script2.sh

# Référence de l'échantillon à analyser.
sample="SRR2960338"
# Chemin relatif et nom du fichier contenant le génome de référence.
genome="genome/GCF_000214015.3_version_140606.fna"
# Chemin relatif et nom du fichier contenant les annotations.
annotations="genome/GCF_000214015.3_version_140606.gff"


echo "=============================================================="
echo "Contrôle qualité"
echo "=============================================================="
mkdir -p reads_qc
fastqc "reads/${sample}.fastq.gz" --outdir reads_qc

echo "=============================================================="
echo "Indexation du génome de référence"
echo "=============================================================="
mkdir -p index
bowtie2-build "${genome}" "index/O_tauri"

echo "=============================================================="
echo "Alignement des reads sur le génome de référence"
echo "=============================================================="
mkdir -p map
bowtie2 -p 2 -x "index/O_tauri" -U "reads/${sample}.fastq.gz" -S "map/bowtie-${sample}.sam" 2> "map/bowtie-${sample}.out"

echo "=============================================================="
echo "Conversion en binaire, tri et indexation des reads alignés"
echo "=============================================================="
samtools view -@ 2 -b "map/bowtie-${sample}.sam" -o "map/bowtie-${sample}.bam"
samtools sort -@ 2 "map/bowtie-${sample}.bam" -o "map/bowtie-${sample}.sorted.bam"
samtools index "map/bowtie-${sample}.sorted.bam"

echo "=============================================================="
echo "Comptage"
echo "=============================================================="
mkdir -p count
htseq-count --stranded=no --type="gene" --idattr="ID" --order=name --format=bam "map/bowtie-${sample}.sorted.bam" "${annotations}" > "count/count-${sample}.txt"

echo "=============================================================="
echo "Nettoyage des fichiers inutiles"
echo "=============================================================="
rm -f "map/bowtie-${sample}.sam" "map/bowtie-${sample}.bam"