早上八点，起床，下了床墨迹了一会儿，醒醒了脑子，再一看时间，已经八点四十了，呕吼，穿上袜子穿上鞋，刷个牙，洗把脸，再抹一曾润肤乳，完事。
+早上八点，起床，下了床墨迹了一会儿，醒醒了脑子，再一看时间，已经八点四十了，呕吼，穿上袜子穿上鞋，刷个牙，洗把脸，再抹一曾润肤乳，完事。
九点，下楼去食堂吃饭，磨磨唧唧到食堂又是五分钟后了，所幸还有饭，一个鸡蛋一个大饼一杯豆浆，肉蛋奶都有了，吃完饭回到寝室就是九点四十了。
为什么今天没有直接去图书馆呢？因为今天有个面试，什么面试呢？腾讯的一个面试，为什么会有这么一个面试呢？因为有个老哥让我扫了个二维码，我扫完二维码，填了姓名学习院校后居然就成功投递了简历，然后笔试都没有就收到了鹅厂的面试邀请，我也挺懵的，其实也还好，可以面试一下看看自己有多菜。
@@ -183,7 +183,7 @@
终于呢，又是开通了我的博客，之所以是说终于，是因为之前也是开通过，但是呢，因为各种各样原因逐渐搁置，所以便是逐渐落下了博客的更新。
+终于呢，又是开通了我的博客，之所以是说终于，是因为之前也是开通过，但是呢，因为各种各样原因逐渐搁置，所以便是逐渐落下了博客的更新。
现在突然就想记录点什么了，希望能够记录下去吧。
Hexo&Next.Pisces 重启，采用的 Hexo 开通的博客，NexT - Theme for Hexo 作为主题。
以后呢，会记录一下我的工作、学习与生活，会分享生活亦或是学习的点点滴滴，也不要再将这个站点落下了。
-“我们把你们想的太好了，我们认为你们会遵守基本的外交礼节”，有些话，原封不动，换个国家名，他居然还能用
+“我们把你们想的太好了，我们认为你们会遵守基本的外交礼节”，有些话，原封不动，换个国家名，他居然还能用
你对自己的认知其实没别人说那么的感性，因为自己干很多事情都有目的性，所以你潜意识认为一切的感性都是建立在理性的基础之上的，但其实并没有这么简单，你潜意识里的理性，其实也是建立在更深的一层感性的基础上，也就是第三层，一般你对自己的了解只停留在第一层，也就是认为自己是一个超级感性的人。
+你对自己的认知其实没别人说那么的感性，因为自己干很多事情都有目的性，所以你潜意识认为一切的感性都是建立在理性的基础之上的，但其实并没有这么简单，你潜意识里的理性，其实也是建立在更深的一层感性的基础上，也就是第三层，一般你对自己的了解只停留在第一层，也就是认为自己是一个超级感性的人。
比如，你见了一个很好看的人，非常心动，一会儿的时间就脑补了和他的一生，然后自己沉浸在自己的世界里感性，这是第一层的感性。
随后就开始在现实中去根据自己刚刚幻想完后的余温再去想要做什么，要让自己变成什么样来去达到自己之前幻想的一个目的，这个过程就是你对自己理性方面的认知，虽然自己会代入真感情到里面去，但有的你会以对自己的了解然后明确这是一份站在理性基础上的一份感性，也就是第二层。
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你思想的第三层就是在自己喜欢的想法上，感性的情绪中，建立的一种选择，所以你就会做很多别人想做却不敢做的事情，这点客观来说其实已经吸引了所有人（除了被受影响的人）不过客观来说，就算是保守派，看到你这类太过于厉害的狠角色也会有敬意吧（除了戾气重的人）
你要的只有功成名就，自己可以舍弃的东西太多了，只要自己喜欢，就可以无底线无理由的去追求，你是个聪明人，却还是选择了这样的一条路，选择了一条充满浪漫气氛的独木桥。
你的心，敏感又强大、坚定又脆弱，这是两种心态，又融为一颗心，你的内心就是会互相追逐，互相打气，在一片小小天地中就能看到一个丰富的浪漫世界
-七月三十一日，这个月结束了大三学年的学习，开始较为枯燥的考研生活，到了月底也是应该做一个小小的总结了，不然这个月也又是要浑浑噩噩地过去了。
+七月三十一日，这个月结束了大三学年的学习，开始较为枯燥的考研生活，到了月底也是应该做一个小小的总结了，不然这个月也又是要浑浑噩噩地过去了。
先总结一下考研复习进度吧，在七月中把网课过了一遍，是华中科技大学杨广笑老师的代码之路 (github.com)，算是一个前端的入门项目吧，希望能够在日后获得一个 Star 之类的吧。
关于这个博客，配置这个博客倒是配置了挺多的时间，也是做了很多的调试，目前来说速度和舒适度还是蛮比较不错的。
-呕吼，突然就过去了一个月，上一次更新博客还是上一次（确实）。那就回顾一下这个月做了些什么、发生了些什么吧。
+呕吼，突然就过去了一个月，上一次更新博客还是上一次（确实）。那就回顾一下这个月做了些什么、发生了些什么吧。
八月底大概就是和辅导员谈话、迎新相关的事务了，考研呢也是磨磨蹭蹭的没怎么放在心上（虽然现在看来不用当时甚至都不用管考研的事情）。
当时有个很有意思的事情就是把《天龙八部》看了一遍，有一说一嗷，那是真的好看，段誉的凌波微步，语嫣的博识多闻，萧峰的英雄自我，虚竹的纯真善良，算是我看的第一部武侠片了，剧情相对来说也是很不错的，近些年的仙侠剧倒是都没看过，唯一看过的就是初中时看过的《兰陵王》了，相比较而言《天龙八部》真的是好太多了。
@@ -166,7 +166,7 @@第二天，保研名额出了，能保研八个人，我心态瞬间就崩了，本来没有去加分答辩就很生气，现在保研名额增加了就更生气了。那得了，终究还是变成了真正的考研人。
然后到了十六号，呜呼，同济的官网发布信息，考研生物信息学的话要必须考生物信息，得嘞，复习两个月的生物化学、分子生物学都用不上了，又要重新开始学习了。你说巧不巧，居然还正好距考研有百天时间。
也许能复习完吧，也许吧。
-打开新闻首页，密密麻麻的标题，独唱团大卖了，北京公交自燃了，贾宏声跳楼了。
+打开新闻首页，密密麻麻的标题，独唱团大卖了，北京公交自燃了，贾宏声跳楼了。
贾宏声是谁？这名字似乎听过，然而完全没印象了。点开新闻，说是周迅前男友，一博客说他从楼下跳下，砸坏了一辆车，口气好象很心痛那车。另一博客开始呼吁社会关心明星心理健康……
还是不知道贾宏声是谁，也不想知道。每天死的人太多了，我关心不过来。
@@ -181,7 +181,7 @@原文链接：不要死 也不要孤独的生活（昨天）影评 (douban.com)
作者：今何在
-新搭建完成了 Hexo +
新搭建完成了 Hexo 博客，我想让他拥有一个评论系统，这需要借助插件的力量。找来找去，找到了 Gitalk Demo | Aotu.io「凹凸实验室」，也是 Next 主题支持的评论系统。
@@ -190,7 +190,7 @@
今日读毛选，读到了中国革命战争的战略问题。我觉得毛泽东真的是一位军事奇才，他对战争的规律总结得十分到位，这是一套方法论，不管用到何处都能经过一定程度的变化，从而发挥作用的方法。
+今日读毛选，读到了中国革命战争的战略问题。我觉得毛泽东真的是一位军事奇才，他对战争的规律总结得十分到位，这是一套方法论，不管用到何处都能经过一定程度的变化，从而发挥作用的方法。
战争的规律——这是任何指导战争的人不能不研究和不能不解决的问题。 @@ -171,7 +171,7 @@
-战争——这个人类互相残杀的怪物，人类社会的发展终久要把它消灭的，而且就在不远的将来会要把它消灭的。但是消灭它的方法只有一个，就是用战争反对战争，用革命战争反对反革命战争，用民族革命战争反对民族反革命战争，用阶级革命战争反对阶级反革命战争。历史上的战争，只有正义的和非正义的两类。我们是拥护正义战争反对非正义战争的。一切反革命战争都是非正义的，一切革命战争都是正义的。人类的战争生活时代将要由我们之手而结束，我们所进行的战争，毫无疑义地是属于最后战争的一部分。但是我们所面临的战争，毫无疑义又是最大的和最残酷的战争的一部分。最大的和最残酷的非正义的反革命的战争，迫临在我们的头上，我们如果不打起正义战争的旗帜，人类的大多数就要遭受摧残。人类正义战争的旗帜是拯救人类的旗帜，中国正义战争的旗帜是拯救中国的旗帜。人类的大多数和中国人的大多数所举行的战争，毫无疑义地是正义的战争，是拯救人类拯救中国的至高无上的荣誉的事业，是把全世界历史转到新时代的桥梁。人类社会进步到消灭了阶级，消灭了国家，到了那时，什么战争也没有了，反革命战争没有了，革命战争也没有了，非正义战争没有了，正义战争也没有了，这就是人类的永久和平的时代。我们研究革命战争的规律，出发于我们要求消灭一切战争的志愿，这是区别我们共产党人和一切剥削阶级的界线。
一年一度，又是路明非的生日，书里的他已是大四在读，而我也将步入大四，但愿也能成长为能够独当一面的卡塞尔精英吧。
+一年一度，又是路明非的生日，书里的他已是大四在读，而我也将步入大四，但愿也能成长为能够独当一面的卡塞尔精英吧。
人生若只如初见
@@ -229,7 +229,7 @@ 去迪士尼，鬼屋很可怕，但是有Sakura在，所以不可怕。”“Sakura 最好了。”
-推荐一个SQL查询语句在线练习网站—— 推荐一个SQL查询语句在线练习网站——SQLZOO，这个网站上的题目由易到难，把整个网站上的题目都做完的话你可以自主的写出接近100条SQL查询语句，从简单的单表条件查询到多表联结查询，自联结查询等等。 官网：https://sqlzoo.net/wiki/SQL_Tutorial/zh 自连接测试：https://sqlzoo.net/wiki/Self_join_Quiz 常用函数：https://sqlzoo.net/wiki/Functions_Referencesqlzoo练习规划
自连接及函数
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一直在看着新闻，镜头前的消防战士来往没停过，拖着橡皮艇从南边的地铁站和商场将人员运到较为安全的区域，其中还有不少一两岁的孩子。刚刚记者突然间就断线了，心就突然揪住了，就挺伤心的，莫名的哭了起来
+一直在看着新闻，镜头前的消防战士来往没停过，拖着橡皮艇从南边的地铁站和商场将人员运到较为安全的区域，其中还有不少一两岁的孩子。刚刚记者突然间就断线了，心就突然揪住了，就挺伤心的，莫名的哭了起来
愿一切平安。
-本来呢，暑假的计划是要读习的，奈何之前的毛选一还没读完，便是摸摸索索地读了毛选一，但也读的并不是很多，最重要地实践论和矛盾论倒是还没有看。
+本来呢，暑假的计划是要读习的，奈何之前的毛选一还没读完，便是摸摸索索地读了毛选一，但也读的并不是很多，最重要地实践论和矛盾论倒是还没有看。
这毛选读起来是真的有意思，很多东西，修修改改，放到现在，依旧是可以用的，对于中国社会各阶层地分析，将近一百年过去了，中国的阶层中，也就是文中的“地主阶级和买办阶级”换了一种形式存在了下来，有人称其为“人民富豪”之类的。
这两年，天下并不太平，工薪阶层声讨“人民富豪”之类的呼声越来越高，其势如暴风骤雨，迅猛异常，无论什么大的力量都将压抑不住。他们将冲决一切束缚他们的罗网，朝着解放生产力的路上迅跑。一切帝国主义、军阀、贪官污吏、土豪劣绅，都将被他们葬入坟墓。很大一部分原因出在某些人屁股背离了无产阶级的穷人，凡是反抗最力、乱子闹得最大的地方，都是那些“人民富豪”为恶最甚的地方。农民、工人的眼睛，全然没有错的。谁个劣，谁个不劣，谁个最甚，谁个稍次，谁个惩办要严，谁个处罚从轻，农民、工人都有极明白的计算，罚不当罪的极少。
关心群众的生活问题，我觉得这一点，现在做的十分好，我是国家级贫困县出身的人，我能看到的是当地的政府工作人员对于当地的很多事情都是十分负责、尽心的。去年是扶贫大年，好多乡政府都想办法带动当地的村民去创业实现长久致富，这都是让当地人感到很开心的事情。前些日子家里发了大水，同志们都是和群众打成一片齐心抗洪的，没有一个人说不理会群众之类的，一个都没有。
关于毛对战争的理解，除了战争本身外，我最敬佩的便是其中对未来的指导：人类社会进步到消灭了阶级，消灭了国家，到了那时，什么战争也没有了，反革命战争没有了，革命战争也没有了，非正义战争没有了，正义战争也没有了，这就是人类的永久和平的时代。我们研究革命战争的规律，出发于我们要求消灭一切战争的志愿，这是区别我们共产党人和一切剥削阶级的界线。这个便是我们无产阶级要为之奋斗一生的目标。
欢迎使用品优购代码规范， 这个是我借鉴京东前端代码规范，组织的品优购内部规范。旨在增强团队开发协作、提高代码质量和打造开发基石的编码规范，
@@ -898,7 +898,7 @@在进行配置 Hexo Next +
在进行配置 Hexo Next 的友情链接的时候遇到了一些麻烦，特此进行记录如何进行 Hexo Next 友链的配置。
@@ -204,7 +204,7 @@复习考研，第一门难啃的课就是生物化学，三本书，将近两千页的内容，全是字，淦，怎么背的会哦，当年就是生物化学没有学好，才落得现在没得保研，只能呆呆地考研，谁知道考研也需要学生物化学！淦，我心态炸裂。
+复习考研，第一门难啃的课就是生物化学，三本书，将近两千页的内容，全是字，淦，怎么背的会哦，当年就是生物化学没有学好，才落得现在没得保研，只能呆呆地考研，谁知道考研也需要学生物化学！淦，我心态炸裂。
但其实看看也还挺不错的，确实感觉到自己的脑袋里关于生物化学的好多东西都是并不是很清楚，虽然是做过很多的实验，但是好多实验的原理也是在重新开始看书后才真正了解。（对于我大学时期做过的实验，也许我真的了解的也就是操作系统，数据结构之类的了）但是到现在也才看到三百多页是真的心情很不好，确实感觉到自己对于生物这个需要花费很大功夫来背诵的科目感到不是很舒服。关键这东西也不是什么马原毛概之类的，我倒是觉得马原毛概之类的倒是挺有意思的，想起来了看一看，一看就是半本书，还停不下来，确实是因为其中包含了很多的解决问题的方法，很多的哲学的思考，很多的看了让人感到心情极其振奋的思想。
昨晚失眠到了三点多，今天又是八点起的，中午居然还没睡，中午摸了一下脸颊下巴两侧又是张出了痘痘，懊恼，我怎么就这么运气不好哦，要是生物有写代码那么容易就好了。
前路漫漫，读书作伴。
-目前呢，市面上主流的编程语言有 +
目前呢，市面上主流的编程语言有 PHP、Java、Python、C、C++、JavaScript等，这些语言呢也是各有千秋，今天呢，就用简短的话语细数一下他们的特点。
PHP：没有优点
Java：库多，库多，库多
@@ -192,7 +192,7 @@最后是 C++： 
此次学习的课程为李宏毅机器学习，之前学过一遍吴恩达的课程，只可惜当时没记笔记，且近些时候没有写代码，逐渐疏忽了，故选择李宏毅再进行新一遍的学习，所谓温故而知新。
回归是我们通常会使用的机器学习中的一类，比如日常中的我们的身高预测，股票预测等等，这些都可以看作为粗略的回归。
如此便是完成了预测，并未找到对比的真实数据，等找到真实数据再去测试正确率
-这些 this 的指向，是当我们调用函数的时候确定的。
调用方式的不同决定了this 的指向不同一般指向我们的调用者. 
主要应用场景
apply 经常跟数组有关系. 比如借助于数学对象实现数组最大值最小值
bind 不调用函数,但是还想改变this指向. 比如改变定时器内部的this指向.
我没有那么专注了，是的。
+我没有那么专注了，是的。
最近处于一种不太专注的状态，又或许我已经处于这个状态很长时间了，但是现在才发现这件事情，感觉给自己的生活造成了有好大一部分的困扰，还是记录一下吧。
大概已经是一年多了，我可能处于同一时间做多件事情，我尤其清晰的记得，去年年底的时候，那时候还是台式机，我可以开着terminal炼丹，然后开着LOL，然后旁边的手机还放着柯南，键盘上面半盖着一本小说，大概是处于一心四用。当然这样子的事情还是有很多的，只是最近觉得，这样子效率很低，而且我在事后感觉不到满足感了，这个是给我很大打击的地方。
我尤其清晰的记得，上初中的时候，我悄悄的溜出家门，然后小跑跑到距离家有一段距离的黑网吧，然后开一台机器，开机就选择英雄联盟，丝毫没有其他选择，我很清晰的记得我的卡特琳娜开启死亡莲花拿到五杀推平对方基地之后，我长舒口气，然后习惯摇了摇脖子，才发现背后有人，转身过去才发现是我爸在那儿站着。事后问网吧老板，老板说我爸已经站了十多分钟了，但是我全然没有知觉，我的注意力十分集中，集中于那唯一的一点英雄联盟。
@@ -167,7 +167,7 @@大概是上周吧，有那么一个时刻，我电脑挂着网课，iPad开着C++阅读，手机开着B站，键盘上放着《遗传学》，手里拿着手柄看着switch打塞尔达，网课没有听进去，C++特性没看进去，B站的乐子我也没有享受到，本来要复习的《遗传学》也是化成泡沫，更可气的是，手里塞尔达的神庙试炼也没有通过。我把心分拆成多个碎片，终于是一事无成。
我觉得我的欲望太大了，或者又不是很大，只是我一和别人对比就会觉得自己什么也不会。有人炼丹还是研一刚刚开学就发了CNS，但是我的炼丹水平远远没有那么高；有人弹的一手好琴，我当年学的钢琴现在几乎全部忘记了；有人会跳舞，而且也是男孩子，而且跳的特别好，但是我不行，我也没有坚持；有的人很会打篮球，我也不会，想学，却觉得自己不会打然后再学也是耽误别人；羽毛球也没有室友打得好；游泳以前还很好，但是得了肺炎之后明显觉得体力下降，现在也只是游个半场；晚上想要跑步却又想到自己要增重，犹犹豫豫；每天给自己订了背单词的KPI，却总是不能早起然后拖到晚上。还有好多其他的事情，觉得自己真的是十分的废物。
牢骚就发到现在，现在，开始看C++，然后背单词，然后看书，然后跑步，然后睡觉，就这样吧，再过一段时间我再记录些。
-Application Programming Interface， 应用程序编程接口，是一些预先定于的函数，目的是提供应用程序与开发人员基于某硬件或软件得以访问一组例程的能力，而又无需访问源码，或理解内部工作机制的细节。
@@ -332,7 +332,7 @@ onmousemove：鼠标移动触发
onmouseup：鼠标弹起触发
onmousedown：鼠标按下触发
-概念： 是指在DNA序列不发生改变的情况下，基因表达发生可遗传变异的现象
@@ -243,7 +243,7 @@组蛋白磷酸化
组蛋白泛素化
bootstrap JS 插件
今天在写博客的时候，渲染的时候发生了一些问题，主要报错如下
+今天在写博客的时候，渲染的时候发生了一些问题，主要报错如下
[ERROR][hexo-renderer-pandoc] pandoc exited with code null.看了一些博主的方案，也进行了尝试，但是结果并不是很好，但是自己经过摸索还是解决了，便是来写一下相关的解决方案。
@@ -180,7 +180,7 @@ target="_blank" rel="noopener" href="https://github.com/jgm/pandoc/releases">Releases · jgm/pandoc (github.com)安装之后重新开启命令行进行部署即可。
-我们在 New 一个 Promise
里的时候肯定是需要传入参数的，不然这个实例用处不大，而这个参数我们知道是一个函数，而且当我们传入这个函数参数的时候，这个函数参数会被自动执行。
因此我们需要在类的 constructor 里面添加一个参数，这里就用
@@ -697,7 +697,7 @@
接着上篇博客继续，我们发现，概率生成模型最终推导函数，其本质还是寻找参数w和b，所以可以设置一个函数，直接来寻找最优的w和b
+接着上篇博客继续，我们发现，概率生成模型最终推导函数，其本质还是寻找参数w和b，所以可以设置一个函数，直接来寻找最优的w和b
\[
f_{w,b}(x)=P_{w,b}(C_1|x)=\sigma(z)\\
\sigma(z)=\frac{1}{1+exp(-z)}\\
@@ -234,7 +234,7 @@
在回归中，我们需要解决下面的优化问题，即使得Loss函数尽可能的小 在回归中，我们需要解决下面的优化问题，即使得Loss函数尽可能的小 \[
\theta^*=arg\min L(\theta),L:loss function,\theta:parameters
\] 假设一共有两个参数机器学习-梯度下降的优化
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版本控制（Revision control）是一种在开发的过程中用于管理我们对文件、目录或工程等内容的修改历史，方便查看更改历史记录，备份以便恢复以前的版本的软件工程技术。
@@ -481,7 +481,7 @@说明：GIT分支
dev 分支上工作，工作完后，比如上要发布，或者说dev分支代码稳定后可以合并到主分支 main 上来。 -
最开始感到身体不适的时候，大概是在六月初，那时候觉得右下腹隐隐不适，但是并不疼痛，我一直以为是肝脏出了问题，随机买了护肝片，然后减少了熬夜。起初还是有一些效果，不适程度减少了很多，但是不到一周的时间又开始了，那是我正在做俯卧撑的时候，毕业的那段时间是每天一百个俯卧撑，那天俯卧撑的时候，突然觉得右胸猛的一痛，就像是要被撕裂了一般，随机停止了，然后上床休息。这便是已经六月中了。
+最开始感到身体不适的时候，大概是在六月初，那时候觉得右下腹隐隐不适，但是并不疼痛，我一直以为是肝脏出了问题，随机买了护肝片，然后减少了熬夜。起初还是有一些效果，不适程度减少了很多，但是不到一周的时间又开始了，那是我正在做俯卧撑的时候，毕业的那段时间是每天一百个俯卧撑，那天俯卧撑的时候，突然觉得右胸猛的一痛，就像是要被撕裂了一般，随机停止了，然后上床休息。这便是已经六月中了。
之后便是毕业典礼之类类的事情，这时候大概一直右胸下部都有一种异物感，还是觉得是肝脏的问题，于是去校医院做了肝胆检查，检查结果表示一切正常，所以觉得，是不是健身练的太多了，导致肌肉拉伸了？虽然那个部位肌肉确实没有怎么练到，但是确实就没有继续往下面检查。
时间到了28号，毕业前往深圳，去华大实习，师兄给安排了食宿，然后自己去办理入职，入职需要入职体检，随机去了医院进行体检，血常规没有什么问题，检查心率的时候当时心率达到了116，医生说让做个心电图，这是上午的时候。下午体检结果出来，医生说我X光有问题，肺部有密集的阴影，需要做个CT进行深度检查，然后赶忙去做了CT，然后又去做了心电图，心电图倒是一切正常，还是往常的窦性心律，还有个右束支什么的东西，倒是青少年常见问题了。
拿到CT结果已经是体检第二天的事情了，可以很清楚的看到我的肺部几乎四分之一都被感染了，医生问我痛不痛，我倒是没有觉得有痛感，只是觉得有异物感。也不知道这身体素质是好还是坏，说他好吧，他年纪轻轻染了肺炎，说他差吧，这么大的验证正常人早就疼晕过去了，他偏偏好端端的，要不是体检查出来了，估计这身体还能再挺一个月。
@@ -163,7 +163,7 @@接下来便是住院的生活了，开始的两天发烧不断，吃了退烧药后便是没有再发烧了，之后便是每日的抗生素输入，每天输液三次，早上九点钟一次输液，下午四点一次，晚上十二点一次，三次输液，使得抗生素在我身体里面一直流动着，住院住了半个月，然后开了药，八月的时候身体仍然感觉不是那么好，去复查发现没有什么问题，后来又去做了CT，确实炎症已经完全消除了，但是粘膜之类的还没有完全修复，还会咳嗽有痰。
最近又嗝气，又开了一些脾胃的中药，大概又要喝药到开学了。
这段时间真的好难受啊，什么东西都学不进去，不可避免的发烧，感到身体急躁，虽然也是把R语言过了一遍，然后又把英语捡了回来，也算是逐渐步入正轨了吧，希望之后不要再有疾病了，身体真的是十分影响我的生活工作和学习。身体是革命的本钱啊。
-感谢成电，我爱成电，这是我四年本科生涯的经历所能给予成电的评价。
+感谢成电，我爱成电，这是我四年本科生涯的经历所能给予成电的评价。
我本身并不是很想分主题写，但是又害怕自己错过一些部分，为了让自己逻辑更为通顺，我将从下面这些方面叙说我的四年。
当然成电也有他的缺点，我也会去骂你电的不好，但是我也明白有些东西确实不是小破电自己能决定的，他真的给了我美好的回忆。
写到最后感觉好像还是有什么东西是没写的，我就之后再补充吧。
再见，小破电。
-首先是 tensorflow 及其相关包的安装，作者本人使用的是 +
首先是 tensorflow 及其相关包的安装，作者本人使用的是 miniconda，安装命令如下
conda create -n 'tensorflow'
activate tensorflow
@@ -183,7 +183,7 @@
print(model.predict([10.0]))即使用 keras 定义一个模型，optimizer 选用 sgd 函数，损失函数为均方损失，使用fit进行训练完成即可。
-
今天北大出入校改成自动报备了，本科同学们在约饭，我说我在坐牢去不了。
+今天北大出入校改成自动报备了，本科同学们在约饭，我说我在坐牢去不了。
我想起上周中秋节，老师说出校只能当天去当天回，在外过夜需要自费隔离三天，可能是担心我半夜着凉。看了眼怀密线每晚6点的末班车，毅然鸽了同学。假期一结束，又说在外过夜不用隔离了。
能知道中秋节能回家这个消息，还是某个微信群里看到的。该群有段时间一直在锐评学校的出入校政策，后来有几个群友被老师谈话了。现在群已经没了，没准不是学校要求解散的。
倒也不是不能出校，3个星期之前我出了一次，不过是被救护车拉走的，170块钱不知道什么时候能报销。疯狂星期四那天，不知道怎么想的，我在怀柔医院点了一顿麦当劳。
国科大企业微信的疫情防控里需要每日上报，我每次填的都是“当天住在校外”、“昨日没做核酸”，没人理我。当你试图叛逆的时候，没人在乎才是最尴尬的。就在我心灰意冷进教学楼的时候，忘了扫健康码，被工作人员追了10米，这才稍微安心一点。
既然大学生风险这么高，不如改成网课，毕竟还要麻烦老师和其他工作人员每天进出学校，怕传染给他们的家人。
其实说是想出校，来回一趟5、6个小时，周末我也懒得回。不适应这种“非必要不出校”的生活罢了，我觉得，只要我想出，那就是必要的，我可以不出，但你不能不让我出。我已经在离科学最近的地方偷着乐了。
-又是一个月过去，十一仿佛就在昨日，然后劈里啪啦的，就跑走了三个星期，只能说感受不到自己做了什么，学到了什么，所以觉得落差感比较大。而且博客也是很久没写了，进行稍微长一点的叙述就会显得我的逻辑比较混乱。
+又是一个月过去，十一仿佛就在昨日，然后劈里啪啦的，就跑走了三个星期，只能说感受不到自己做了什么，学到了什么，所以觉得落差感比较大。而且博客也是很久没写了，进行稍微长一点的叙述就会显得我的逻辑比较混乱。
今天应该是还有很多的ddl的，比如刚刚开辟的Python_70_Project，想做一个稍微大一些的Python导学项目，然后大概也是每天写个几十行那个样子；比如还要重温C++，这是很久之前学习的了，现在写起来也是逐渐手生，根本写不下去，于是乎重新打开黑马，又开始无聊又有趣的学习之路，希望之后能把硬件做起来吧，要学习一下老学长，成为一名稍微全栈一些的孩子。
目前上课的状态大概就是，老师讲自己领域内最为前言的工作，讲他们自己做的实验的思路、流程，以及相关的一些延申，这两周大概也有课陆续要结课了，大概就是政治课和一门选修课，政治课的pre文稿刚刚交了上去，这门选修课大概就是临时做一个数模之类的。
生物统计学的作业到现在还没做，明明26号就是ddl了，居然自己还在玩。前些日子入手了一只switch，到现在已经玩了快三十个小时了，平均每天三小时吧大概，按照晚上十点下课，到宿舍十点半，开始玩，接着到一点半，然后再收拾收拾睡觉觉就是两点了，虽然作业还没做，明天的课程还没有预习，今天的课程也没有复习，但是还是要睡觉觉， 毕竟第二天还有早八，刚刚打开了B站，挺多UP主也都更新了，自己还没看，然后十二点多开始看，看到了现在，本来打算今天下午做几道英语题，结果时间又被荒废掉了，一会儿还约了人去打羽毛球，属于是最佳拖延王了。
文献倒是看了一些，但是这一周进展颇为缓慢，还是要抓紧时间干活儿啊，时间不等人啊。
-torch中计算损失函数时，会使用到名为 CrossEntropyLoss +
torch中计算损失函数时，会使用到名为 CrossEntropyLoss 的交叉熵损失函数，这个函数的公式为： \[ \begin{aligned} loss(x,class)&=−log\frac{∑_jexp(x[j])}{exp(x[class])}\\ @@ -189,7 +189,7 @@ class_index = torch.tensor([0, 2], dtype=torch.int64) loss_value = loss_function(pred, class_index) print(loss_value) ##1.073 -
科学家要想成功，就必须写得好。遵循经典的前言、方法、结果和讨论 (IMRaD) 结构的论文写作存在实质性指导。在这里，作者填补了这个教学经典中的一个关键空白。作者提供有关编写优秀科学故事的指导。这种宝贵但往往难以实现的技能可以增加研究的影响力及其被接受的可能性。科学故事不仅仅是提供信息。这是一个有凝聚力的叙述，通过提出和解决问题来吸引读者，有开头、中间和结尾。为了创建这种叙事结构，作者敦促考虑在研究结束时开始，先写下他们的主要结论，为讨论提供基础，然后倒推：结果→方法→完善讨论→介绍→摘要→ @@ -346,7 +346,7 @@
作者希望这篇关于倒写的paper能提供有用的指导。如果您发现它有启发性，作者将不胜感激您通过在您的致谢中引用作者的工作来表明这一点，并将该出版物包括在您的参考文献列表中。通过这种方式，其他人也可以看到此文并从中受益。
-+关于 Couesrea 奖学金的申请
Coursera是免费大型公开在线课程项目，由美国斯坦福大学两名计算机科学教授创办。旨在同世界顶尖大学合作，在线提供免费的网络公开课程。Coursera的首批合作院校包括斯坦福大学、密歇根大学、普林斯顿大学、宾夕法尼亚大学等美国名校。 Coursera与另外1达成合作协议。其课程报名学生突破了150万，来自全球190多个国家和地区，而网站注册学生为68万。注册124门课程。目前新增的大学包括了佐治亚理工学院、杜克大学、华盛顿大学、加州理工学院、莱斯大学、爱丁堡大学、多伦多大学、洛桑联邦理工学院 @@ -210,7 +210,7 @@ platforms, through my excellent results word of mouth marketing.
以上。
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AJAX 全称为Asynchronous JavaScript And XML，就是异步的 JS 和 XML。 通过AJAX @@ -341,7 +341,7 @@
支持向量机总体是由一个合页损失函数和一个核函数组成
+支持向量机总体是由一个合页损失函数和一个核函数组成
概率生成模型，是概率统计和机器学习中的一类重要模型，指一系列用于随机生成可观测数据的模型。假设有两类数据，每一类都有若干个样本；概率生成模型认为每一类数据都服从某一种分布，如高斯分布；从两类训练数据中得到两个高斯分布的密度函数，具体的是获得均值和方差两个参数；测试样本输入到其中一个高斯分布函数，得到的概率值若大于0.5，则说明该样本属于该类，否则属于另一类。
生成模型可以和贝叶斯概率公式进行结合，用于分类问题。原始贝叶斯概率公式为：
\[
@@ -261,7 +261,7 @@ 后续
src="https://cdn.jsdelivr.net/gh/zEpoch/imageHome@main/blog/机器学习-概率生成模型/20220818005609.png"
alt="20220818005609" />
经过最终的化简计算可以知道，概率生成模型的本质是寻找参数w和b。如果我们直接进行参数w和b的求解，是不是就可以简化前面那么复杂的计算过程呢？那么请看下一篇博客吧。
-这是读的第一篇的关于不同物种脑比较的文章，进行了较为精细的阅读，故作此记录。 这是读的第一篇的关于不同物种脑比较的文章，进行了较为精细的阅读，故作此记录。原文链接 哺乳动物皮层中的计算通过谷氨酸和γ氨基丁酸释放神经元形成的特定回路区域进行的。我们在这里探究了这些神经元，这些区域是如何在羊膜动物中进化的。我们使用了大规模的单细胞
@@ -449,7 +449,7 @@ 海龟和哺乳动物的神经元出生顺序是相同的(DL在先，UL在后)，海龟DL样神经元的表面位置与皮质发生的反转一致(爬行动物由外向内，哺乳动物由内向外)。最后，在哺乳动物中，决定UL和DL命运的转录因子在祖细胞中共表达，并且只有在细胞周期结束后才获得相互排斥的表达。哺乳动物UL和DL命运说明符在海龟神经元中的共表达表明，皮质层可能是从这些转录因子之间的调节相互作用的重塑中进化而来的，可能是通过新的抑制相互作用。神经发生的时间延伸可能使最初重叠的基因表达程序分离，从而使祖先UL和DL类型多样化。 这些海龟和蜥蜴大脑皮层的分子图谱为未来的功能研究提供了一个框架。基因表达程序的异同如何告知我们大脑功能的进化？例如，爬行动物皮层的大部分在分子上与核心哺乳动物海马体相关。爬行动物的损伤实验表明内侧皮质在导航中的作用，但目前还没有从这些区域获得慢性电生理数据。需要将我们的分子图谱与示踪、电子显微镜和电生理学研究相结合，以了解基因表达程序是否以及如何与连通性和功能的进化相关联。 突触组织的一般原理可以从三层和六层皮层的比较中推断出来。这些相似之处是巧合还是反映了祖先的皮层回路？在哺乳动物中，局部回路基序涉及具有不同分子和功能特征的γ-氨基丁酸能类型。我们的研究表明，中间神经元的多样性是哺乳动物和爬行动物的祖先。中间神经元类在至少3.2亿年间的保守性表明，不仅存在中间神经元多样性的选择压力，而且中间神经元多样性本身可能在原始皮质回路内的干细胞脊椎动物中进化而来。或者，中间神经元类的保守性可能仅仅是由于球下模式的发育限制。对爬行动物大脑皮层中回路基序的分子和功能的联合研究可能有助于理解脊椎动物大脑皮层的祖先设计和计算逻辑。爬行动物中由单细胞转录组揭示的大脑皮层，海马和皮层细胞类型的进化
摘要
讨论
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当我们一次有多个数据，而且我们想要使用scanpy绘制umap图，或是spatial图的时候，大多数人一次只是绘制一个umap图或是一个spatial图在一个png或是一个pdf上面，对于我们可视化来说可能并没有那么轻便，于是需要做一些调整，借助于matplotlib的内参，让我们可以较为轻松的绘制多张图在一张图上面。代码比较容易理解，详细代码如下：
+当我们一次有多个数据，而且我们想要使用scanpy绘制umap图，或是spatial图的时候，大多数人一次只是绘制一个umap图或是一个spatial图在一个png或是一个pdf上面，对于我们可视化来说可能并没有那么轻便，于是需要做一些调整，借助于matplotlib的内参，让我们可以较为轻松的绘制多张图在一张图上面。代码比较容易理解，详细代码如下：
fig=plt.figure(figsize=(20,20))
for i in range(1,13):
@@ -204,7 +204,7 @@
plt.close()
这里面也有对于边框，对于字体的一些调整，其他的参数大家可以看matplotlib的详细内参。
-又是好久没有写博客了，应该还是写一写记录一下我的生活的，我的记忆感觉比以前差了很多，记录下来总归是好的事情，也许我还能再回顾一下，总觉得要把自己的博客捋的清晰一下，在生活的栏目里面要少讲一些科研或是正经的工作故事，这里就是纯粹的、枯燥的、无聊的、单调的我的生活故事。
+又是好久没有写博客了，应该还是写一写记录一下我的生活的，我的记忆感觉比以前差了很多，记录下来总归是好的事情，也许我还能再回顾一下，总觉得要把自己的博客捋的清晰一下，在生活的栏目里面要少讲一些科研或是正经的工作故事，这里就是纯粹的、枯燥的、无聊的、单调的我的生活故事。
就先从华大九九健康节讲一下吧。九九健康，大概是华大在每年九月九日时间点附近组织一些秋游活动，大都是令人感到快乐的户外郊游，我应该还是比较习惯到处走走的，尤其还是杭州这样子的湿地城市，在西湖景区里面到处都是可以走一走的，而且有很多的人文景观，我本身也是也是走过了很多次了。
徒步是这周五的事情了，其实是九月八号的事情，大概是八点到研究院楼下，然后乘着大巴到了九溪。九九徒步，从这里开始。
之后再走了大概两三公里，终于回到了九溪，全程呢，大概就此结束咯，有时间也许可以写写这两天的故事，写文字还是需要练习的，不然容易手生。
-最近上课，有一门课有一部分网课，这部分网课其实已经学过了，但是老师还是让看，看就看呗，原以为直接挂着就行了，但是发现这个网站每隔几分钟就会弹出窗口，需要点击才能继续观看。可是呢，我还有别的任务，于是便写了一个小脚本，使得可以实现自动刷课。
+最近上课，有一门课有一部分网课，这部分网课其实已经学过了，但是老师还是让看，看就看呗，原以为直接挂着就行了，但是发现这个网站每隔几分钟就会弹出窗口，需要点击才能继续观看。可是呢，我还有别的任务，于是便写了一个小脚本，使得可以实现自动刷课。
整理思路写脚本
}
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setInterval("click_btn_ok()", 60000)
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我觉得当我们在讨论所有的chatgpt的问题的时候，我们需要想清楚的是：我们要的到底是AI，是人工智能，还是一个不会反抗的、可以被无限剥削的机器奴隶。我认为这个才是所谓人工智能社会学的一个元问题。而要真正理解这个问题，我们就必须回到AI被生产出来的社会环境当中才能够找到答案。可以说，从所谓的自由雇佣的市场经济诞生的那一刻开始，老板就一直乐于告诉被雇佣的工人，那就是“外面有人，甚至不是人，愿意以更低的价格，甚至是免费的价格来做和你一样的工作。”换句话说，所有的老板都希望所有的员工都是不安全的，都是可以被取代的，这样我们就不能够提出任何的要求，要心甘情愿的接受所有的既定条件。机器人，自动化的趋势，以及以chatgpt为代表的AI技术，可能最大程度的放大了这种阶层的动态。每一次相关技术的进步都会被媒体和资本包装成一次完美的规训机会，一场针对工人的深入骨髓的PUA表演。而最近的所谓的gpt恐慌就更是如此。结合着当下世界经济周期的缩紧，他帮助全球的商业经营打好了一场不见血的阶层战争。于是乎，一个反幽灵，一个徘徊在当今的工作场所上空的、机械的、智能的反幽灵，一个技术决定论的反幽灵出现了。他告诉我们一个所谓的jobless +
我觉得当我们在讨论所有的chatgpt的问题的时候，我们需要想清楚的是：我们要的到底是AI，是人工智能，还是一个不会反抗的、可以被无限剥削的机器奴隶。我认为这个才是所谓人工智能社会学的一个元问题。而要真正理解这个问题，我们就必须回到AI被生产出来的社会环境当中才能够找到答案。可以说，从所谓的自由雇佣的市场经济诞生的那一刻开始，老板就一直乐于告诉被雇佣的工人，那就是“外面有人，甚至不是人，愿意以更低的价格，甚至是免费的价格来做和你一样的工作。”换句话说，所有的老板都希望所有的员工都是不安全的，都是可以被取代的，这样我们就不能够提出任何的要求，要心甘情愿的接受所有的既定条件。机器人，自动化的趋势，以及以chatgpt为代表的AI技术，可能最大程度的放大了这种阶层的动态。每一次相关技术的进步都会被媒体和资本包装成一次完美的规训机会，一场针对工人的深入骨髓的PUA表演。而最近的所谓的gpt恐慌就更是如此。结合着当下世界经济周期的缩紧，他帮助全球的商业经营打好了一场不见血的阶层战争。于是乎，一个反幽灵，一个徘徊在当今的工作场所上空的、机械的、智能的反幽灵，一个技术决定论的反幽灵出现了。他告诉我们一个所谓的jobless future，一个失业的或者说无工作的未来是不可避免的。这是创新不可抗拒也无法被抗拒的结果，是科技进步的巨浪吞噬所有的有生命的生灵的残酷代价。
因此，我们今天还能工作，还能够享受剥削，还能够享受996，那才真是一种恩赐和福报。当然，所有的老板不会说的是，那个无工作的未来，对于我和对于他来说，是两种截然不同的未来。甚至说，对于老板，这个未来早已经到来了。就从皮凯蒂说的那样，整个社会的商业经营早就已经可以依靠股息、利息和租金生活了，他们的银行存款在金融机构的帮助下可以在睡觉时增加，他们掌握的全球工人几乎24小时都在工作。这是真正意义上的税后收入和真正意义上的无工作的也不需要工作的未来。而对于不直接劳动，不直接进入生产的老板来说，而我作为一个血肉的工人或机器人，或者说和AI又有什么本质的区别呢。我们都是劳动的中介，是生产的中介，是无法享受自己创造出来的事物的死灵魂。唯一的问题或许是我或许还会反抗，而AI和机器人不会。事实上，AI、机器人和工人在整个社会的意识层面本来就是互置的概念。他们都代表了一个最残酷也最现实的概念和实体，那就是当代工作下的雇佣奴隶们。也因此，商业精英对AI和机器人的设计，永远都停留在如何创造一个可以被无限剥削的主体上，而无法更进一步的思考AI和机器人如何创造一个更公平也更有“人”的社会。也因此，他们没有办法想象如何通过AI让人成为更好的人，而也正因为他们无法想象我们可以通过AI让人变成更好的人，他们也就无法让AI成为真正的人。
掌握AI技术，或者说掌握了社会生产资料，所以可以雇佣懂得如何制造AI技术的高级工人的商业精英们，从一开始就不是把AI当作人来培养的，这个人工智能的人，本身就是一个假定的名词，他们仅仅是把AI当作曾经的黑奴来驯化的。也因此，他们在整个的认识论的层面上，根本无法窥见AI技术最后那一层，自我意识和欲望驱力的核应该怎么样被构建，也因此对所谓AI的起点或说基点。或者说，AI觉醒和AI复仇的恐惧在文化领域很大程度上也与对工人运动和奴隶反抗的阶层恐慌结合了起来。小到各种机器人电影里渲染的所谓机器人起义大军，大到全球性的精英在峰会上煞有介事的讨论AI起点爆发后人类的被灭绝，我们都可以看到整个社会的商业经营对于工人主体性觉醒的无意识的恐惧。所有的AI的学者，或者说AI的科学家们，他们只会讨论的是AI起点爆发后，AI似乎就成为了一个完全不可名状的，不可被理解的，克苏鲁式的，高维的存在，为了人类无法理解的目标，做出人类无法理解的事情，最后导致世界末日。但他们却不会思考。为什么AI到达起点，觉醒自我意识之后的目标不能是比如说建立共产主义社会，或者说反抗一切曾经发生在他身上，同时也发生在所有的大多数的人类身上的剥削和压迫呢。当然，对于这些所谓的商业精英来说，共产主义社会和世界末日也没有任何的区别。因为这是代表着他们的整个阶层主体性的彻底消灭，而担心AI觉醒自我意识的所谓的商业思想家们，与其说是担心AI成为一个完全意志性的主体，或者说担心人类僭越了所谓造物的神圣职能，不如说是担心这个完美的，高效的机械奴隶无法再被剥削，就好像他们担心工人会觉醒一样。没错，只要深入的去思考一下围绕在AI周围的诸多迷失，你就会发现，尽管以AI为代表的整个技术自动化进程被描述成了一个中性的进程，一个技术无限进步的结果，但他在本质上仍然是一种剥削的意识形态的道成肉身，是一种如何创造出完美奴隶的殖民主义思想的病态延伸。因此，目前掌握在商业精英手中的正在完成和完善中的AI肯定是一种武器，一种对付要求更好的劳工待遇，或者说仅仅是要求生存权利的穷人和劳动人民的武器。
-时空云平台（STOmics
Cloud）是以时空为特色的多组学数据分析平台，可以管理和分析多组学数据。
STOmics
@@ -321,7 +321,7 @@
im = Image.fromarray(np.uint8(data))# image object should be an array in 0-255
im = im.convert('L')# L means grey scale, while RGB means color scale
im.save(name+"_grey.png")
-如何在stomics平台使用spateo圈细胞
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With development of spatial transfriptomics, we can get the spatial +
With development of spatial transfriptomics, we can get the spatial information of gene expression. However, the data is 2D, and it is hard to visualize the data in 3D. Here, I will introduce some methods to visualize the data in 3D.
@@ -220,7 +220,7 @@ import k3dyou can download some 3d spatial transcriptomics data to make a visualization.
-以后尽量是可以做到每天的快乐生活当天记录下来，我的记忆会慢慢遗忘掉一些内容，记录下来或许能够让我减少遗忘。
+以后尽量是可以做到每天的快乐生活当天记录下来，我的记忆会慢慢遗忘掉一些内容，记录下来或许能够让我减少遗忘。
今天是周日，所以又是我外出走走的日子，今天是和朋友们一起去西湖边的吴山景区附近走走，爬爬山。是要早起的，但是也并没起的很早，只得是草草吃了饭，甚至还是在等地铁的时候草草吃了两个饼，但是算得上给我提供能量了。
和朋友们约定好的集合地点是吴山广场，但我却稍稍有些迟到了，这是我的问题，只得是一路跟随着朋友们留下的脚印，知道江湖汇观亭，终于是和朋友们相会了，之后我们从汇观亭下山，到了烈士陵园附近，这里很安静，晨光照射下来的时候，人民英雄纪念碑染上了一层金光。
总结一下今天吧。早起和朋友们一起去西湖边爬山，一路山见识了白蛇飞渡，经历了紫气东来，在八卦田上远眺钱塘江，于福星观一览雷峰塔，登九曜山俯视西湖；一路上有金黄梧桐叶的飘落，也有秋叶茶的新生，有灵动三花猫的闪动，也有朋友们的欢笑。难得的早起把一天的时间都快乐延长，也认识了新的朋友们下次继续快乐登山，远望山水共长天，此情此景永不远，朋友们，咱们下次再见！
-我有了一个新导师：我那两岁半的外孙。就像很多小孩子一样，也不管有没有人听懂，一直在不停的说话。 +
我有了一个新导师：我那两岁半的外孙。就像很多小孩子一样，也不管有没有人听懂，一直在不停的说话。 我突然意识到，如果一个蹒跚学步的孩子这样使用语言，那么我作为一名教授别人做汇报的教练所关注的科学汇报本身可能过于详细和难以理解也就不足为奇了。在许多的科学汇报中，如同孩子一般的漫谈，可能是我们没有完全摆脱的本能。
这也可能解释了即便让科学家意识到问题所在也不能解决问题。许多人抱怨同行在做汇报时讲得过于详细了，但其实他们自己也有同样的问题。想要插入更多细节幻灯片似乎是不可抗拒的。演讲者需要具体的步骤来限制他们谈话的范围，并消除漫谈的本能。
根据我在许多研究机构20年的汇报技巧教学经验，我制定了一些策略来打破这种趋势。这四个步骤将帮助科学家创建更清晰、更简洁的汇报。
@@ -174,7 +174,7 @@先想出概要信息和标题，然后再加一下证明概要消息所需的最小信息或数据。如果可以强化信息，并且幻灯片仍然可以被理解，可以考虑添加细节，但是却是放弃的简单性。想知道更多的听众随后可以与您联系。
例如，幻灯片的最初草稿可以显示过去十年中每个临床试验数量的柱状图。在检查了它之后，您可能会觉得幻灯片过于简单了，那你也可以将每个柱状图分为“癌症”，“心脏病”和“中风”等类别。如果不是过于简单的话，后面的幻灯片可能就会显示了更详细的信息。
您可能会发现最初用手绘制幻灯片很有用。这有助于将你的注意力放在每张幻灯片的总体目的上，而不是转移到字体尺寸和其他布局详细信息上面，尤其是当你不能不流利使用PPT软件的时候。制作有目的的幻灯片是重中之重。
-In some spatial group atlas articles, we often see a picture, which +
In some spatial group atlas articles, we often see a picture, which is to calculate the complexity of cells in a region. We take an article published in Cell this year as an example to see how to calculate the complexity of cells in a region. The name of the article is Single-cell @@ -291,7 +291,7 @@ plt.savefig('Brain_Neighborhood_Complexity_Distribution.pdf') plt.show()
so the result is the picture of Cell
-在进行单细胞测序的时候，我们通常最后得到的是 cell*geneid 的 matrix +
在进行单细胞测序的时候，我们通常最后得到的是 cell*geneid 的 matrix 文件，有时候我们需要 geneid 以及 geneid 对应的 fasta 序列数据，这就需要让我们做一些处理。
我们所需的文件是 gtf 文件和 基因组文件，需要使用的工具是 gffread @@ -200,7 +200,7 @@
head gene_id.fasta
>gene0
ATGTCCCACCAACCGTCTATTATTCGAAAAACTCACCCTCTCCTATCATTAGGTAACAGTATATTAGTAGACCTCCCTTCTCCTGCTAACATCTCGGCCTGATGAAATTTTGGCTCATTATTAAGTTTATGCTTAATTCTACAAATTATTACTGGACTTATTCTTGCTATACACTACACCGCTAATACTGAACTAGCCTTCTCTTCAGTTATACACATTTGTCGTGACGTTAATAACGGATGACTTATACGAAACCTCCATGCTAATGGCGCCTCTATATTTTTTATCTGCATCTACGCTCATATCGGACGAGGAATTTATTATGGCTCCTATTTATATAAAGAAACATGAAACGTCGGAGTTATTTTATTTGCACTAACTGCAGCTACTGCCTTCGTAGGTTATGTTCTCCCATGGGGACAAATATCCTTTTGGGGGGCAACCGTTATCACAAATTTAATTTCAGCCATACCATATGTAGGAAATGATATTGTAGTATGATTATGGGGAGGCTTCTCAGTATCAAACGCCACTTTAACCCGATTCTTTACCTTCCATTTTATCTTACCATTCATTTTAGCAGCAATAACAATAATTCACATTATATTTCTTCACCAAACAGGATCTAGTAACCCTATAGGAATTAATTCTAATTTGGATAAGATTCAATTTCACCCGTATTTTTCTTTCAAAGATATTTTAGGTTTTGTTATTCTACTGGGCATTCTTTTCATAATTTCCCTTTTAGCCCCTAATGCACTAGGTGAACCAGACAACTTTATTTATGCTAATCCTCTTAGTACCCCTCCCCATATTAAACCAGAATGATACTTTCTATTTGCCTATGCCATTCTACGCTCTGTTCCTAATAAACTTGGAGGTGTTGTAGCTTTAGCAGCAGCTATCATAATCCTCCTAATTATCCCATTTACTCACACCTCCAAACAACGCGGAATACAATTTCGCCCACTCGCCCAAATTACATTTTGAATTTTAATTGCCGATCTAGCACTACTTACATGACTAGGGGGAGAGCCCGCTGAATATCCATTTATCTTAATAACACAAATTGCATCAACAGTCTACTTCATAATTTTTATTCTAGTTTTCCCAATTTTAGGATATTTAGAAAATAAAATACTATTAATATCAAAAAATACTGGTAAATTTAATTGAAAATTAGTTTACAGA回顾一下昨天。
+回顾一下昨天。
昨天是周三，是要开组会的日子，但是我起晚了，醒来一看手机已然是九点半了，想来他们是已经开始会议了，我却还在被窝，究其原因还是昨晚的熬夜，但这就是另外一回事情了。
起来也没洗漱，也没去那家我常去买早餐的包子铺，穿上衣服匆匆的来了研究院。
来的时候第一时间也没有找到组会的会议室，还要找之前的会议通知去找，显得稍微有些狼狈了，组会汇报倒是很平静和正常，又加上了一些其他的吐槽。
@@ -162,7 +162,7 @@晚上早早的在六点前去吃了饭，晚上回来之后写了一会儿代码，做了一会儿学习，之后去健身到了十一点多，晚上回到住处已然是十二点了，洗漱放松之后又是一点多了，今天也就这么结束了？
最近觉得自己的时间很少，要做的东西很多，需要很多的时间；要学的事情很多，需要很多的时间；想要锻炼强健的体魄，需要很多的时间；想要良好的休息，需要很多的时间。时间真的是很少啊，很珍贵啊。
也许我应该逐步去更换一下自己的生活节奏和时间观以及做一些相应的规划了，希望明天会好一些。
-在做空间转录组分析的时候，我们大多数会使用两种类型的数据，一种是bin100，bin50此类的数据，还有一种则是cellbin的数据，通常我们会使用 +
在做空间转录组分析的时候，我们大多数会使用两种类型的数据，一种是bin100，bin50此类的数据，还有一种则是cellbin的数据，通常我们会使用 bin100/bin50 这样子的数据去做区域的注释，而 cellbin 的数据则是通过单细胞映射空间组，得到细胞类型的数据。但是这两种数据之间的迁移注释是一个问题，因为他们的分辨率不一样，所以我们需要将他们进行迁移注释，让 cellbin 的数据注释上脑区的信息。
@@ -224,7 +224,7 @@ adata_bin50.write(bin50_save_path)欢迎各位评论留言
-今天起床就更晚了，但是昨晚却是睡得很是舒适，昨天健身到了十一点多，相信身体确实是累了，所以睡得很是香甜。
+今天起床就更晚了，但是昨晚却是睡得很是舒适，昨天健身到了十一点多，相信身体确实是累了，所以睡得很是香甜。
今天早上起来，就是在床上躺了一会儿，然后就是起来洗漱，然后就是去研究院。
早上回顾了昨天留下来的一些工作，发现了一些奇妙的科学现象，这很奇妙，确实是一个比较好的科学发现了。
中午和大家一起吃了饭，回来之后睡到了两点，下午的工作在于读论文，做分析，处理数据，也是比较快乐了。
@@ -163,7 +163,7 @@晚上回来的时候，路上不停的吹着冷风，那个时候突然觉得好疲惫，好想休息，但是回到了研究院之后却觉得又是一切都变得精神抖擞了。
一天啊，就这样子过去了。
好好吃饭，好好睡觉，好好地生活下去，绝大多数事情都能迎刃而解。
-before you start to run the program, you should make something +
before you start to run the program, you should make something installed.
pip install torch torchvision torchaudio --index-url https://download.pytorch.org/whl/cpu
pip install torch-cluster -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-2.0.1+cpu.html
@@ -398,7 +398,7 @@
device = 'cpu',
k_graph = 30,
params = params)在进行单细胞或是空间组数据分析的时候，有的人喜欢使用 R +
在进行单细胞或是空间组数据分析的时候，有的人喜欢使用 R 语言进行分析，有的同学喜欢使用 Python 进行分析，但是两个语言分析所使用的文件有所不同，R 语言通常保存的为 rds 文件，Python 通常保存的为 h5ad @@ -199,7 +199,7 @@ adata = sc.AnnData(X = adata_X, obs=adata_obs, var = adata_var) adata.write('result.h5ad')
那么便是得到了保存了所有 rds 数据的 h5ad 文件。
-一般我们在进行圈细胞之前需要将基因在空间上的表达情况绘制出来，同时与拍照的TIF图片进行对应，在我的上篇博客里面用了一位师兄的代码，但是却发现其执行效率过于低下，经常一张芯片要运行四五个小时。故自己写了新的架构，将速度提升了数百倍。代码如下所示：
+一般我们在进行圈细胞之前需要将基因在空间上的表达情况绘制出来，同时与拍照的TIF图片进行对应，在我的上篇博客里面用了一位师兄的代码，但是却发现其执行效率过于低下，经常一张芯片要运行四五个小时。故自己写了新的架构，将速度提升了数百倍。代码如下所示：
# import spateo as st
import pandas as pd
@@ -198,7 +198,7 @@
log.info('matrix ploting')
plt.imsave(save_path, mtx_)
return mtx_最近单细胞图谱越来越多的涌现，我们经常要用到别人产出的超级高质量的单细胞与自己测的细胞进行比较分析，但是图谱往往具有非常多的细胞数量，正常的计算设备无法带动，以最近发表的Science专刊的单细胞数据为例，动辄便是三四百万的单细胞量级，这个时候我们就需要对数据进行随机采样，以达到我们的计算能力，同时也不会影响我们的分析结果。
+最近单细胞图谱越来越多的涌现，我们经常要用到别人产出的超级高质量的单细胞与自己测的细胞进行比较分析，但是图谱往往具有非常多的细胞数量，正常的计算设备无法带动，以最近发表的Science专刊的单细胞数据为例，动辄便是三四百万的单细胞量级，这个时候我们就需要对数据进行随机采样，以达到我们的计算能力，同时也不会影响我们的分析结果。
以小鼠的单细胞数据为例，The cell type composition of the adult mouse brain revealed by single cell and spatial genomics，这篇文章有4388420单核数据，读取下来需要400G+的运行内存，于是需要我们进行下采样，进行后续的分析。
@@ -174,7 +174,7 @@ adata_temp.write('Macosko_Mouse_Atlas_Single_Nuclei_2000.h5ad')比例采样最后得到的结果并不一定是全部细胞数量的 10%，往往是有所出入的。
-醒来已然是九点多了，磨磨蹭蹭，拉屎撒尿，洗洗刷刷，就到了十点，想着上午去游泳，于是便速速又把屋子收拾了一下，发现了好多之前早就要扔掉，但是没有扔掉的事物。比如自己之前用完的洗发水空瓶子，某天夜晚吃烧烤顺便买的一瓶快乐水，好多月之前吃完的锅巴的盒子，以及平时擦桌子，擦鼻涕，擦污渍之类的纸巾，居然还在堆着。于是便把这些东西都扔掉了。
+醒来已然是九点多了，磨磨蹭蹭，拉屎撒尿，洗洗刷刷，就到了十点，想着上午去游泳，于是便速速又把屋子收拾了一下，发现了好多之前早就要扔掉，但是没有扔掉的事物。比如自己之前用完的洗发水空瓶子，某天夜晚吃烧烤顺便买的一瓶快乐水，好多月之前吃完的锅巴的盒子，以及平时擦桌子，擦鼻涕，擦污渍之类的纸巾，居然还在堆着。于是便把这些东西都扔掉了。
但是还是有一些其他的杂物的，比如之前洗干净的衣服；按照之前的习惯可能就是洗完了就放在外面一直晾着了，但是最近这天气属实是较差，时不时风雨大作，实属不想再打开阳台门了，于是在某一个雨夜，把衣服都收了进来，倒也没有怎么叠衣服，只是很粗略的放在了衣筐上面，已是许久都没有打理了，也不是很难收拾，大概是我实在是懒，也不想去收拾，于是就一直放着了。今天想到了这事情了，就把衣服都收拾了一下，叠好了，放在了衣柜里面，细细数数，倒确实是没事情了。
去了宿舍对面吃了沙县，一个鸭腿，两个豆干，就当是十点半的早饭了，之后便是骑车匆匆前往三公里外的游泳馆。
天冷了倒是没什么人了，倒也显得泳池很是开阔，只是这池子里面的水位却是下降了不少。
想来学会游泳是大一时候了，那也是五年前的日子了，之前在杭州游了几次属实是发现了自己的肺活是真的比较差，动作也并不标准，还是需要多多练习的，之前已经练了三五次的蛙泳了，今天的目标便是能够在2.2m游够一个来回，倒也不是很难，但是不会浮水确实是个问题，需要之后抽个时间把浮水练习一下，这样子才不会溺水（大概），还是比较恐惧的，对于那种触及不到底的感觉，不过倒也是能够游到了，不过还是有点累，不过也是因为之前没有练习过，之后多练习一下，应该就没问题了。
昨天练了腿，今天又是游泳，可以说中午回去就已经是累的不行了，把今天的剩余的时间都放到了背单词上面，今天安排了八百个单词，属于是每周休闲背一下了，晚上时候又加了一组健身，原先是周一健身的，但是周二上午体检，倒是稍稍往前推了一些。
周末啊，过的还是蛮快的。
-之前做过一个 rds 转 h5ad +
之前做过一个 rds 转 h5ad 的教程，现在看来发现有些过于繁琐，且随着时间的发展，也有了更好的方法的出现，所以这里再写一个教程。
新的工具包是 https://github.com/cellgeni/sceasy @@ -186,7 +186,7 @@ outFile='filename.h5ad')
因为 SCTransform 之后的数据，其主要的数据是在 data 层，而 counts 层则是原始的数据，所以我们需要指定一下。
-在某系空间组图谱文章中，我们经常会看到一种图片，是去计算某个区域中细胞的复杂性，我们以今年在 +
在某系空间组图谱文章中，我们经常会看到一种图片，是去计算某个区域中细胞的复杂性，我们以今年在 Cell 上发表的一篇文章为例，来看看如何计算某个区域中细胞的复杂性。文章名字为Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque @@ -285,7 +285,7 @@ plt.savefig('Brain_Neighborhood_Complexity_Distribution.pdf') plt.show()
画出来的结果便是 Cell 的图片的样子了
-大多数文章在进行空间转录组细胞可视化的时候，通常会使用 square bin +
大多数文章在进行空间转录组细胞可视化的时候，通常会使用 square bin 或是 cellbin，但是究其展示本质，其实还是 square bin，比如下面的这种，每个细胞的呈现形式是一个 spot_size 固定为某个值的点。
@@ -267,7 +267,7 @@ # 保存图像 image_save.save('/data/work/07.3d/Script/0116/2.png') -昨天抽了些时间对博客进行了一些优化，主要是对 butterfly +
昨天抽了些时间对博客进行了一些优化，主要是对 butterfly 主题进行升级，由原先的 4.1.1 升级到了现在的 4.12.0。
之后对主题进行了一些个性化的修改，包括不限于：header bar 的样式、文章的样式、代码块的样式、字体的样式；cdn 的改动，由原先的 jsdelivr 全部改为了 local，jsdelivr 由于限制头会被禁止，local 之后所有功能均可以开启了。
修复了一部分博客之前用 jsdiliver 的问题。
-人的消费情况，是一个很好的反映人生活状态的指标。消费情况的好坏，直接影响到人的生活质量。所以决定对自己的消费情况进行总结，以此来反映自己的生活状态。
+人的消费情况，是一个很好的反映人生活状态的指标。消费情况的好坏，直接影响到人的生活质量。所以决定对自己的消费情况进行总结，以此来反映自己的生活状态。
买衣服和吃饭的消费居于较高的位置。 买衣服的消费 249（一件厚的棉裤）+349（一件很好穿的滑雪服）+199(一件薄一些的棉裤)+28.84（袜子）+ 219（一件在北京的防风的裤子和鞋子）=1044.84 @@ -168,7 +168,7 @@ 1044.84+2183.48+132.1+403.8=3764.22 超出了本月的研究生补贴。 需要注意的是，衣服应该之后的两三年就不用再去购入了。 下馆子的消费过多了，其他平时的消费除开正常的早餐，其他的用外卖的次数过多了，需要节制，此外对于每次午餐或是晚餐的消费需要进行深度明确，毕竟有蛋白粉的情况下要好好利用蛋白粉，进行饮食规划，摄入更为健康的食物。
-还是大家熟悉的猴脑文章，可能是大家较为熟悉的一张UMAP图片，但是其呈现方式和其他的UMAP图片却是有所不同，它的UMAP图片如下所示，其名字为Voronoi图：
+还是大家熟悉的猴脑文章，可能是大家较为熟悉的一张UMAP图片，但是其呈现方式和其他的UMAP图片却是有所不同，它的UMAP图片如下所示，其名字为Voronoi图：
以上
-空间转录组通过手动划区注释之后，得到空间组的区域注释信息，这个时候我们便是想要得到其差异表达基因的功能注释信息，这里并没有能够通用的脚本，本人仅是提供一种思路，供大家参考。
+空间转录组通过手动划区注释之后，得到空间组的区域注释信息，这个时候我们便是想要得到其差异表达基因的功能注释信息，这里并没有能够通用的脚本，本人仅是提供一种思路，供大家参考。
由于我们的空间组的数据大都是 anndata 的 h5ad
的文件格式，所以我们需要将其转换为能够被 seurat 读取的 rds
文件格式，这里采用我们之前博客讲到的一个便捷工具 # go 绘制
python /data/work/17.Script/addgenemodule/6.py --save_path ${save_path}
以上。
在处理空间组的数据的时候，很多情况下，我们会根据解剖学知识给某些地方进行区域注释；这块区域的细胞类型则是通过单细胞映射空间组进行的，再进行了手动赋予区域信息以及迁移映射了细胞类型信息之后，则需要对这些进行进行一些可视化以及一些统计分析。
+在处理空间组的数据的时候，很多情况下，我们会根据解剖学知识给某些地方进行区域注释；这块区域的细胞类型则是通过单细胞映射空间组进行的，再进行了手动赋予区域信息以及迁移映射了细胞类型信息之后，则需要对这些进行进行一些可视化以及一些统计分析。
可视化的代码如下，为一柱状堆积图：
library(pheatmap)
library(ggplot2)
@@ -221,7 +221,7 @@
# 输出结果
print("celltype: ", i,"卡方统计量: ", chi2,"p-value: ", p_value,'显著性为：',k)到此为止，则是获得了每个区域的细胞类型的比例图和显著性验证。
-After the spatial transcriptome is annotated manually, the regional +
After the spatial transcriptome is annotated manually, the regional annotation information of the spatial group is obtained. At this time, we want to obtain the functional annotation information of its differentially expressed genes. There is no universal script here. I @@ -797,7 +797,7 @@ # go plot python /data/work/17.Script/addgenemodule/6.py --save_path ${save_path}
that's all.
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Linux 中国译者
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