More HLA genes from http://hla.alleles.org/genes/index.html

R/DataUtilities.R

@@ -33,6 +33,14 @@
     if (num > 1) "s" else ""
 }
 
+.strbp <- function(bp)
+{
+    if (is.na(bp) | !is.finite(bp))
+        "unknown"
+    else
+        paste(bp, "bp", sep="")
+}
+
 #######################################################################
 # get the name of HLA gene
 #
@@ -1645,7 +1653,8 @@ summary.hlaAlleleClass <- function(object, show=TRUE, ...)
     if (show)
     {
         cat("Gene: ", .hla_gene_name_string(hla$locus), "\n", sep="")
-        cat(sprintf("Range: [%dbp, %dbp]", hla$pos.start, hla$pos.end))
+        cat(sprintf("Range: [%s, %s]",
+            .strbp(hla$pos.start), .strbp(hla$pos.end)))
         if (!is.null(hla$assembly))
             cat(" on ", hla$assembly, "\n", sep="")
         else

inst/doc/GeneInfo_hg19.txt

@@ -7,6 +7,21 @@ C	6	31236526	31239913
 E	6	30457183	30461982
 F	6	29691117	29695073
 G	6	29794756	29798899
+H	6	29855383	29858856
+J	6	29973748	29977733
+K	6	29894436	29897616
+L	6	30227339	30234728
+N	6	30318851	30319815
+P	6	29767821	29770856
+S	6	31349346	31350264
+T	6	29864220	29866724
+U	6	29901541	29902657
+V	6	29759530	29760527
+W	6	29923611	29926835
+X	6	31429623	31430267
+Z	6	32864179	32864266
+C4A	6	31949834	31970457
+C4B	6	31982572	32003195
 DMA	6	32916391	32920900
 DMB	6	32902406	32908847
 DOA	6	32971959	32977389
@@ -15,14 +30,26 @@ DRA	6	32407619	32412823
 DRB1	6	32546546	32557613
 DRB5	6	32485151	32498006
 DQA1	6	32605169	32612152
+DQA2	6	32709156	32714664
 DQB1	6	32627241	32634466
+DQB2	6	32723837	32731330
 DPA1	6	33032346	33048555
+DPA2	6	33059259	33061091
+DPA3	6	33098974	33099120
 DPB1	6	33043703	33057473
-C4A	6	31949834	31970457
-C4B	6	31982572	32003195
+DPB2	6	33080293	33096890
+MICA	6	31367561	31383090
+MICB	6	31462054	31478901
+MICC	6	30382490	30387543
+MICD	6	29938149	29943522
+MICE	6	29709234	29716880
 HSPA1A	6	31782952	31785719
 HSPA1B	6	31789964	31798032
 HSPA1L	6	31777396	31790093
 LTA	6	31539876	31542101
 LTB	6	31548335	31550202
+PSMB8	6	32808494	32812712
+PSMB9	6	32821927	32827628
+TAP1	6	32812986	32821748
+TAP2	6	32789610	32806547
 TNF	6	31543344	31546113

inst/doc/GeneInfo_hg20.txt

@@ -7,22 +7,49 @@ C	6	31268749	31272136
 E	6	30489406	30494205
 F	6	29723340	29727296
 G	6	29826979	29831122
+H	6	29887760	29891080
+J	6	30005971	30009956
+K	6	29926659	29929839
+L	6	30259562	30266951
+N	6	30351074	30352038
+P	6	29800044	29803079
+S	6	31381569	31382487
+T	6	29896443	29898947
+U	6	29933764	29934880
+V	6	29791753	29792750
+W	6	29955834	29959058
+X	6	31461846	31462490
+Z	6	32896402	32896489
+C4A	6	31982057	32002680
+C4B	6	32014795	32035418
 DMA	6	32948614	32953122
 DMB	6	32934629	32941070
 DOA	6	33004182	33009612
 DOB	6	32812763	32817048
 DRA	6	32439842	32445046
 DRB1	6	32578769	32589836
 DRB5	6	32517374	32530229
-DQA1	6	32637392	32654685
+DQA1	6	32637396	32654774
+DQA2	6	32741386	32746887
 DQB1	6	32659464	32666689
+DQB2	6	32756094	32763553
 DPA1	6	33064569	33080778
+DPA2	6	33091482	33093314
+DPA3	6	33131197	33131343
 DPB1	6	33075926	33089696
-C4A	6	31982057	32002680
-C4B	6	32014795	32035418
+DPB2	6	33112516	33129113
+MICA	6	31399784	31415315
+MICB	6	31494277	31511124
+MICC	6	30414713	30419766
+MICD	6	29970372	29975745
+MICE	6	29741457	29749103
 HSPA1A	6	31815514	31817942
 HSPA1B	6	31827735	31830254
 HSPA1L	6	31809619	31821040
 LTA	6	31572099	31574324
 LTB	6	31580558	31582425
+PSMB8	6	32840717	32844935
+PSMB9	6	32854161	32859851
+TAP1	6	32845209	32853971
+TAP2	6	32821833	32838823
 TNF	6	31575567	31578336

man/hlaLociInfo.Rd

@@ -20,7 +20,8 @@ hlaLociInfo(assembly=c("auto", "auto-silent", "hg18", "hg19", "hg20",
 }
 
 \references{
-    NCBI Resources: \url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene}
+    NCBI Resources: \url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene},
+    HLA Nomenclature: \url{http://hla.alleles.org/genes/index.html}
 }
 \author{Xiuwen Zheng}