A & C

La comparaison de séquences d’ADN est une pratique fondamentale pour de nombreuses applications de biologie et l’une des branches les plus importantes de la bio-informatique, puisque l’analyse et le traitement des données moléculaires s’effectue, " in silico ", au moyen de calculs complexes informatisés. L’application A & C est développée dans le but de comparer les séquences d’ADN en utilisant une méthode de comparaison optimisée basée sur les k-mers et les structures d’index. L’application offre également aux biologistes la possibilité d’appliquer les résultats obtenus au domaine de la phylogénie.

Video demo

Technologies

• Python
• Flask
• Bootstrap
• JavaScript
• HTML
• CSS

Fonctionnalités

• Alignement des séquences par la méthode de Needlman Wunch
• Comparaison des séquences par des méthodes sans alignement
• Génération de l’arbre phylogénétique
• Lecture des séquences d’ADN (vérification du format et traitement des fichiers Fasta)
• Amélioration des performances par une recherche de similarité avec indexation
• Visualisation des bases nucléiques similaires
• Calcul des taux de similarités entre les paires de séquences

Modules

• Biotie
• Bokeh
• Hashlib
• Itertools
• Math
• Numpy
• Os
• Werkzeug

Installation

conda install -c anaconda biopython
conda install -c conda-forge/label/cf202003 biotite
conda install bokeh
pip install flask_table

git clone https://github.com/sirineFoudili/DNA-comparison-and-alignment-.git

Présentation du projet

Vidéo de présentation