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杜星笔记
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杜星笔记
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gmx trjconv -f 3j70120md.xtc -o 013j70120md.xtc
gmx trjconv -f 3j70120md.xtc -s 3j70120md.tpr -o 013j70120md.xtc -pbc mol -ur compact
gmx trjconv -f 3j70120md.xtc -s 3j70120md.tpr -o 013j70120md.xtc -pbc cluster -ur compact
gmx trjconv -s complexgai3.tpr -f complexgai3.xtc -o cd4md.xtc -fit trans -pbc nojump
0
RMSD:
gmx rms -f 013j70120md.xtc -s 3j70120md.tpr -o 3j70120rmsd.xvg -a 3j70120rmsd_average.xvg
4
4
xmgrace 3j70120rmsd.xvg(读图)
RMSF:
gmx rmsf -f 013j70120md.xtc -s 3j70120md.tpr -o 3j70120rmsf.xvg -ox average.pdb -res -oq bfactor.pdb
3
xmgrace 3j70120rmsf.xvg(读图)
几何属性分析:
截取轨迹文件:
gmx trjconv -f 013j70120md.xtc -s 3j70120md.tpr -o 3j70120pingheng.xtc -b 10000 -e 20000
0
回旋半径:
gmx gyrate -f 3j70120pingheng.xtc -s 3j70120md.tpr -o gyrate.xvg
1
xmgrace gyrate.xvg(读图)
平均值及方差计算:
gmx analyze -f gyrate.xvg
二级结构：
?
?
gmx do_dssp -f 013j70120md.xtc -s 3j70120md.tpr -ssdump dump.dat -map ss.map -sc sc.xvg -o ss.xpm
1
gmx xpm2ps -f ss.xpm -di md.m2p -o ss.eps2
氢键：
gmx hbond -f 013j70120md.xtc -s 3j70120md.tpr -num num.xvg -g hbond.log -hbn hbond.ndx
1
1
gmx analyze -f num.xvg
表面积积：
?
?
gmx sasa -f 3j70120pingheng.xtc -s 3j70120md.tpr -o area.xvg -oa oa.xvg -or resarea.xvg
1
gmx analyze -f resarea.xvg
范德华接触：
gmx mindist -f 013j70120md.xtc -s 3j70120md.tpr -od mindist.xvg -on numcont.xvg -o atompair.out -or mindistres.xvg
1
1
gmx analyze -f numcont.xvg
gmx mdmat -f 01mojian120md.xtc -s mojian120md.tpr -no internum.xvg -frames indmf.xpm -mean interdm.xpm -t 1.5
3
本质动力学:
gmx covar -f 3j70120pingheng.xtc -s 3j70120md.tpr -o eigen.xvg -v eigen.trr -l covar.log -xpm covar.xpm -xpma covara.xpm
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3
gmx anaeig -v eigen.trr -f 3j70120pingheng.xtc -s 3j70120md.tpr -comp eigcomp.xvg -rmsf eigrmsf.xvg -proj proj.xvg -extr extreme.pdb -first 1 -last 4 -nframes 2
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gmx anaeig -v eigen.trr -f 3j70120pingheng.xtc -s 3j70120md.tpr -2d 2dproj.xvg -first 1 -last 2
3
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用rasmol做图
file - extreme1.pdb
display - backbone
colours - chain
file - save as (mingcheng:extreme1.trr)
gmx anaeig -v eigen1.trr -v2 eigen2.trr -over overlap.xvg -inpr inprod.xpm(xmgrace overlap.xvg)
(tishi:
Fatal error:
hi (0.000000) <= lo (0.000000)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors)
gmx analyze -f proj.xvg -cc coscont.xvg -dist dist.xvg -ee errest.xvg -ac autocorr.xvg -av average.xvg -msd msd.xvg -n 4
gmx covar -f complexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -o complexgai3eigen.xvg -v complexgai3eigen.trr -l complexgai3covar.log
gmx covar -f swissgai120pingheng.xtc -s swissgai120.tpr -o swissgai120eigen.xvg -v swissgai120eigen.trr -l swissgai120covar.log
分析:xmgrace -legend load xmgrace complexgai3eigen.xvg swissgai120eigen.xvg
菜单栏的 plot-axis:调整x，y轴的范围(-1)和 major spacing调节最小单位值(5)；
plot-graph-main:调整横纵坐标标题。
分析：
xin:
gmx covar -f swissgai120pingheng.xtc -s swissgai120.tpr -o swissgai120eigen.xvg -v swissgai120eigen.trr -l swissgai120covar.log -av average.pdb
3
3
gmx covar -f swissgai120pingheng.xtc -s swissgai120.tpr -av average.pdb
3
3
gmx covar -f swissgai120pingheng.xtc -s swissgai120.tpr -o eigen.xvg -v eigen.trr -l covar.log -xpm covar.xpm -xpma covara.xpm
3
3
gmx anaeig -v swissgai120eigen.trr -f swissgai120pingheng.xtc -s swissgai120.tpr -comp swissgai120eigcomp.xvg -rmsf 1ic6_423Keigrmsf.xvg -proj swissgai120proj.xvg -extr swissgai120extreme.pdb -first 1 -last 4 -nframes 2
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gmx anaeig -v swissgai120eigen.trr -f swissgai120pingheng.xtc -s swissgai120.tpr -2d swissgai1202dproj.xvg -first 1 -last 2
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xmgrace swissgai1202dproj.xvg
gmx make_ndx -f complexgai3.gro -o index.ndx
r 31-500 & 3
15 r_31-500_&_C-alpha : 621 atoms
q
ri 182-681 & 3
16 r_182-681_&_C-alpha : 470 atoms
q
RMSD:gmx rms -s complexgai3.tpr -f 01complexgai3.xtc -n complexgai3gp120.ndx -o temp1.xvg
gmx trjconv -f 01complexgai3.xtc -s complexgai3.tpr -n complexgai3gp120.ndx -o xincomplexgai3pingheng.xtc -b 30000 -e 50000
RMSF:gmx rmsf -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n complexgai3gp120.ndx -o xincomplexgai3rmsf.xvg -ox average.pdb -res -oq bfactor.pdb
回旋半径:gmx gyrate -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -o gyrate.xvg
氢键：gmx hbond -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -num num.xvg -g hbond.log -hbn hbond.ndx
范德华接触：gmx mindist -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -od mindist.xvg -on numcont.xvg -o atompair.out -or mindistres.xvg
表面积积:gmx sasa -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -o area.xvg -oa oa.xvg -or resarea.xvg
二级结构：gmx do_dssp -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -ssdump dump.dat -map ss.map -sc sc.xvg -o ss.xpm
xincomplex benzhidonglixue:
gmx covar -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -o xincomplexgai3eigen.xvg -v xincomplexgai3eigen.trr -l xincomplexgai3covar.log -av average.pdb
3
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gmx covar -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -av average.pdb
3
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gmx covar -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -o eigen.xvg -v eigen.trr -l covar.log -xpm covar.xpm -xpma covara.xpm
3
3
gmx anaeig -v xincomplexgai3eigen.trr -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n index.ndx -comp xincomplexgai3eigcomp.xvg -rmsf xincomplexgai3eigrmsf.xvg -proj xincomplexgai3proj.xvg -extr xincomplegai3extreme.pdb -first 1 -last 4 -nframes 2
3
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gmx anaeig -v xincomplexgai3eigen.trr -f xincomplexgai3pingheng.xtc -n index.ndx -s complexgai3.tpr -2d complexgai32dproj.xvg -first 1 -last 2
3
3
xmgrace swissgai1202dproj.xvg
xmgrace xincomplexgai3eigcomp.xvg
xmgrace xincomplexgai3eigrmsf.xvg
组合本质动力学:
组合轨迹：
gmx trjcat -f swissgai120pingheng.xtc xincomplexgai3pingheng.xtc -n indexCa.ndx -o combine.xtc -settime
c回车
c回车
协方差矩阵，串联轨迹在组合本征向量上的投射及性质：
(1)、把每一个温度都做出eigen.xvg图，然后合并。
gmx covar -f complexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n indexCa.ndx -o complexgai3eigen.xvg -v complexgai3eigen.trr -l complexgai3covar.log
gmx covar -f swissgai120pingheng.xtc -s swissgai120.tpr -o swissgai120eigen.xvg -v swissgai120eigen.trr -l swissgai120covar.log
做图
xmgrace -legend load xmgrace complexgai3eigen.xvg swissgai120eigen.xvg
菜单栏的 plot-axis:调整x，y轴的范围(-1)和 major spacing调节最小单位值(5)；
plot-graph-main:调整横纵坐标标题。
第二个图：
(1)、前30个本征向量对应的本征值：
gmx covar -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n indexCa.ndx -o complexgai3eigen.xvg -v complexgai3eigen.trr -l complexgai3covar.log
gmx covar -f swissgai120pingheng.xtc -s swissgai120.tpr -o swissgai120eigen.xvg -v swissgai120eigen.trr -l swissgai120covar.log
xmgrace complexgai3eigen.xvg swissgai120eigen.xvg
老师方法:
gmx trjcat -f swissgai120pingheng.xtc xincomplexgai3pingheng.xtc -n indexCa.ndx -o combine.xtc -settime
c回车
c回车
gmx covar -f xincomplexgai3pingheng.xtc -s complexgai3.tpr -n indexCa.ndx -av average.pdb
gmx covar -s average.pdb -f combine.xtc -v complexgai3eigen.trr -av combineaverage.pdb -l combinedlog.log -xpm combinedxpm.xpm -xpma combinedxpma.xpma
内插图做法：
gmx anaeig -s average.pdb -f combine.xtc -v complexgai3eigen.trr -comp combinedcomp.xvg -rmsf combinedrmsf.xvg -proj combinedproj.xvg -extr combinedextr.pdb -first 1 -last 10 -nframes 10 -entropy
gmx anaeig -s combineaverage.pdb -f combine.xtc -v complexgai3eigen.trr -eig eigenval.xvg -comp combinecomp.xvg -rmsf combinermsf.xvg -proj combineproj.xvg -first 1 -last 30 -nframes 30 -entropy
gmx analyze -f combinedproj.xvg -msd combinedmsd.xvg -dist combineddist.xvg
（例如）输出：
std. dev. relative deviation of
standard --------- cumulants from those of
set average deviation sqrt(n-1) a Gaussian distribition
cum. 3 cum. 4
SS1 -2.885710e+01 1.534431e-01 2.207643e-03 -0.339 0.135
2416, time=14496
Making distributions with 15 bins
以本真向量为函数的投射平均值：
@ xaxis label "Eigenvector index"
@ yaxis label "Average value of projection of extracted eigenvector(nm)"
@TYPE xy
1 -2.885710e+01 2.887153e+01
2 -1.553050e-01 1.553793e-01
3 5.941683e-01 -5.944660e-01
4 5.092342e-01 -5.094883e-01
5 1.833312e-01 -1.834223e-01
6 -4.675425e-02 4.677833e-02
7 -5.243034e-01 5.245681e-01
8 -6.239200e-01 6.242295e-01
9 -1.112201e-01 1.112729e-01
10 1.583792e-01 -1.584588e-01
11 -1.696936e-01 1.697783e-01
12 1.848988e-01 -1.849916e-01
13 3.235591e-02 -3.237171e-02
14 8.757067e-02 -8.761255e-02
15 -1.118821e-01 1.119388e-01
16 -1.365231e-02 1.366166e-02
17 1.012542e-01 -1.013031e-01
18 -5.382938e-02 5.385651e-02
19 -3.200125e-02 3.201254e-02
20 -1.272551e-02 1.273077e-02
21 5.639322e-02 -5.642027e-02
22 -3.820825e-02 3.822855e-02
23 -1.840744e-02 1.841673e-02
24 2.571056e-02 -2.572559e-02
25 -3.124303e-02 3.125703e-02
26 4.466285e-02 -4.468813e-02
27 1.497836e-02 -1.498565e-02
28 2.187897e-02 -2.188899e-02
29 3.382561e-02 -3.384060e-02
30 -7.342658e-03 7.346035e-03
以本真向量为函数的投射msd
@xaxis label "Eigenvector index"
@yaxis label"Mean square displacement of projection of extracted eigenvector RMSF(nm)"
@TYPE xy
1 4.446871e-01 1.860487e-01
2 9.548370e-02 1.957280e-02
3 4.582968e-02 3.695323e-02
4 5.126330e-02 2.252682e-02
5 3.944087e-02 1.374641e-02
6 3.603386e-02 1.737182e-02
7 3.639851e-02 1.331431e-02
8 3.521140e-02 1.821186e-02
9 3.296577e-02 2.236124e-02
10 2.957925e-02 1.593185e-02
11 2.612186e-02 6.374295e-02
12 2.699126e-02 1.244714e-02
13 2.575221e-02 1.806283e-02
14 2.322847e-02 1.516077e-02
15 2.020781e-02 3.301406e-02
16 1.924594e-02 1.636336e-02
17 1.955257e-02 2.118655e-02
18 1.647038e-02 1.986101e-02
19 1.760543e-02 5.069461e-03
20 1.723403e-02 1.661894e-02
21 1.423555e-02 1.648635e-02
22 1.461299e-02 1.907466e-02
23 1.243068e-02 8.651572e-03
24 1.161703e-02 1.845981e-02
25 1.119365e-02 7.447154e-03
26 1.234573e-02 1.004816e-02
27 1.126737e-02 1.555794e-02
29 1.018804e-02 1.083606e-02
30 1.001611e-02 1.222059e-02
将以上数据另存为文件 average_projection.xvg和 msd_projection.xvg
xmgrace -nxy average_projection.xvg
xmgrace -nxy msd_projection.xvg
二、串联轨迹在组合本征向量上的投射及性质
（此处的eigen.trr和md.tpr可以随便使用任何温度，只要原子数木一样即可。）
gmx convert-tpr -s complexgai3.tpr -n index.ndx -o 1.tpr (y or w)w
gmx convert-tpr -s swissgai120.tpr -o 1.tpr (y or w)y
内插图做法：
gmx anaeig -s combineaverage.pdb -f combine.xtc -v complexgai3eigen.trr -eig eigenval.xvg -comp combinecomp.xvg -rmsf combinermsf.xvg -proj combineproj.xvg -first 1 -last 30 -nframes 30 -entropy