pre-Process-Fastq-Files-v1.R

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# Institution: The University of Melbourne
# Building: The Peter Doherty Institute for Infection and Immunity
# Department: Microbiology and Immunology
# Laboratory: D. Godfrey/A. Uldrich
# Position: Postdoc Research Fellow
# Author: Marc Rigau
# Title: Quality control of FastQ files
# Date: Aor 21, 2022
# Updated: May 8, 2022
# Version: 1
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# Notes
# Useful guideline: https://cran.r-project.org/web/packages/fastqcr/readme/README.html
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# Install the packages from Bioconductor
# if (!requireNamespace("BiocManager"))
# install.packages("BiocManager")
# BiocManager::install(c("limma", "edgeR", "Glimma", "org.Mm.eg.db", "gplots", "RColorBrewer", "NMF", "BiasedUrn"))
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# Libraries

# https://anilchalisey.github.io/rseqR/

# Install dependences:
# Fastqc (installed in the previuos quality control file)
# MultiQC



# Note: Once all dependencies are installed, then rseqR may be installed as follows:
# Install rseqR
devtools::install_github("anilchalisey/rseqr", build_vignettes = TRUE)

# Trim fastq files

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#### Pre-process the Raw Sequencing Data
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### Software and Code Used
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sessionInfo()