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Sequence analysis

Une application pour automatiser le processus d’analyse d’une séquence ADN. Elle vise à traiter quelques prblèmes principaux de Rosalind problems Rosalind.

Interface

Technologies

  • Python
  • Tkinter

Fonctionnalités

  • Lire et traiter un fichier contenant les séquences d’ADN.
  • Générer une chaîne ADN aléatoire d’une longueur donnée
  • Vérifier la validité de la chaîne ADN si cette dernière est lue à partir d’un fichier.
  • Calculer les fréquences des bases nucléiques dans la chaîne ADN.
  • Transcrire la chaîne ADN en une chaîne ARN.
  • Transcrire la chaîne ARN résultante en protéines (i.e., acides aminés)
  • Calculer le complément inverse de la chaîne ADN.
  • Calculer le taux de GC de la séquence ADN.
  • Calculer les fréquences de codons dans la chaîne ADN.
  • Calculer la masse protéique.
  • Effectuer l'épissage d'ARN.
  • Sauvegarder les résultats obtenus dans un fichier.

Installation

pip install tkinter
pip install random
pip install sys
git clone https://github.com/sirineFoudili/Sequence-analysis.git