🤖 Bem vindos, amigos pesquisadores!!
O KingFungi é uma Aplicação Web desenvolvida pelo discente e pesquisador Sr. Reinilson Bispo de Assis Souza, como requisito para a conclusão do curso de Bacharelado em Sistemas de Informação pela Universidade do Estado da Bahia. O KingFungi tem como objetivo analisar proteomas fúngicos a partir de arquivos .fasta e identificar proteínas transmembranares com capacidade de se ligar a íons metálicos.
Software 1 :
O DeepTMHMM é um algoritmo inovador baseado em aprendizado profundo e modelo de linguagem de proteínas, que oferece uma precisão sem precedentes na detecção e previsão da topologia de proteínas transmembranares.
Disponível em: https://dtu.biolib.com/DeepTMHMM
Imagem Docker:
docker pull rey4ssis/deeptmhmm:1.0
Software 2 :
O MeBiPred (Metal Binding Predictor) também conhecido como Mymetal é uma ferramenta computacional que utiliza aprendizado de máquina para prever o potencial de ligação de metais em proteínas.
Disponível em: https://pypi.org/project/mymetal/
Imagem Docker:
docker pull rey4ssis/mymetal:1.5
Esses são utilizados para implementar um pipeline que funcionará na aplicação web e foram criado imagens Docker para ambos os software.
O KingFungi foi desenvolvido utilizando Python 3.10.12 em um sistema operacional Ubuntu 22.04 64bits. Para o gerenciamento das requisições, utilizamos o Celery, que permite a execução assíncrona e escalável de tarefas em segundo plano. O RabbitMQ atua como sistema de mensagens, facilitando a comunicação eficiente e confiável entre os serviços e o Celery.
O arquivo requirements.txt possui todas as bibliotecas necessárias para a execução do KingFungi, incluindo o Celery. Instale-as utilizando o comando abaixo:
pip install -r requirements.txt
Atenção: Certitique-se de checkar se realizou o pull do requirements.txt
A instalação do Mebipred (Mymetal) foi identificado um problema na instalação do software, de como que a instalação via pip, não será possível, baixamos mymetal-1.0.9.tar.gz, disponível no Pypi e solucionamos o problema, dito isso, para instalar o software navegue até pasta mymetal
cd mymetal
Execute o comando:
pip install .
Para utilizar o KingFungi você terá que ter instaldo o sistema de conteinerização Docker. Para instala-lo execute os comando a baixo:
# Add Docker's official GPG key:
sudo apt-get update
sudo apt-get install ca-certificates curl
sudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings
sudo curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg -o /etc/apt/keyrings/docker.asc
sudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.asc
# Add the repository to Apt sources:
echo \
"deb [arch=$(dpkg --print-architecture) signed-by=/etc/apt/keyrings/docker asc] https://download.docker.com/linux/ubuntu \
$(. /etc/os-release && echo "$VERSION_CODENAME") stable" | \
sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
sudo apt-get update
Instalar a versão mais recente:
sudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-buildx-plugin docker-compose-plugin
Verificar seu funcionamento:
sudo docker run hello-world
Além disso, para utilizar o software você terá que ter instalado o RabbitMQ. Você pode instalar de forma local no seu sistema operacional, seguindo o tutorial disponível em: https://www.rabbitmq.com/docs/install-debian ou utiliza-lo através da imagem Docker disponível no Dockerhub, com o comando abaixo:
docker pull rabbitmq:latest
Para executar a aplicação você está que segui exatamente os passos a segui:
- Inicie o RabbitMQ. Se optou por utilizar a imagem Docker, execute o comando abaixo:
docker run rabbitmq:latest
- Agora deve iniciar o Celery:
celery -A config.celery_config worker --loglevel=info
E finalmente executar a aplicação:
python3 app.py