Remontagem de Genoma

🧬🔬🖥 Remontagem de genoma utilizando Caminho Euleriano em Python.

▶ Execução:

🔵 Execução de Teste

Na execução de teste é possível realizar uma grande quantidade de testes para verificar se a remontagem realizada pelo programa está correta ou não.

▶ Execução

No arquivo ´mainReconstrucao.py´ coloque o parâmtro teste com o valor True.

A função mainTesteRemontagem:

O primeiro parâmetro da função diz respeito ao arquivo de entrada que será usado.
O segundo parâmetro, diz respeito a quantidade de iterações de teste desejada.
O terceiro e quarto parâmetro são a quantidade mínima e máxima de bases desejadas, respectivamente.
O quinto e sexto parâmetro recebem o valor mínimo e máximo do K, respectivamente.

🔴 Execução Principal

O objetivo da execução principal é receber um genoma quebrado em K-mers e remontá-lo, retornando o genoma completo.

▶ Execução

🎈 Com uma entrada já criada:

No arquivo mainReconstrucao.py coloque o parâmtro teste com o valor False e o parâmetro entrada com o valor True.

A função mainReconstrução:

O parâmetro único diz respeito ao arquivo de entrada que terá as sequências a serem remontadas pelo programa de reconstrução.

✏ Com uma entrada a ser gerada:

No arquivo mainReconstrucao.py coloque o parâmtro teste com o valor False e o parâmetro entrada com o valor False. Com isso, a entrada será gerada com a função GeraEntrada.

⚙ A função GeraEntrada:

O primeiro parâmetro diz respeito a quantidade de bases que serão geradas.
O segundo parâmetro é o valor de K que será usado.