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# Master script
# Set GCBHM_design-main/ as working directory
# Reproduce tables and figures in the manuscript
#TABLE 1 & 2
source("code_for_tables_figures/Table1_and_2.R")
#FIGURE 1 & 2
source("code_for_tables_figures/Figure_1_2.R")
# Reproduce tables and figures in the supplementary material
#TABLE S1:
#may be time consuming as table S1 involves rerunning simulation code
nsimu=10
source("code_for_rerunning_simu/table_S1/run_all.R")
#TABLE S2
source("code_for_tables_figures/Table_S2.R")
#TABLE S3
source("code_for_tables_figures/Table_S3.R")
#TABLE S4
source("code_for_tables_figures/Table_S4.R")
#TABLE S5
source("code_for_tables_figures/Table_S5.R")
#TABLE S6
source("code_for_tables_figures/Table_S6.R")
#TABLE S7
source("code_for_tables_figures/Table_S7.R")
#TABLE S8
source("code_for_tables_figures/Table_S8.R")
#TABLE S9
source("code_for_tables_figures/Table_S9.R")
#TABLE S10
source("code_for_tables_figures/Table_S10.R")
#TABLE S11
source("code_for_tables_figures/Table_S11.R")
#TABLE S12
source("code_for_tables_figures/Table_S12.R")
#FIGURE S1 and S2
source("code_for_tables_figures/Figure_S1_S2.R")
#FIGURE S3 and S4
source("code_for_tables_figures/Figure_S3_S4.R")
#FIGURE S5 and S6
source("code_for_tables_figures/Figure_S5_S6.R")
# Format tables as shown in manuscript and supplementary material
# Name and save ALL tables and figures in the folder results/
# Rerun simulations
# Customize number of simulations to save running time, default 5000.
# Remove command lines defining nsimu in ALL related scripts.
nsimu<-10
# Run simulations # Calibrate where necessary
################################################# TABLE 1 & 2 ###############################################
##### generated data is also used for Table S2, Figure 1 and 2, and Figure S1-S6
################ try one script, run:
rho=0.3
### BHM_IG
setwd("code_for_rerunning_simu/table_1_2/")
source("BHM_IG.R")
setwd("../../")
### BHM_HT
setwd("code_for_rerunning_simu/table_1_2/")
source("BHM_HT.R")
setwd("../../")
### CBHM
setwd("code_for_rerunning_simu/table_1_2/")
source("CBHM.R")
setwd("../../")
### CBHM_Tox
setwd("code_for_rerunning_simu/table_1_2/")
source("CBHMTox.R")
setwd("../../")
### GCBHM_l
setwd("code_for_rerunning_simu/table_1_2/")
source("GCBHM_l.R")
setwd("../../")
################ run all scenarios:
rho=0.3
source("code_for_rerunning_simu/table_1_2/run_all.R")
system("mv code_for_rerunning_simu/table_1_2/Rdata/*Rdata code_for_rerunning_simu/table_1_2/Rdata/rho0.3/")
################################################ TABLE S1 ####################################################
source("code_for_rerunning_simu/table_S1/run_all.R")
################################################ TABLE S3 ####################################################
################ run all scenarios:
rho=0
source("code_for_rerunning_simu/table_1_2/run_all.R")
system("mv code_for_rerunning_simu/table_1_2/Rdata/*Rdata code_for_rerunning_simu/table_1_2/Rdata/rho0/")
################################################ TABLE S4 ####################################################
################ run all scenarios:
rho=0.5
source("code_for_rerunning_simu/table_1_2/run_all.R")
system("mv code_for_rerunning_simu/table_1_2/Rdata/*Rdata code_for_rerunning_simu/table_1_2/Rdata/rho0.5/")
################################################ TABLE S5 ####################################################
#### generated data is also used for table S6
################ try one script, run:
### BHM
setwd("code_for_rerunning_simu/table_S5/")
source("BHM.R")
setwd("../../")
### GCBHM_l
setwd("code_for_rerunning_simu/table_S5/")
source("GCBHM_l.R")
setwd("../../")
### GCBHM_m
setwd("code_for_rerunning_simu/table_S5/")
source("GCBHM_m.R")
setwd("../../")
################ run all scenarios:
source("code_for_rerunning_simu/table_S5/run_all.R")
################################################ TABLE S7 ####################################################
source("code_for_rerunning_simu/table_S7/run_all.R")
################################################ TABLE S8 ####################################################
source("code_for_rerunning_simu/table_S8/run_all.R")
################################################ TABLE S9 ####################################################
source("code_for_rerunning_simu/table_S9/run_all.R")
################################################ TABLE S10 ####################################################
source("code_for_rerunning_simu/table_S10/run_all.R")
################################################ TABLE S11 ####################################################
source("code_for_rerunning_simu/table_S11/run_all.R")
################################################ TABLE S12 ####################################################
source("code_for_rerunning_simu/table_S12/run_all.R")