dockerfile

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# Dockerfile to build Kissplice galaxy tool container image
# Based on debian wheezy
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# Set the base image to debian wheezy
FROM debian:wheezy

# Set noninterative mode
ENV DEBIAN_FRONTEND noninteractive
ENV PACKAGES wget make cmake gcc g++ zlib1g-dev python

ENV TAR ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/logiciel/kissplice/download/kissplice-2.2.1.tar.gz
ENV SOURCE kissplice-2.2.1
ENV DIR /opt

################## DEPENDENCIES INSTALLATION ######################

RUN apt-get update -y
RUN apt-get install -y ${PACKAGES}

################## KISSPLICE INSTALLATION ######################

WORKDIR ${DIR}
RUN wget ${TAR} -O - | tar xvzf -
RUN mkdir ${DIR}/${SOURCE}/build
WORKDIR ${DIR}/${SOURCE}/build

RUN cmake ..
RUN make
RUN make install

#ENTRYPOINT ["kissplice"]
#CMD ["--help"]
ADD kisspliceGWrapper.py /usr/local/bin/kisspliceGWrapper.py
RUN chmod 755 /usr/local/bin/kisspliceGWrapper.py
##################### Maintainer #####################

MAINTAINER Monjeaud Cyril <Cyril.Monjeaud@irisa.fr>

#################### Example ########################
# docker run -it --rm cmonjeau/kissplice
# docker run -it --rm -v /home/user/Kissplice:/data cmonjeau/kissplice -r /data/reads1.fa -r /data/reads2.fa -o /data