wisteria_simple

A Simple Tutorial on Wisteria

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公式ドキュメントは，https://wisteria-www.cc.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/hpcportal.ja/index.cgi にログインすることでダウンロードできる

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ssh ssh -l b***** wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp

初回は鍵の設定をしたのち，~/.ssh/configに以下を追加

Host wisteria
     HostName wisteria.cc.u-tokyo.ac.jp
     User bxxxxx
     IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
     ForwardX11 yes
     ServerAliveInterval 60
     TCPKeepAlive yes

参考：https://www.cc.u-tokyo.ac.jp/events/lectures/156/20210604_OnlineClass.pdf

basic commands

• トークン使用状況確認：show_token　
• メモリ使用状況確認：show_quota　
• バッチ実行：pjsub（ABCIをqをpjに置換して使う感覚）　　
• キューの状態確認：pjstat 　　
• 混雑状況確認：pjstat --rscuse / pjstat --rsc -b　　

batch job

# グループ(松尾研はgb20)の work dir に移動 (homeではjobを投げられない)
cd /work/gb20/bxxxxx

# jobを投げる
pjsub -g gb20 run_vdm_train.sh

run_vdm_train.sh について

#!/bin/bash

#PJM -L rscgrp=debug-a
#PJM -L node=1
#PJM -L elapse=0:10:00
#PJM -L jobenv=singularity
#PJM -j

module load singularity

cd /work/gb20/b20034

singularity exec --bind /work/gb20/b20034:/mnt --nv s6fast_env.sif bash /mnt/train_vdm_init.sh

#PJM -L jobenv=singularity：singularityを用いる場合のみ，を用いる時のみ必要．
他はabciとほぼ同じ．

conda

python3 -m venv ~/$conda_env_name
source ~/$conda_env_name/bin/activate
pip3 install ...