-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 13
/
makefile.noavx
160 lines (147 loc) · 4.7 KB
/
makefile.noavx
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
all: agc libagc py_agc_api
AGC_ROOT_DIR = .
AGC_MAIN_DIR = src
AGC_EXAMPLES_DIR = src/examples
AGC_CORE_DIR = src/core
AGC_APP_DIR = src/app
AGC_CXX_DIR = src/lib-cxx
AGC_LIBS_DIR = libs
LIBS_DIR = . #/usr/local/lib
INCLUDE_DIR= . #/usr/local/include
PY_AGC_API_DIR = py_agc_api
PYBIND11_LIB = $(PY_AGC_API_DIR)/pybind11-2.8.1
CC = g++
AR = ar
CFLAGS = -fPIC -Wall -g -O3 -m64 -std=c++17 -pthread -msse4 -I $(INCLUDE_DIR) -fpermissive
CLINK = -g -lm -lpthread -std=c++17 -L. -O2 -static-libstdc++
PY_CFLAGS = -Wl,-undefined,dynamic_lookup -fPIC -Wall -shared -std=c++17 -O3
ifdef MSVC # Avoid the MingW/Cygwin sections
uname_S := Windows
else # If uname not available => 'not'
uname_S := $(shell sh -c 'uname -s 2>/dev/null || echo not')
endif
ifeq ($(uname_S),Linux)
CLINK+=-fabi-version=6
LIB_ALLOC=libmimalloc.a
LIB_ZSTD=libzstd.a
LIB_ZLIB=cloudflare-zlib/libz.a
LIB_RADULS=libraduls.a
AR_OPT=rcs -o
PY_AGC_API_CFLAGS = -fPIC -Wall -shared -std=c++14 -O3
endif
ifeq ($(uname_S),Darwin)
LIB_ALLOC=libmimalloc.mac.a
LIB_ZSTD=libzstd.mac.a
LIB_ZLIB=cloudflare-zlib/libz.mac.a
LIB_RADULS=libraduls.mac.a
AR_OPT=-rcs
CC = g++-10
CLINK += -static-libgcc
PY_AGC_API_CFLAGS = -Wl,-undefined,dynamic_lookup -fPIC -Wall -shared -std=c++14 -O3
endif
# default install location (binary placed in the /bin folder)
prefix = /usr/local
# optional install location
exec_prefix = $(prefix)
%.o: %.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
agc: $(AGC_APP_DIR)/main.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_basic.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_compressor.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_decompressor.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_decompressor_lib.o \
$(AGC_APP_DIR)/application.o \
$(AGC_CORE_DIR)/archive.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v1.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v2.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v3.o \
$(AGC_CORE_DIR)/genome_io.o \
$(AGC_CORE_DIR)/lz_diff.o \
$(AGC_CORE_DIR)/segment.o \
$(AGC_CORE_DIR)/utils.o
$(CC) -o $(AGC_ROOT_DIR)/$@ \
$(AGC_APP_DIR)/main.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_basic.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_compressor.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_decompressor.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_decompressor_lib.o \
$(AGC_APP_DIR)/application.o \
$(AGC_CORE_DIR)/archive.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v1.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v2.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v3.o \
$(AGC_CORE_DIR)/genome_io.o \
$(AGC_CORE_DIR)/lz_diff.o \
$(AGC_CORE_DIR)/segment.o \
$(AGC_CORE_DIR)/utils.o \
$(AGC_LIBS_DIR)/$(LIB_ZSTD) \
$(AGC_LIBS_DIR)/$(LIB_ZLIB) \
$(AGC_LIBS_DIR)/$(LIB_RADULS) \
$(AGC_LIBS_DIR)/mimalloc/$(LIB_ALLOC) \
$(CLINK)
libagc: $(AGC_CXX_DIR)/lib-cxx.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_basic.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_decompressor_lib.o \
$(AGC_CORE_DIR)/archive.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v1.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v2.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v3.o \
$(AGC_CORE_DIR)/genome_io.o \
$(AGC_CORE_DIR)/lz_diff.o \
$(AGC_CORE_DIR)/segment.o \
$(AGC_CORE_DIR)/utils.o
$(AR) $(AR_OPT) $(AGC_ROOT_DIR)/$@.a \
$(AGC_CXX_DIR)/lib-cxx.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_basic.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_decompressor_lib.o \
$(AGC_CORE_DIR)/archive.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v1.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v2.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v3.o \
$(AGC_CORE_DIR)/genome_io.o \
$(AGC_CORE_DIR)/lz_diff.o \
$(AGC_CORE_DIR)/segment.o \
$(AGC_CORE_DIR)/utils.o
.PHONY:py_agc_api
py_agc_api: $(PY_AGC_API_DIR)/py_agc_api.cpp $(AGC_CXX_DIR)/lib-cxx.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_basic.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_decompressor_lib.o \
$(AGC_CORE_DIR)/archive.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v1.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v2.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v3.o \
$(AGC_CORE_DIR)/lz_diff.o \
$(AGC_CORE_DIR)/segment.o \
$(AGC_CORE_DIR)/utils.o
$(CC) $(PY_CFLAGS) \
$(PY_AGC_API_DIR)/py_agc_api.cpp \
$(AGC_CXX_DIR)/lib-cxx.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_basic.o \
$(AGC_CORE_DIR)/agc_decompressor_lib.o \
$(AGC_CORE_DIR)/archive.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v1.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v2.o \
$(AGC_CORE_DIR)/collection_v3.o \
$(AGC_CORE_DIR)/lz_diff.o \
$(AGC_CORE_DIR)/segment.o \
$(AGC_CORE_DIR)/utils.o \
$(AGC_LIBS_DIR)/$(LIB_ZSTD) \
-I $(AGC_MAIN_DIR) \
-I $(PYBIND11_LIB)/include \
-I `python3 -c "import sysconfig;print(sysconfig.get_paths()['include'])"` \
-o $@`python3-config --extension-suffix`
clean:
-rm $(AGC_EXAMPLES_DIR)/*.o
-rm $(AGC_APP_DIR)/*.o
-rm $(AGC_CORE_DIR)/*.o
-rm $(AGC_CXX_DIR)/*.o
-rm agc
-rm libagc.a
-rm -f $(PY_AGC_API_DIR)/*.o
-rm *.so