[SYM]",
+    "lattice": "[LATTICE]",
+    "composition": "[COMP]",
+    None: "[NONE]",
 }
 
 ATOM_LIST_ = [
-        "H", "He", "Li", "Be", "B", "C", "N", "O", "F", "Ne", "Na", "Mg", "Al", "Si", "P", 
-        "S", "Cl", "K", "Ar", "Ca", "Sc", "Ti", "V", "Cr", "Mn", "Fe", "Ni", "Co", "Cu", "Zn", 
-        "Ga", "Ge", "As", "Se", "Br", "Kr", "Rb", "Sr", "Y", "Zr", "Nb", "Mo", "Tc", "Ru", "Rh", 
-        "Pd", "Ag", "Cd", "In", "Sn", "Sb", "Te", "I", "Xe", "Cs", "Ba", "La", "Ce", "Pr", "Nd", 
-        "Pm", "Sm", "Eu", "Gd", "Tb", "Dy", "Ho", "Er", "Tm", "Yb", "Lu", "Hf", "Ta", "W", "Re", 
-        "Os", "Ir", "Pt", "Au", "Hg", "Tl", "Pb", "Bi", "Th", "Pa", "U", "Np", "Pu", "Am", "Cm", 
-        "Bk", "Cf", "Es", "Fm", "Md", "No", "Lr", "Rf", "Db", "Sg", "Bh", "Hs", "Mt", "Ds", "Rg", 
-        "Cn", "Nh", "Fl", "Mc", "Lv", "Ts", "Og"
-    ]
+    "H",
+    "He",
+    "Li",
+    "Be",
+    "B",
+    "C",
+    "N",
+    "O",
+    "F",
+    "Ne",
+    "Na",
+    "Mg",
+    "Al",
+    "Si",
+    "P",
+    "S",
+    "Cl",
+    "K",
+    "Ar",
+    "Ca",
+    "Sc",
+    "Ti",
+    "V",
+    "Cr",
+    "Mn",
+    "Fe",
+    "Ni",
+    "Co",
+    "Cu",
+    "Zn",
+    "Ga",
+    "Ge",
+    "As",
+    "Se",
+    "Br",
+    "Kr",
+    "Rb",
+    "Sr",
+    "Y",
+    "Zr",
+    "Nb",
+    "Mo",
+    "Tc",
+    "Ru",
+    "Rh",
+    "Pd",
+    "Ag",
+    "Cd",
+    "In",
+    "Sn",
+    "Sb",
+    "Te",
+    "I",
+    "Xe",
+    "Cs",
+    "Ba",
+    "La",
+    "Ce",
+    "Pr",
+    "Nd",
+    "Pm",
+    "Sm",
+    "Eu",
+    "Gd",
+    "Tb",
+    "Dy",
+    "Ho",
+    "Er",
+    "Tm",
+    "Yb",
+    "Lu",
+    "Hf",
+    "Ta",
+    "W",
+    "Re",
+    "Os",
+    "Ir",
+    "Pt",
+    "Au",
+    "Hg",
+    "Tl",
+    "Pb",
+    "Bi",
+    "Th",
+    "Pa",
+    "U",
+    "Np",
+    "Pu",
+    "Am",
+    "Cm",
+    "Bk",
+    "Cf",
+    "Es",
+    "Fm",
+    "Md",
+    "No",
+    "Lr",
+    "Rf",
+    "Db",
+    "Sg",
+    "Bh",
+    "Hs",
+    "Mt",
+    "Ds",
+    "Rg",
+    "Cn",
+    "Nh",
+    "Fl",
+    "Mc",
+    "Lv",
+    "Ts",
+    "Og",
+]
 
-NUMS_ = [
-        "0", "1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", ".", "+", "-"
-    ]
+NUMS_ = ["0", "1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", ".", "+", "-"]
 
 COMPOSITION_ANALYSIS_DICT = {
     "atoms": ATOM_LIST_,
@@ -35,44 +136,106 @@
 SLICE_ANALYSIS_DICT = {
     "atoms": ATOM_LIST_,
     "directions": [
-        "o o o", "o o +", "o o -", "o + o", "o + +", "o + -", "o - o", "o - +", "o - -",
-        "+ o o", "+ o +", "+ o -", "+ + o", "+ + +", "+ + -", "+ - o", "+ - +", "+ - -", 
-        "- o o", "- o +", "- o -", "- + o", "- + +", "- + -", "- - o", "- - +", "- - -"
+        "o o o",
+        "o o +",
+        "o o -",
+        "o + o",
+        "o + +",
+        "o + -",
+        "o - o",
+        "o - +",
+        "o - -",
+        "+ o o",
+        "+ o +",
+        "+ o -",
+        "+ + o",
+        "+ + +",
+        "+ + -",
+        "+ - o",
+        "+ - +",
+        "+ - -",
+        "- o o",
+        "- o +",
+        "- o -",
+        "- + o",
+        "- + +",
+        "- + -",
+        "- - o",
+        "- - +",
+        "- - -",
     ],
-    "numbers": NUMS_
+    "numbers": NUMS_,
 }
 
 
 CRYSTAL_LLM_ANALYSIS_DICT = {
     "atoms": ATOM_LIST_,
     "numbers": NUMS_,
-    "miscellaneous": ["\n", " "]
+    "miscellaneous": ["\n", " "],
 }
 
 CIF_ANALYSIS_DICT = {
     "atoms": ATOM_LIST_,
     "numbers": NUMS_,
-    "lattice": ["_cell_length_a", "_cell_length_b", "_cell_length_c",
-                "_cell_angle_alpha", "_cell_angle_beta", "_cell_angle_gamma" ],
+    "lattice": [
+        "_cell_length_a",
+        "_cell_length_b",
+        "_cell_length_c",
+        "_cell_angle_alpha",
+        "_cell_angle_beta",
+        "_cell_angle_gamma",
+    ],
     "identifier": ["loop_"],
-    "composition": [
-                    "_chemical_formula_structural",
-                    "_chemical_formula_sum"],
-    "symmetry": ["_symmetry_space_group_name_H-M", "_symmetry_Int_Tables_number", 
-                "_symmetry_equiv_pos_site_id","_symmetry_equiv_pos_as_xyz",],
-    "miscellaneous": ["_atom_site_symmetry_multiplicity" ,
-                    "_atom_type_symbol",
-                    "_atom_type_oxidation_number",
-                    "_atom_site_type_symbol",
-                    "_atom_site_label",
-                    "_atom_site_symmetry_multiplicity",
-                    "_atom_site_fract_x",
-                    "_atom_site_fract_y",
-                    "_atom_site_fract_z",
-                    "_atom_site_occupancy",
-                    "-", "/", "'", "\"", ",", "'x, y, z'", "x", "y", "z", "-x", "-y", "-z", "  ", "   ", "\n", "_geom_bond_atom_site_label_1", "_geom_bond_atom_site_label_2", "_geom_bond_distance", "_ccdc_geom_bond_type", "_", "a", "n", "c", "b", "m", "d", "R", "A", "(", ")", "[", "]", "*"
-                    ],}
-
-
-
-
+    "composition": ["_chemical_formula_structural", "_chemical_formula_sum"],
+    "symmetry": [
+        "_symmetry_space_group_name_H-M",
+        "_symmetry_Int_Tables_number",
+        "_symmetry_equiv_pos_site_id",
+        "_symmetry_equiv_pos_as_xyz",
+    ],
+    "miscellaneous": [
+        "_atom_site_symmetry_multiplicity",
+        "_atom_type_symbol",
+        "_atom_type_oxidation_number",
+        "_atom_site_type_symbol",
+        "_atom_site_label",
+        "_atom_site_symmetry_multiplicity",
+        "_atom_site_fract_x",
+        "_atom_site_fract_y",
+        "_atom_site_fract_z",
+        "_atom_site_occupancy",
+        "-",
+        "/",
+        "'",
+        '"',
+        ",",
+        "'x, y, z'",
+        "x",
+        "y",
+        "z",
+        "-x",
+        "-y",
+        "-z",
+        "  ",
+        "   ",
+        "\n",
+        "_geom_bond_atom_site_label_1",
+        "_geom_bond_atom_site_label_2",
+        "_geom_bond_distance",
+        "_ccdc_geom_bond_type",
+        "_",
+        "a",
+        "n",
+        "c",
+        "b",
+        "m",
+        "d",
+        "R",
+        "A",
+        "(",
+        ")",
+        "[",
+        "]",
+        "*",
+    ],
+}